geo-database
Explorar datos de expresión de NCBI GEO
Los investigadores a menudo necesitan formas fiables de encontrar y reutilizar conjuntos de datos públicos de expresión génica. Esta habilidad guía a Claude, Codex y Claude Code a través de flujos de trabajo de búsqueda, recuperación, análisis sintáctico y análisis en NCBI GEO.
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Review the Skillstore skill "geo-database" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-geo-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.Tu Agente debe seguir mostrando su plan y solicitar cualquier confirmación exigida por la política de seguridad.
Recursos legibles por agentes
Usa estos enlaces cuando un agente de IA, crawler o script necesite contexto limpio en vez de leer la página completa.
Pruébalo
Usando "geo-database". Encuentra estudios GEO de RNA-seq sobre cáncer de mama en humanos.
Resultado esperado:
Una lista breve y concisa de GEO Series candidatas, con organismo, tecnología, contexto de las muestras y próximos pasos para la revisión de metadatos.
Usando "geo-database". Explica qué archivos debería descargar para GSE123456.
Resultado esperado:
Una comparación en lenguaje claro de archivos series matrix, SOFT, MINiML y suplementarios, con orientación sobre cuándo es útil cada formato.
Usando "geo-database". Planifica un flujo de trabajo de expresión diferencial para una GEO Series.
Resultado esperado:
Un plan de análisis paso a paso que cubra descarga, comprobaciones de metadatos, asignación de grupos, extracción de expresión, control de calidad, pruebas y notas de citación.
Auditoría de seguridad
SeguroThe skill is primarily documentation and examples for accessing public NCBI GEO data. I confirmed the plaintext FTP guidance as a medium concern because it can expose downloads to tampering. The remaining static findings are false positives involving public URLs, Markdown fences, placeholder keys, local data saves, and GEO identifiers.
Elementos de revisión de capacidades (7)
Estas son capacidades locales reales que pueden esperarse para esta habilidad, por lo que requieren revisión, pero no se cuentan como comportamiento malicioso confirmado.
Factores de riesgo
🌐 Acceso a red (26)
⚙️ Comandos externos (39)
📁 Acceso al sistema de archivos (2)
🔑 Variables de entorno (1)
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https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_reportInsignia Markdown
[](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database?utm_source=security_passport_badge)Insignia HTML
<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-geo-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>Tarjeta para insertar
<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-geo-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>Citas académicas (APA · BibTeX · CFF)
Cita APA
K-Dense-AI. (2026). geo-database security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database/audits/9Cita BibTeX
@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-geo-database-2026,
author = {K-Dense-AI},
title = {geo-database security audit report (audit version 9)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {9},
url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database/audits/9},
note = {Author version unspecified}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "geo-database security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
- name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-09"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-geo-database/audits/9"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:k-dense-ai-geo-database:audit:9"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
Comparar variantes
2 variantes instalablesCada autor sigue siendo un skill instalable independiente. La variante recomendada se ordena según la evidencia de Skillstore.
Por qué esta variante es la primera
davila7-geo-database
2026-09-09
k-dense-ai-geo-database
2026-09-09
Puntuación de Skillstore
Por qué esta puntuación Confianza de la evidencia: AltoLo que puedes crear
Encontrar estudios de expresión sobre enfermedades
Buscar en GEO conjuntos de datos de enfermedades humanas y resumir registros GSE candidatos para su revisión.
Preparar matrices de expresión
Descargar una GEO Series, inspeccionar metadatos de muestras y extraer una matriz para análisis posteriores.
Comparar estudios para un gen
Localizar sondas de plataforma para un gen y comparar resúmenes de expresión entre estudios seleccionados.
Prueba estos prompts
Encuentra conjuntos de datos de NCBI GEO sobre [condition] en [organism]. Devuelve accesiones GSE probables, tipos de estudio, recuentos de muestras y por qué cada resultado es relevante.
Usa la guía de GEO para revisar [GSE accession]. Resume el título, organismo, plataforma, muestras, diseño experimental y tipos de archivos disponibles.
Crea un flujo de trabajo para descargar [GSE accession], extraer la matriz de expresión, separar muestras de control y tratamiento, y comprobar la calidad de los datos.
Planifica un metaanálisis reproducible de GEO para [gene or pathway] en [GSE accessions]. Incluye armonización de metadatos, mapeo de sondas, comprobaciones de normalización y advertencias estadísticas.
Mejores prácticas
- Configura una dirección de correo electrónico de Entrez y respeta los límites de tasa de NCBI para cada consulta automatizada.
- Comprueba los metadatos de muestras, la anotación de la plataforma y los métodos de procesamiento antes de comparar valores de expresión.
- Almacena en caché las descargas grandes localmente y registra las accesiones, versiones y citas de los conjuntos de datos.
Evitar
- No asumas que todos los estudios GEO usan normalización o diseño experimental comparables.
- No descargues archivos suplementarios grandes sin comprobar el espacio en disco y el propósito del archivo.
- No trates los identificadores de sondas como símbolos génicos sin un mapeo de anotación específico de la plataforma.
Preguntas frecuentes
¿Qué es NCBI GEO?
¿Puede esta habilidad descargar archivos GEO?
¿Admite datos de RNA-seq y microarrays?
¿Realiza la interpretación estadística final?
¿Qué herramientas espera?
¿Cómo debería manejar las claves de API?
Detalles del desarrollador
Autor
K-Dense-AILicencia
Unknown
Revisión de Skillstore
r1
Aviso de versión
El autor no declaró una versión.
Repositorio
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/geo-databaseRef.
26421118b848d9f1efc0aa169d8a7a9e7e0a877e
Actualidad del mantenimiento
21/7/2026
Uso
8 descargas · 220 vistas
Estructura de archivos