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gene-database

Name: gene-database
Author: K-Dense-AI

Niedriges Risiko 🌐 Netzwerkzugriff⚙️ Externe Befehle🔑 Umgebungsvariablen📁 Dateisystemzugriff

Consultar la base de datos de genes del NCBI

Auch verfügbar von: davila7

Accede a datos completos de genes del NCBI, incluyendo secuencias, anotaciones e información funcional. Busca por símbolo de gen, ID o contexto biológico para obtener RefSeqs, Gene Ontology, ubicaciones cromosómicas y fenotipos para investigación bioinformática.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)

🥉 73 Bronze

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Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "gene-database". Encuentra información sobre BRCA1 en humano

Erwartetes Ergebnis:

ID de gen: 672
Símbolo: BRCA1
Descripción: BRCA1 asociado a reparación de ADN
Organismo: Homo sapiens
Cromosoma: 17
Ubicación: 17q21.31

Verwendung von "gene-database". Encuentra genes asociados con diabetes en humano

Erwartetes Ergebnis:

Lista de IDs de genes con símbolo, descripción y cromosoma para genes asociados a diabetes
Consulta de búsqueda: diabetes[enfermedad] AND humano[organismo]

Verwendung von "gene-database". Obtener datos de genes en lote para TP53, EGFR, KRAS

Erwartetes Ergebnis:

Resultados en lote con ID de gen, símbolo, descripción, organismo, cromosoma y ubicación en mapa para cada gen

Sicherheitsaudit

Niedriges Risiko

v4 • 1/17/2026

This is a legitimate bioinformatics tool for querying NCBI Gene database. All 374 static findings are false positives: markdown backticks in documentation are code formatting (not shell execution), API keys are user-provided CLI arguments (not hardcoded secrets), hardcoded URLs are official NCBI API endpoints, and the network+credential+file pattern is standard API client behavior. No data exfiltration or malicious patterns detected.

Gescannte Dateien

2,293

Analysierte Zeilen

befunde

Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (4)

scripts/query_gene.py:19 scripts/fetch_gene_data.py:17 scripts/batch_gene_lookup.py:53 references/api_reference.md:20-22

⚙️ Externe Befehle (3)

SKILL.md:34-175 references/api_reference.md:20-356 references/common_workflows.md:26-398

🔑 Umgebungsvariablen (3)

scripts/query_gene.py:23-43 scripts/fetch_gene_data.py:56-71 scripts/batch_gene_lookup.py:41-48

📁 Dateisystemzugriff (1)

scripts/batch_gene_lookup.py:287

Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

Architektur

100

Wartbarkeit

Inhalt

Community

Sicherheit

Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Flujos de trabajo de anotación de genes

Recupera datos completos de genes incluyendo secuencias, términos GO y fenotipos para análisis funcional.

Recolección de datos de genes en lote

Procesa listas de genes de manera eficiente con limitación de velocidad para estudios genómicos a gran escala.

Búsqueda de información de genes

Consulta símbolos de genes y recupera información detallada con fines educativos.

Probiere diese Prompts

Encontrar un símbolo de gen

Encuentra información sobre el gen {gene_symbol} en {organismo}, incluyendo su ubicación cromosómica y función.

Obtener datos de secuencia

Recupera los números de acceso RefSeq y los datos de secuencia del gen {gene_id} en formato JSON.

Consulta de genes en lote

Busca información de los siguientes genes de {organismo}: {gene_list}. Devuelve los resultados en formato JSON.

Búsqueda de función génica

Encuentra genes asociados con {biological_process} en {organismo} usando términos de Gene Ontology.

Bewährte Verfahren

Incluye el organismo en tu consulta para evitar resultados ambiguos de símbolos de genes que existen en múltiples especies
Usa IDs de genes en lugar de símbolos cuando se requiere precisión, ya que los símbolos de genes pueden cambiar con el tiempo
Incluye tu clave API del NCBI para procesamiento más rápido en lote (hasta 10 solicitudes por segundo)

Vermeiden

No realices solicitudes individuales en un bucle sin limitación de velocidad, ya que esto activará los límites del NCBI
No confíes únicamente en símbolos de genes para almacenamiento permanente, ya que la nomenclatura oficial puede cambiar
No asumas que todos los símbolos de genes son únicos dentro de un organismo sin verificar

Häufig gestellte Fragen

¿Cómo obtengo una clave API del NCBI?

Regístrate para obtener una clave API gratuita en https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account para aumentar los límites de velocidad de 3 a 10 solicitudes por segundo.

¿Qué formatos de genes se admiten?

Puedes buscar por símbolo oficial de gen (BRCA1), ID de gen (672), o usar consultas complejas con términos GO y palabras clave de enfermedades.

¿Puedo recuperar secuencias de proteínas?

Sí, la habilidad recupera los accesos RefSeq para transcripciones y proteínas asociadas al gen.

¿Cuántos genes puedo consultar a la vez?

El script en lote admite cientos de genes con limitación de velocidad automática. ESummary acepta hasta 500 IDs por solicitud.

¿Qué formatos de salida están disponibles?

Los datos pueden devolverse como JSON para uso programático, XML para metadatos detallados, o resúmenes de texto legibles por humanos.

¿Esta habilidad almacena algún dato?

No, esta habilidad solo consulta las APIs del NCBI en tiempo real. Todos los datos se devuelven directamente al usuario o se escriben en un archivo de salida especificado por el usuario.