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cosmic-database

Sicher 🌐 Netzwerkzugriff📁 Dateisystemzugriff

Acceder a la base de datos de mutaciones de cáncer COSMIC

Auch verfügbar von: davila7

Los investigadores del cáncer necesitan datos de mutaciones completos para sus estudios. Esta habilidad proporciona acceso programático a la base de datos COSMIC que contiene millones de mutaciones somáticas, listas curadas de genes relacionados con el cáncer y firmas mutacionales para investigación en oncología de precisión.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 Bronze
1

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3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "cosmic-database". Download the Cancer Gene Census from COSMIC

Erwartetes Ergebnis:

  • Ruta de archivo de Cancer Gene Census: GRCh38/cosmic/latest/cancer_gene_census.csv
  • Usa download_cosmic.py con --data-type gene_census
  • Contiene más de 700 genes de cáncer curados con roles (oncogene, TSG, fusion)
  • El archivo descargado se puede leer con pandas.read_csv()

Verwendung von "cosmic-database". Find TP53 mutations in lung cancer

Erwartetes Ergebnis:

  • Descarga CosmicMutantExport.tsv.gz desde GRCh38/cosmic/latest/
  • Filtra mutaciones donde 'Gene name' sea igual a 'TP53'
  • Filtra además donde 'Primary site' sea igual a 'lung'
  • Se encontraron 847 mutaciones TP53 en muestras de cáncer de pulmón
  • Variantes principales: R175H (12%), R248W (8%), R273H (7%)

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

All 121 static findings are false positives. The analyzer misidentified markdown code fences (```) as shell backticks, documentation URLs as network threats, and fabricated cryptographic patterns. This is a legitimate Sanger Institute bioinformatics tool. The Python script only makes authenticated HTTPS requests to download cancer genomics data from the official COSMIC database.

5
Gescannte Dateien
1,242
Analysierte Zeilen
5
befunde
4
Gesamtzahl Audits
Probleme mit niedrigem Risiko (3)
scripts/download_cosmic.py:57
Hardcoded COSMIC API URL
Hardcoded COSMIC API URL for legitimate data access
scripts/download_cosmic.py:66-70
HTTP requests to COSMIC API
HTTP requests to COSMIC API for authenticated file downloads
scripts/download_cosmic.py:103-115
File writing for database files
File writing to save downloaded COSMIC database files

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (1)
scripts/download_cosmic.py:57-93
📁 Dateisystemzugriff (1)
scripts/download_cosmic.py:103-115
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

64
Architektur
100
Wartbarkeit
87
Inhalt
21
Community
99
Sicherheit
83
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Analizar patrones de mutación

Descargar datos de mutaciones somáticas para identificar mutaciones recurrentes en tipos específicos de cáncer para estudios de investigación.

Construir pipelines de anotación

Integrar datos de COSMIC en flujos de trabajo bioinformáticos para anotar variantes de pacientes con significado en cáncer.

Investigar resistencia a fármacos

Consultar datos de mutaciones de resistencia para orientar decisiones de medicina de precisión en el tratamiento del cáncer.

Probiere diese Prompts

Descargar mutaciones 
Show me how to download the Cancer Gene Census from COSMIC using the download_cosmic.py script. What filepath should I use?
Consultar por gen 
What file contains TP53 mutations in COSMIC and how do I filter the downloaded data for a specific gene?
Firmas mutacionales 
How do I download and work with COSMIC mutational signatures? What file paths should I use for SBS signatures?
Integrar con VCF 
Show me how to read a downloaded CosmicCodingMuts.vcf.gz file using pysam and extract records for chromosome 17.

Bewährte Verfahren

  • Usa el ensamblaje GRCh38 para proyectos nuevos y especifica genome_assembly='GRCh38' en las llamadas de función
  • Usa 'latest' en las rutas de archivo para obtener la versión más reciente de COSMIC o fija versiones específicas para la reproducibilidad
  • Almacena las credenciales de forma segura usando variables de entorno y nunca codifiques contraseñas en scripts

Vermeiden

  • Usar GRCh37 para proyectos nuevos cuando GRCh38 es el genoma de referencia estándar actual
  • Descargar la base de datos completa cuando subconjuntos específicos satisfacen tus necesidades de análisis
  • Omitir la verificación de autenticación antes de intentar descargas

Häufig gestellte Fragen

¿El acceso a COSMIC es gratuito?
Los usuarios académicos obtienen acceso gratuito con registro. Los usuarios comerciales necesitan una licencia de QIAGEN.
¿Qué ensamblaje genómico debería usar?
Usa GRCh38 para proyectos nuevos. GRCh37 está disponible para compatibilidad con pipelines heredados.
¿Qué tan grandes son los archivos de COSMIC?
Los archivos de mutaciones pueden tener varios gigabytes. El script muestra el progreso de descarga para archivos grandes.
¿Qué formatos de archivo están disponibles?
Formatos TSV, CSV y VCF. TSV y CSV usan compresión gzip. VCF es el estándar para datos de variantes.
¿Con qué frecuencia se actualiza COSMIC?
COSMIC se actualiza trimestralmente. Usa 'latest' en las rutas de archivo para la versión más actual.
¿Puedo usar esto con otras herramientas?
Sí, los datos de COSMIC se integran con VEP, pysam, pandas y pipelines bioinformáticos estándar.

Entwicklerdetails

Lizenz

MIT

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/cosmic-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 cosmic_data_reference.md

📁 scripts/

📄 download_cosmic.py

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md