Fähigkeiten ena-database
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ena-database

Niedriges Risiko 🌐 Netzwerkzugriff📁 Dateisystemzugriff

Consultar European Nucleotide Archive

Auch verfügbar von: davila7

Los investigadores necesitan acceso eficiente a datos genómicos para análisis. Esta habilidad proporciona acceso programático a ENA a través de APIs REST y FTP para recuperar secuencias de ADN/ARN, archivos FASTQ y ensamblajes de genomas por número de acceso.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
⚠️ 66 Schlecht
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3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "ena-database". Find assemblies for SARS-CoV-2 with assembly level chromosome

Erwartetes Ergebnis:

Se encontraron 5 ensamblajes que coinciden con los criterios:
- ERR1234567: Complete Genome (MN908947.3)
- ERR2345678: Complete Genome (MW123456.1)
- ERR3456789: Assembly Level: chromosome

Acceda a las secuencias en: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/api/xml/[ACCESSION]

Verwendung von "ena-database". Get taxonomy for Escherichia coli

Erwartetes Ergebnis:

Taxonomy ID: 562
Scientific Name: Escherichia coli
Lineage: Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia
Rank: Species

Verwendung von "ena-database". Search for RNA-seq experiments in study PRJEB12345

Erwartetes Ergebnis:

Se encontraron 12 experimentos RNA-seq:
- ERX123456: Paired-end, ILLUMINA
- ERX123457: Single-end, ILLUMINA
- ERX123458: Paired-end, BGI

Números de acceso de ejecución disponibles para descarga FASTQ.

Sicherheitsaudit

Niedriges Risiko
v5 • 1/21/2026

This is a legitimate bioinformatics data access skill for querying the European Nucleotide Archive. All static findings are false positives. The 'external_commands' detections are backtick characters in documentation examples, not shell execution. 'Network' findings are HTTP requests to public ENA APIs (www.ebi.ac.uk). Critical/high severity flags (SAM database, C2 keywords, weak crypto) match generic terms in documentation (sample=sam, MD5/SHA1 for checksums). No actual security risks present.

3
Gescannte Dateien
3,646
Analysierte Zeilen
2
befunde
5
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (2)
SKILL.md:57-72 references/api_reference.md:7-9
📁 Dateisystemzugriff (1)
SKILL.md:120-124
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

41
Architektur
90
Wartbarkeit
87
Inhalt
20
Community
90
Sicherheit
83
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Recuperar datos de secuenciación para análisis

Descargar archivos FASTQ en bruto y ensamblajes de genomas por número de acceso para análisis posteriores en pipelines de bioinformática.

Buscar conjuntos de datos por estudio u organismo

Consultar la API del Portal ENA para encontrar todas las muestras, ejecuciones o ensamblajes asociados con un estudio específico o clasificación taxonómica.

Construir flujos de trabajo de investigación reproducibles

Integrar la recuperación de datos de ENA en pipelines automatizados que obtienen y citan accesos específicos para investigación genómica reproducible.

Probiere diese Prompts

Encontrar muestras en un estudio 
Use the ENA Portal API to search for all samples in study PRJNA[STUDY_ID]. Return the accession numbers and sample titles.
Descargar secuencia por número de acceso 
Retrieve the nucleotide sequence for accession [ACCESSION] in FASTA format using the ENA Browser API.
Encontrar ensamblajes para un organismo 
Find all assemblies for [ORGANISM] with contig N50 >= [N50_VALUE] using the ENA Portal API.
Flujo de trabajo de descarga masiva 
Search for all read runs in study [STUDY_ID], extract the FTP URLs, and generate a script to download all files via FTP.

Bewährte Verfahren

  • Implementar limitación de tasa con retroceso exponencial para mantenerse dentro de 50 solicitudes por segundo
  • Usar FTP o Aspera para descargar archivos mayores de 100MB
  • Citar números de acceso de estudios y muestras al publicar resultados derivados de datos de ENA

Vermeiden

  • Realizar llamadas API individuales para miles de registros en lugar de procesarlos por lotes
  • Descargar archivos grandes mediante HTTP cuando FTP/Aspera está disponible
  • No manejar errores de análisis XML de las respuestas de la API Browser de ENA

Häufig gestellte Fragen

¿Cuál es la diferencia entre la API del Portal ENA y la API Browser?
La API del Portal es para búsqueda y filtrado avanzado en todos los tipos de datos. La API Browser es para recuperación directa de registros específicos por número de acceso en formato XML.
¿Cómo descargo archivos FASTQ grandes?
Para archivos mayores de 100MB, use protocolos FTP o Aspera en lugar de HTTP. La API del Portal ENA devuelve URLs de FTP en los resultados de búsqueda.
¿En qué formatos puedo recuperar secuencias?
Las secuencias están disponibles en FASTA (secuencias ensambladas), FASTQ (lecturas en bruto), XML (formato nativo) y TSV/JSON para metadatos.
¿Cómo encuentro todos los datos de un estudio específico?
Use la API del Portal con el parámetro de consulta study_accession=[STUDY_ID] y el tipo de resultado sample, read_run o assembly según sea necesario.
¿Cuáles son los límites de tasa para las APIs de ENA?
Todas las APIs de ENA están limitadas a 50 solicitudes por segundo. Exceder esto devuelve HTTP 429 y requiere implementar retroceso.
¿Cómo cito datos de ENA en mi publicación?
Incluya el número de acceso del Estudio/Proyecto como la cita principal. También liste los números de acceso específicos de muestras, ejecuciones o ensamblajes utilizados en su análisis.

Entwicklerdetails

Lizenz

Unknown

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/ena-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 SKILL.md