Skills publicados 141
geopandas
Trabajar con datos vectoriales geoespaciales
GeoPandas extiende pandas para operaciones geoespaciales. Permite leer shapefiles, GeoJSON y datos de PostGIS. Realiza uniones espaciales, análisis de buffers, transformaciones de coordenadas y crea mapas coropléticos con integración de matplotlib.
geniml
Analizar intervalos genómicos con aprendizaje automático
Geniml transforma archivos BED en incrustaciones de aprendizaje automático para el análisis de regiones genómicas. Entrena modelos para encontrar patrones en la accesibilidad de cromatina, construye conjuntos de picos de consenso y analiza datos de ATAC-seq de célula única.
generate-image
Generar imágenes IA con FLUX y Gemini
Crea imágenes de alta calidad para presentaciones, documentos y publicaciones usando modelos de IA. Genera arte original o edita imágenes existentes con simples instrucciones de texto. Accede a los modelos FLUX y Gemini a través de la API de OpenRouter.
gene-database
Consultar la base de datos de genes del NCBI
Accede a datos completos de genes del NCBI, incluyendo secuencias, anotaciones e información funcional. Busca por símbolo de gen, ID o contexto biológico para obtener RefSeqs, Gene Ontology, ubicaciones cromosómicas y fenotipos para investigación bioinformática.
fluidsim
Ejecutar simulaciones CFD con FluidSim basado en Python
FluidSim trae dinámica de fluidos computacional de alto rendimiento a Python. Ejecuta simulaciones de Navier-Stokes, analiza turbulencia y visualiza resultados con simples comandos de Python. No se requiere configuración compleja de Fortran o C++.
flowio
Leer y escribir archivos FCS de citometría de flujo
Los datos de citometría de flujo requieren manejo especializado de archivos. FlowIO analiza archivos FCS, extrae datos de eventos como arrays de NumPy y permite la conversión a formatos CSV para flujos de análisis posteriores.
fda-database
Consultar bases de datos de medicamentos y dispositivos de la FDA
Accede a datos regulatorios completos de la FDA, incluyendo eventos adversos de medicamentos, retiros de dispositivos médicos e información de seguridad a través de la API oficial de openFDA. Construye flujos de trabajo de farmacovigilancia e investigación regulatoria con Python.
exploratory-data-analysis
Analizar archivos de datos científicos automáticamente
Los archivos de datos científicos vienen en cientos de formatos. Esta habilidad detecta automáticamente el tipo de archivo, extrae metadatos, evalúa la calidad de los datos y genera informes completos en markdown con recomendaciones de análisis específicas por formato.
etetoolkit
Analizar árboles filogenéticos con toolkit ETE
El toolkit ETE simplifica el análisis filogenético para la investigación en biología evolutiva. Procesa datos de árboles, detecta eventos evolutivos y crea visualizaciones listas para publicación.
esm
Generar y diseñar proteínas con ESM
La ingeniería de proteínas requiere analizar y diseñar secuencias de proteínas novedosas. ESM proporciona modelos de lenguaje de proteínas de última generación para generar secuencias, predecir estructuras y crear incrustaciones para análisis posteriores. Usa ESM3 para tareas generativas en secuencia, estructura y función, o ESM C para aprendizaje de representaciones eficiente.
ensembl-database
Consultar la base de datos genómica Ensembl
Consulta la API REST de la base de datos genómica Ensembl para datos genómicos de vertebrados. Busca genes, recupera secuencias, analiza variantes con VEP y realiza genómica comparativa en más de 250 especies.
ena-database
Consultar European Nucleotide Archive
Los investigadores necesitan acceso eficiente a datos genómicos para análisis. Esta habilidad proporciona acceso programático a ENA a través de APIs REST y FTP para recuperar secuencias de ADN/ARN, archivos FASTQ y ensamblajes de genomas por número de acceso.
drugbank-database
Acceder a la información de la base de datos de medicamentos DrugBank
DrugBank es una base de datos bioinformática integral que contiene información detallada sobre medicamentos. Esta habilidad permite el acceso programático a las propiedades de los medicamentos, interacciones, objetivos, vías y estructuras químicas para la investigación farmacológica y el descubrimiento de fármacos.
docx
Crear y editar documentos de Word
Esta habilidad proporciona un conjunto completo de herramientas para operaciones con documentos de Word. Crea nuevos documentos desde cero con JavaScript, edita documentos existentes con Python y gestiona cambios rastreados y comentarios con cumplimiento adecuado de OOXML.
dnanexus-integration
Integrar flujos de trabajo de la plataforma genómica DNAnexus
DNAnexus proporciona análisis genómico basado en la nube pero requiere conocimiento específico de la plataforma. Esta skill ofrece documentación completa para construir aplicaciones, gestionar datos y ejecutar flujos de trabajo bioinformáticos.
diffdock
Predice poses de unión molecular con acoplamiento IA
DiffDock utiliza modelos de difusión avanzados para predecir cómo las pequeñas moléculas se unen a las proteínas en el espacio 3D. Los investigadores pueden acelerar el descubrimiento de fármacos generando poses de unión precisas con puntuaciones de confianza para el diseño basado en estructuras.
denario
Automatiza flujos de trabajo de investigación científica
Transforma conjuntos de datos en investigación lista para publicación automatizando la generación de hipótesis, el desarrollo de metodologías, los experimentos computacionales y la redacción de artículos en LaTeX. La IA multiagente coordina agentes especializados para canalizaciones de investigación de extremo a extremo.
deeptools
Analizar datos NGS con deepTools
Procesar y visualizar datos de secuenciación de nueva generación. Convertir BAM a bigWig, generar gráficos de control de calidad y crear mapas de calor listos para publicación para experimentos ChIP-seq, RNA-seq y ATAC-seq.
deepchem
Aplicar aprendizaje automático a química y descubrimiento de fármacos
Predice propiedades moleculares como solubilidad, toxicidad y afinidad de unión utilizando DeepChem. Entrena redes neuronales gráficas o usa modelos preentrenados como ChemBERTa para aplicaciones de descubrimiento de fármacos y ciencia de materiales.
datacommons-client
Consultar estadísticas públicas de Data Commons
Accede a datos estadísticos globales de Data Commons, incluyendo demografía, economía, salud e indicadores ambientales. Consulta cifras de población, PIB, tasas de desempleo y relaciones geográficas usando métodos del cliente Python.
datamol
Analizar estructuras moleculares con Datamol
Procesa datos químicos de manera eficiente con una interfaz Pythonica para RDKit. Datamol simplifica operaciones complejas de quimiología informática manteniendo la compatibilidad total con el ecosistema RDKit.
dask
Escala pandas y NumPy con computación distribuida Dask
Procesa conjuntos de datos más grandes que la RAM disponible usando computación paralela. Transforma flujos de trabajo de pandas y NumPy de una sola máquina para ejecutarse en múltiples núcleos o clusters distribuidos sin reescribir tu código.
cosmic-database
Acceder a la base de datos de mutaciones de cáncer COSMIC
Los investigadores del cáncer necesitan datos de mutaciones completos para sus estudios. Esta habilidad proporciona acceso programático a la base de datos COSMIC que contiene millones de mutaciones somáticas, listas curadas de genes relacionados con el cáncer y firmas mutacionales para investigación en oncología de precisión.
cobrapy
Analizar modelos metabólicos con COBRApy
El modelado metabólico requiere conocimientos especializados de métodos de reconstrucción basada en restricciones y análisis. COBRApy proporciona una interfaz Python completa para análisis de balance de flujos, estudios de knockouts de genes y cálculos de envolventes de producción para investigación en biología de sistemas.