スキル ena-database
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ena-database

低リスク 🌐 ネットワークアクセス📁 ファイルシステムへのアクセス

Consultar European Nucleotide Archive

こちらからも入手できます: davila7

Los investigadores necesitan acceso eficiente a datos genómicos para análisis. Esta habilidad proporciona acceso programático a ENA a través de APIs REST y FTP para recuperar secuencias de ADN/ARN, archivos FASTQ y ensamblajes de genomas por número de acceso.

対応: Claude Codex Code(CC)
⚠️ 66 貧弱
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オンにして利用開始

テストする

「ena-database」を使用しています。 Find assemblies for SARS-CoV-2 with assembly level chromosome

期待される結果:

Se encontraron 5 ensamblajes que coinciden con los criterios:
- ERR1234567: Complete Genome (MN908947.3)
- ERR2345678: Complete Genome (MW123456.1)
- ERR3456789: Assembly Level: chromosome

Acceda a las secuencias en: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/api/xml/[ACCESSION]

「ena-database」を使用しています。 Get taxonomy for Escherichia coli

期待される結果:

Taxonomy ID: 562
Scientific Name: Escherichia coli
Lineage: Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia
Rank: Species

「ena-database」を使用しています。 Search for RNA-seq experiments in study PRJEB12345

期待される結果:

Se encontraron 12 experimentos RNA-seq:
- ERX123456: Paired-end, ILLUMINA
- ERX123457: Single-end, ILLUMINA
- ERX123458: Paired-end, BGI

Números de acceso de ejecución disponibles para descarga FASTQ.

セキュリティ監査

低リスク
v5 • 1/21/2026

This is a legitimate bioinformatics data access skill for querying the European Nucleotide Archive. All static findings are false positives. The 'external_commands' detections are backtick characters in documentation examples, not shell execution. 'Network' findings are HTTP requests to public ENA APIs (www.ebi.ac.uk). Critical/high severity flags (SAM database, C2 keywords, weak crypto) match generic terms in documentation (sample=sam, MD5/SHA1 for checksums). No actual security risks present.

3
スキャンされたファイル
3,646
解析された行数
2
検出結果
5
総監査数

リスク要因

🌐 ネットワークアクセス (2)
SKILL.md:57-72 references/api_reference.md:7-9
📁 ファイルシステムへのアクセス (1)
SKILL.md:120-124
監査者: claude 監査履歴を表示 →

品質スコア

41
アーキテクチャ
90
保守性
87
コンテンツ
21
コミュニティ
90
セキュリティ
83
仕様準拠

作れるもの

Recuperar datos de secuenciación para análisis

Descargar archivos FASTQ en bruto y ensamblajes de genomas por número de acceso para análisis posteriores en pipelines de bioinformática.

Buscar conjuntos de datos por estudio u organismo

Consultar la API del Portal ENA para encontrar todas las muestras, ejecuciones o ensamblajes asociados con un estudio específico o clasificación taxonómica.

Construir flujos de trabajo de investigación reproducibles

Integrar la recuperación de datos de ENA en pipelines automatizados que obtienen y citan accesos específicos para investigación genómica reproducible.

これらのプロンプトを試す

Encontrar muestras en un estudio 
Use the ENA Portal API to search for all samples in study PRJNA[STUDY_ID]. Return the accession numbers and sample titles.
Descargar secuencia por número de acceso 
Retrieve the nucleotide sequence for accession [ACCESSION] in FASTA format using the ENA Browser API.
Encontrar ensamblajes para un organismo 
Find all assemblies for [ORGANISM] with contig N50 >= [N50_VALUE] using the ENA Portal API.
Flujo de trabajo de descarga masiva 
Search for all read runs in study [STUDY_ID], extract the FTP URLs, and generate a script to download all files via FTP.

ベストプラクティス

  • Implementar limitación de tasa con retroceso exponencial para mantenerse dentro de 50 solicitudes por segundo
  • Usar FTP o Aspera para descargar archivos mayores de 100MB
  • Citar números de acceso de estudios y muestras al publicar resultados derivados de datos de ENA

回避

  • Realizar llamadas API individuales para miles de registros en lugar de procesarlos por lotes
  • Descargar archivos grandes mediante HTTP cuando FTP/Aspera está disponible
  • No manejar errores de análisis XML de las respuestas de la API Browser de ENA

よくある質問

¿Cuál es la diferencia entre la API del Portal ENA y la API Browser?
La API del Portal es para búsqueda y filtrado avanzado en todos los tipos de datos. La API Browser es para recuperación directa de registros específicos por número de acceso en formato XML.
¿Cómo descargo archivos FASTQ grandes?
Para archivos mayores de 100MB, use protocolos FTP o Aspera en lugar de HTTP. La API del Portal ENA devuelve URLs de FTP en los resultados de búsqueda.
¿En qué formatos puedo recuperar secuencias?
Las secuencias están disponibles en FASTA (secuencias ensambladas), FASTQ (lecturas en bruto), XML (formato nativo) y TSV/JSON para metadatos.
¿Cómo encuentro todos los datos de un estudio específico?
Use la API del Portal con el parámetro de consulta study_accession=[STUDY_ID] y el tipo de resultado sample, read_run o assembly según sea necesario.
¿Cuáles son los límites de tasa para las APIs de ENA?
Todas las APIs de ENA están limitadas a 50 solicitudes por segundo. Exceder esto devuelve HTTP 429 y requiere implementar retroceso.
¿Cómo cito datos de ENA en mi publicación?
Incluya el número de acceso del Estudio/Proyecto como la cita principal. También liste los números de acceso específicos de muestras, ejecuciones o ensamblajes utilizados en su análisis.

開発者の詳細

作成者

K-Dense-AI

ライセンス

Unknown

リポジトリ

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/ena-database

参照

main

ファイル構成

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 SKILL.md