Habilidades ensembl-database
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ensembl-database

Seguro 🌐 Acceso a red⚙️ Comandos externos

Consultar la base de datos genómica Ensembl

También disponible en: davila7

Consulta la API REST de la base de datos genómica Ensembl para datos genómicos de vertebrados. Busca genes, recupera secuencias, analiza variantes con VEP y realiza genómica comparativa en más de 250 especies.

Soporta: Claude Codex Code(CC)
🥉 76 Bronce
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Subir en Claude

Ve a Configuración → Capacidades → Skills → Subir skill

3

Activa y empieza a usar

Pruébalo

Usando "ensembl-database". Look up the gene BRCA2 in human

Resultado esperado:

  • Ensembl ID: ENSG00000139618
  • Location: 13q13.1 (chr13:32,315,479-32,400,586)
  • Description: BRCA2 DNA repair associated
  • Transcripts: 22 known protein-coding transcripts
  • Species: Homo sapiens (human)

Usando "ensembl-database". Analyze variant rs699 with VEP

Resultado esperado:

  • Variant: rs699 (C>T)
  • Location: Chromosome 16, position 213,641
  • Gene: BLK (beta-1,3-galactosyltransferase 5)
  • Consequence: Missense variant
  • Protein change: Val281Phe

Auditoría de seguridad

Seguro
v4 • 1/17/2026

All 177 static findings are false positives. The skill is a legitimate bioinformatics tool querying the Ensembl genome database (maintained by EMBL-EBI). Scanner misidentified GA4GH Beacon API endpoints as Cobalt Strike keywords, HTTP status codes as cryptographic algorithms, and markdown code fences as shell command execution. Network requests target public bioinformatics APIs with proper rate limiting.

5
Archivos escaneados
2,174
Líneas analizadas
2
hallazgos
4
Auditorías totales

Factores de riesgo

🌐 Acceso a red (3)
scripts/ensembl_query.py:22 scripts/ensembl_query.py:50-85 SKILL.md:63
⚙️ Comandos externos (2)
SKILL.md:40-42 references/api_endpoints.md:5-7
Auditado por: claude Ver historial de auditorías →

Puntuación de calidad

64
Arquitectura
100
Mantenibilidad
85
Contenido
29
Comunidad
100
Seguridad
83
Cumplimiento de la especificación

Lo que puedes crear

Canal de anotación de genes

Busca genes, recupera transcritos, obtiene secuencias de proteínas, encuentra ortólogos y exporta resultados para su análisis.

Análisis de variantes

Consulta variantes por rsID, predice consecuencias funcionales con VEP, verifica frecuencias poblacionales, recupera asociaciones de fenotipos.

Genómica comparativa

Encuentra ortólogos entre especies, recupera secuencias, compara estructuras génicas, analiza conservación evolutiva.

Prueba estos prompts

Búsqueda básica de genes 
Look up the gene TP53 in human using Ensembl and return its Ensembl ID, chromosomal location, and description.
Recuperación de secuencias 
Retrieve the DNA sequence for the BRCA2 gene (ENSG00000139618) in FASTA format.
Análisis de variantes 
Analyze the variant rs699 using VEP and show its predicted consequences and population frequencies.
Comparación entre especies 
Find all mouse orthologs for human gene BRCA2 and show their Ensembl IDs and sequence similarity.

Mejores prácticas

  • Respeta el límite de 15 solicitudes por segundo para usuarios anónimos
  • Usa endpoints por lotes al consultar múltiples elementos para mejorar la eficiencia
  • Cachea los datos de acceso frecuente para reducir llamadas a la API

Evitar

  • Hacer solicitudes individuales secuenciales en lugar de usar endpoints por lotes
  • Ignorar respuestas de límite de tasa (códigos de estado 429)
  • No especificar el ensamblaje correcto (GRCh37 vs GRCh38) para consultas de coordenadas

Preguntas frecuentes

¿Qué especies están soportadas?
Ensembl cubre más de 250 especies de vertebrados, incluidos humano, ratón, pez cebra y mosca de la fruta.
¿Cómo gestiono los límites de tasa?
Implementa lógica de reintento con la cabecera Retry-After. Máximo de 15 solicitudes por segundo para usuarios anónimos.
¿Qué es VEP?
Variant Effect Predictor analiza variantes genéticas y predice sus consecuencias funcionales en genes y proteínas.
¿Cómo consulto ensamblajes genómicos más antiguos?
Usa https://grch37.rest.ensembl.org para consultas de GRCh37/hg19. Los ensamblajes actuales usan https://rest.ensembl.org.
¿Puedo agrupar múltiples consultas?
Sí, usa endpoints POST con arreglos JSON para consultar múltiples IDs en una sola solicitud.
¿Qué formatos de salida están disponibles?
La mayoría de los endpoints admiten JSON, FASTA para secuencias, y algunos admiten XML o texto sin formato.

Detalles del desarrollador

Licencia

MIT

Repositorio

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/ensembl-database

Ref.

main

Estructura de archivos

📁 references/

📄 api_endpoints.md

📁 scripts/

📄 ensembl_query.py

📄 evaluation.json

📄 SKILL.md