المهارات scvi-tools
📦

scvi-tools

مراجعة المحتوى r2 آمن ⚙️ الأوامر الخارجية🌐 الوصول إلى الشبكة

تحليل أومكس الخلية المفردة باستخدام scvi-tools

يتطلب تحليل أومكس الخلية المفردة اختيارًا دقيقًا للنموذج، والمعالجة المسبقة، والتفسير. ترشد هذه المهارة سير عمل scvi-tools للتكامل، والتعبير التفاضلي، والتوسيم، والتحليل المكاني.

يدعم: Claude Codex Code(CC)
📊 76 كافٍ

التثبيت باستخدام Agent لدي

انسخ هذا الطلب إلى Agent لديك. يتضمن صفحة Skill المعتمدة وملف manifest.

طلب الوكيل
Review the Skillstore skill "scvi-tools" from https://skillstore.io/skills/davila7-scvi-tools.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-scvi-tools/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

يجب أن يواصل Agent عرض خطته وطلب أي تأكيد تفرضه سياسة الأمان.

موارد مهيّأة لـ Agents

استخدم هذه الروابط عندما يحتاج AI Agent أو crawler أو script إلى سياق نظيف بدلًا من قراءة الصفحة كاملة.

تفاصيل Markdown GET /skills/davila7-scvi-tools.md manifest موقَّع GET /api/skills/davila7-scvi-tools/manifest lockfile موقَّع GET /api/skills/davila7-scvi-tools/lockfile

اختبرها

جارٍ استخدام "scvi-tools". يسأل مستخدم عن نموذج scvi-tools المناسب لبيانات CITE-seq المقترنة من RNA والبروتين.

النتيجة المتوقعة:

توصي المهارة بـ totalVI، وتشرح حقول RNA والبروتين المطلوبة، وتحدد خطوات التدريب، واستخراج الكامن، والتحليل التفاضلي.

جارٍ استخدام "scvi-tools". يحتاج مستخدم إلى مساعدة في تحليل مجموعات خلايا غير متوازنة للتعبير التفاضلي.

النتيجة المتوقعة:

تقترح المهارة وضع change، وعتبات حجم الأثر، وعددًا كافيًا من عينات posterior، وتفسيرًا حذرًا للمجموعات الصغيرة.

جارٍ استخدام "scvi-tools". يريد مستخدم رسم خرائط لمجموعة بيانات استعلام إلى أطلس مرجعي.

النتيجة المتوقعة:

تصف المهارة التعلم بالنقل بأسلوب scArches، ومطابقة حقول الإعداد، وخيارات الضبط الدقيق، وفحوصات نقل التسميات.

التدقيق الأمني

آمن
v9 • ٢٣‏/٧‏/٢٠٢٦ فتح التقرير المرتبط بالإصدار

All 28 static findings are false positives caused by Markdown backticks, scientific terminology, fixed installation guidance, and official documentation links. No command injection, reconnaissance, data exfiltration, or prompt injection intent was found.

9
الملفات التي تم فحصها
3,622
الأسطر التي تم تحليلها
0
عناصر المراجعة
0
تم تجاهل الإيجابيات الكاذبة

عوامل الخطر

⚙️ الأوامر الخارجية (21)
SKILL.md:29 SKILL.md:37 SKILL.md:43 SKILL.md:49 SKILL.md:56 SKILL.md:66-100 SKILL.md:100-114 SKILL.md:114-122 SKILL.md:122-124 SKILL.md:124-129 SKILL.md:129-135 SKILL.md:135-140 SKILL.md:140-148 SKILL.md:148-158 SKILL.md:158-162 SKILL.md:162-163 SKILL.md:163-170 SKILL.md:170-174 SKILL.md:174-179 SKILL.md:179-180 SKILL.md:180-183
🌐 الوصول إلى الشبكة (3)
SKILL.md:164 SKILL.md:165 SKILL.md:166
لم يكتشف أحدث تدقيق ثابت ودلالي مكتمل أي نتائج أمنية مؤكدة. ولا يثبت ذلك أن المهارة خالية من الآثار الجانبية.
دقّقه: codex عرض سجل التدقيق →
شارك واستشهد بهذا التقرير

شارك تقرير التقييم المرتبط بالإصدار والشارة المحايدة وبطاقة التضمين والاستشهادات. تعرض Skillstore الأدلة من دون أن تقرر ما إذا كانت هذه المهارة آمنة.

فتح التقرير المرتبط بالإصدار
تقييم الأمان

نسخ رابط التقرير

https://skillstore.io/skills/davila7-scvi-tools/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

شارة Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-scvi-tools/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-scvi-tools?utm_source=security_passport_badge)

شارة HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-scvi-tools?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-scvi-tools/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

بطاقة قابلة للتضمين

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-scvi-tools.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>
الاستشهادات الأكاديمية (APA · BibTeX · CFF)

اقتباس APA

davila7. (2026). scvi-tools security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-scvi-tools/audits/9

اقتباس BibTeX

@techreport{davila7-davila7-scvi-tools-2026, author = {davila7}, title = {scvi-tools security audit report (audit version 9)}, institution = {Skillstore}, year = {2026}, number = {9}, url = {https://skillstore.io/skills/davila7-scvi-tools/audits/9}, note = {Author version unspecified} }

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0 message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report." title: "scvi-tools security audit report (audit version 9)" version: "unspecified" type: report authors: - name: "davila7" date-released: "2026-07-23" url: "https://skillstore.io/skills/davila7-scvi-tools/audits/9" identifiers: - type: other value: "skillstore:davila7-scvi-tools:audit:9" description: "Skillstore immutable audit report identifier"

مقارنة المتغيرات

2 متغيرات قابلة للتثبيت

تبقى مهارة كل مؤلف عنصراً مستقلاً قابلاً للتثبيت. يُرتب المتغير الموصى به وفق أدلة Skillstore.

