dnanexus-integration
Integrar flujos de trabajo de la plataforma genómica DNAnexus
También disponible en: davila7
DNAnexus proporciona análisis genómico basado en la nube pero requiere conocimiento específico de la plataforma. Esta skill ofrece documentación completa para construir aplicaciones, gestionar datos y ejecutar flujos de trabajo bioinformáticos.
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Pruébalo
Usando "dnanexus-integration". ¿Cómo subo un archivo FASTQ y ejecuto control de calidad?
Resultado esperado:
- 1. Primero autentícate: dx login
- 2. Sube tu archivo: dx upload sample.fastq --project project-xxxx
- 3. Encuentra un applet de QC: dx find_applets --name '*qc*'
- 4. Ejecuta el análisis: dx run applet-xxxx -i reads=file-yyyy
- 5. Monitorea el progreso: dx watch job-zzzz
- 6. Descarga los resultados cuando esté completo
Usando "dnanexus-integration". Crea una aplicación simple que filtre lecturas por calidad
Resultado esperado:
- Definir dxapp.json con inputSpec para archivo de lecturas y outputSpec para lecturas filtradas
- Usar decorador @dxpy.entry_point('main') para la función principal
- Descargar entrada con dxpy.download_dxfile()
- Procesar con subprocess.call() a herramienta externa
- Subir salida con dxpy.upload_local_file()
- Retornar resultado usando dxpy.dxlink()
Auditoría de seguridad
SeguroAll 455 static findings are false positives. The skill is documentation for DNAnexus cloud genomics platform. The flagged 'external_commands' are legitimate DNAnexus CLI commands (dx, dxpy) in documentation code blocks. The 'weak cryptographic algorithm' findings incorrectly identified API version fields like 'dxapi: 1.0.0' as cryptographic code. The 'Windows SAM database' alert misidentified authentication documentation (DX_SECURITY_CONTEXT) as Windows system files. No malicious patterns exist.
Factores de riesgo
⚙️ Comandos externos (5)
🌐 Acceso a red (1)
Puntuación de calidad
Lo que puedes crear
Procesar flujo de datos de secuenciación
Subir archivos FASTQ, ejecutar flujos de trabajo de alineación y llamada de variantes, descargar resultados para análisis de investigación
Construir aplicaciones de análisis personalizadas
Crear aplicaciones DNAnexus para análisis genómicos especializados con manejo adecuado de entradas y salidas
Organizar conjuntos de datos genómicos
Buscar, categorizar y gestionar grandes conjuntos de datos genómicos a través de múltiples proyectos de DNAnexus
Prueba estos prompts
Ayúdame a subir un archivo FASTQ a DNAnexus y ejecutar un análisis de control de calidad básico usando un applet existente
Necesito crear una aplicación DNAnexus que tome entrada FASTQ y genere alineación BAM usando BWA-MEM
Muéstrame cómo encontrar todos los archivos FASTQ en un proyecto y ejecutar el mismo análisis en cada uno en paralelo
Ayúdame a configurar dxapp.json para una aplicación que necesita samtools, bcftools y una imagen Docker personalizada con genomas de referencia
Mejores prácticas
- Siempre validar archivos de entrada antes de procesar en aplicaciones DNAnexus
- Usar tipos de instancia DNAnexus apropiados para análisis computacionalmente intensivos
- Incluir manejo de errores exhaustivo y registro en aplicaciones personalizadas
Evitar
- Codificar IDs de proyecto o rutas de archivo en aplicaciones de producción
- Procesar archivos grandes sin verificar el espacio disponible en disco
- Ignorar estados de trabajo y condiciones de error de DNAnexus
Preguntas frecuentes
¿Qué formatos de archivo soporta DNAnexus?
¿Cómo me autentico con DNAnexus?
¿Puedo ejecutar herramientas de línea de comandos existentes?
¿Cuál es la diferencia entre aplicaciones y applets?
¿Cómo manejo grandes conjuntos de datos eficientemente?
¿Puedo integrar con bases de datos externas?
Detalles del desarrollador
Autor
K-Dense-AILicencia
MIT
Repositorio
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/dnanexus-integrationRef.
main
Estructura de archivos