Fähigkeiten flowio
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flowio

Sicher ⚙️ Externe Befehle🌐 Netzwerkzugriff⚡ Enthält Skripte

Leer y escribir archivos FCS de citometría de flujo

Auch verfügbar von: davila7

Los datos de citometría de flujo requieren manejo especializado de archivos. FlowIO analiza archivos FCS, extrae datos de eventos como arrays de NumPy y permite la conversión a formatos CSV para flujos de análisis posteriores.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
📊 69 Angemessen
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3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "flowio". Read my flow cytometry file and show the channel information

Erwartetes Ergebnis:

  • File: sample.fcs (245 KB)
  • FCS Version: 3.1
  • Events: 10,234
  • Channels: 8
  • Channel [0] FSC-A | Forward Scatter | scatter
  • Channel [1] SSC-A | Side Scatter | scatter
  • Channel [2] FL1-A | FITC | fluoro
  • Channel [3] FL2-A | PE | fluoro
  • Time channel: Index 7

Verwendung von "flowio". Convert this FCS file to CSV format

Erwartetes Ergebnis:

  • Loaded sample.fcs with 15,000 events and 12 channels
  • Converted event data to Pandas DataFrame
  • Exported to sample.csv (2.3 MB)
  • Columns: FSC-A, SSC-A, FL1-A, FL2-A, FL3-A, FL4-A, FL5-A, Time

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

All 177 static findings are false positives. The scanner misidentified markdown documentation artifacts and legitimate scientific terminology as security issues. Shell command patterns are installation instructions in code blocks. 'Weak cryptographic algorithm' detections refer to 'PnE' (Parameter n Exponential), a legitimate flow cytometry data format term for amplification exponents. No actual executable code or malicious patterns exist in this skill.

3
Gescannte Dateien
1,962
Analysierte Zeilen
3
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

⚙️ Externe Befehle (2)
references/api_reference.md:9-11 SKILL.md:31-33
🌐 Netzwerkzugriff (1)
skill-report.json:6
⚡ Enthält Skripte (1)
SKILL.md:350-355
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

41
Architektur
100
Wartbarkeit
87
Inhalt
21
Community
100
Sicherheit
78
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Preprocesar datos de citometría

Extraer eventos de archivos FCS y preparar datos para flujos de análisis con herramientas de compensación y gating.

Inspeccionar archivos de experimentos

Ver rápidamente conteos de canales, conteos de eventos y metadatos de experimentos de citometría de flujo sin software especializado.

Conversión por lotes a CSV

Procesar directorios de archivos FCS y exportar a formato CSV para flujos de trabajo de aprendizaje automático.

Probiere diese Prompts

Lectura básica de archivos 
Use FlowIO to read experiment.fcs and show the version, event count, and channel names.
Extraer datos de eventos 
Load sample.fcs using FlowIO and extract the event data as a NumPy array with preprocessing applied.
Crear archivo FCS 
Create a new FCS file named output.fcs from a NumPy array with 1000 events and 5 channels named FSC-A, SSC-A, FL1-A, FL2-A, Time.
Conversión por lotes 
Find all .fcs files in data/ directory, read each one, and export the event data to CSV files with the same basename.

Bewährte Verfahren

  • Use only_text=True parameter when only metadata is needed to save memory
  • Wrap file operations in try-except blocks to handle parsing errors gracefully
  • Use ignore_offset_discrepancy=True for files with offset inconsistencies

Vermeiden

  • Do not attempt direct modification of event data in FlowData objects
  • Do not use FlowData constructor for multi-dataset files - use read_multiple_data_sets()
  • Do not assume preprocessing is always desired - set preprocess parameter explicitly

Häufig gestellte Fragen

¿Qué versiones de FCS son compatibles?
FlowIO supports FCS versions 2.0, 3.0, and 3.1 for both reading and writing.
¿Cómo extraer solo metadatos?
Pass only_text=True to FlowData constructor to skip DATA segment parsing and save memory.
¿Puedo modificar los datos de eventos?
FlowIO does not support direct modification. Extract data with as_array(), modify it, then use create_fcs() to save.
¿Cómo manejar archivos con múltiples conjuntos de datos?
Use read_multiple_data_sets() function instead of FlowData constructor to get all datasets as a list.
¿Qué preprocesamiento se aplica?
By default, FlowIO applies gain scaling, logarithmic transformation using PnE values, and time scaling.
¿Se puede integrar con otras herramientas?
Yes, combine with FlowKit for compensation/gating or export to Pandas DataFrames for analysis.

Entwicklerdetails

Lizenz

BSD-3-Clause license

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/flowio

Ref

main

Dateistruktur

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