سبب تصدر هذا المتغير

أعلى تقييم في Skillstore
davila7 موصى به الحالي

davila7-scvi-tools

تقييم Skillstore 76
موثوقية الأدلة مرتفع
استخدام Skillstore 11
تم التحديث

2026-09-09

K-Dense-AI

k-dense-ai-scvi-tools

تقييم Skillstore 73
موثوقية الأدلة مرتفع
استخدام Skillstore 8
تم التحديث

2026-09-09

تقييم Skillstore

سبب هذا التقييم موثوقية الأدلة: مرتفع
45
الهندسة المعمارية
85
قابلية الصيانة
87
المحتوى
75
المجتمع
83
الامتثال للمواصفات

ما الذي يمكنك بناؤه

اختيار النموذج المناسب

قارن نماذج scvi-tools لبيانات RNA أو ATAC أو البروتين أو multiome أو البيانات المكانية أو بيانات الخلية المفردة المتخصصة.

تخطيط سير عمل قابل لإعادة الإنتاج

أنشئ خطط تحليل للمعالجة المسبقة، وإعداد النموذج، والتدريب، والتكامل، والتصور، وتخزين النتائج.

تفسير مخرجات النموذج

راجع المساحات الكامنة، والتعبير المطبّع، ونتائج التعبير التفاضلي، وعدم اليقين، وقيود النموذج.

جرّب هذه الموجّهات

اختيار نموذج 
لدي بيانات [data modality] مع [batch structure] وأريد [analysis goal]. أوصِ بنموذج scvi-tools وحقول AnnData المطلوبة.
تخطيط سير عمل 
صمّم سير عمل scvi-tools لـ [dataset description]. ضمّن المعالجة المسبقة، وحقول الإعداد، وتدريب النموذج، والمخرجات، وفحوصات الجودة.
مراجعة التعبير التفاضلي 
راجع خطتي للتعبير التفاضلي لـ [groups] و[cell types] و[batches]. اشرح mode وdelta وهدف FDR ومخاطر التفسير.
تصميم تكامل متعدد الوسائط 
قارن totalVI وMultiVI وMrVI والخيارات المكانية لـ [study design]. أوصِ باستراتيجية نمذجة، وفحوصات تحقق، وخطة إعداد تقارير.

أفضل الممارسات

  • احتفظ بالعدّات الخام في طبقة AnnData مخصصة قبل التطبيع أو اختيار الميزات.
  • سجّل المتغيرات التقنية المصاحبة، والدُفعات، والتسميات المعروفة قبل إنشاء كل نموذج.
  • احفظ النماذج المدرّبة ومخرجات AnnData الموسومة مع بيانات وصفية واضحة للإصدار ومجموعة البيانات.

تجنب

  • التدريب على قيم مطبّعة لوغاريتميًا عندما يتوقع النموذج العدّات الخام.
  • تجاهل تأثيرات المتبرع أو الدُفعة أو الكيمياء المعروفة أثناء الإعداد.
  • استخدام ترتيبات التعبير التفاضلي دون مراجعة أحجام الأثر، وعدم اليقين، وأحجام المجموعات.

الأسئلة المتكررة

هل تنفذ هذه المهارة كود التحليل؟
لا. توفر إرشادات وأمثلة يشغّلها المستخدمون في بيئة Python الخاصة بهم.
ما أدوات الذكاء الاصطناعي التي يمكنها استخدامها؟
إنها معدّة لسير عمل Claude وCodex وClaude Code.
هل يمكنها المساعدة في اختيار نموذج scvi-tools؟
نعم. تقارن النماذج حسب الوسيط، والمدخلات، والمخرجات، وأهداف التحليل الشائعة.
هل تغطي تدريب GPU؟
نعم. تتضمن إرشادات لتسريع GPU، وإدارة الذاكرة، وتكوين التدريب.
هل هي مخصصة فقط لـ scRNA-seq؟
لا. تغطي أيضًا ATAC-seq وCITE-seq وmultiome والبيانات المكانية والمثيلة وقياس الخلايا ووسائط أخرى.
هل يمكنها تفسير النتائج الإحصائية؟
تشرح حقول المخرجات الشائعة ومخاطر التفسير، لكن الاستنتاجات البيولوجية النهائية تتطلب مراجعة خبير.

تفاصيل المطور

المؤلف

davila7

الترخيص

MIT

مراجعة Skillstore

r2

تنبيه الإصدار

لم يعلن المؤلف عن إصدار.

المستودع

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/scvi-tools

مرجع

c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f

حداثة الصيانة

٢٦‏/٧‏/٢٠٢٦

الاستخدام

6 تنزيلات · 539 مشاهدات

بنية الملفات

📁 references/

📄 differential-expression.md

📄 models-atac-seq.md

📄 models-multimodal.md

📄 models-scrna-seq.md

📄 models-spatial.md

📄 models-specialized.md

📄 theoretical-foundations.md

📄 workflows.md

📄 SKILL.md

المزيد من davila7

عرض الكل

مهارات ذات صلة

عرض الكل
📦

pytdc

82

تحليل مجموعات بيانات التعلم الآلي العلاجية باستخدام PyTDC

بواسطة K-Dense-AI

تحتاج فرق اكتشاف الأدوية إلى مجموعات بيانات موثوقة وبروتوكولات تقييم عادلة. تساعد هذه المهارة Claude على استخدام PyTDC لبيانات التعلم الآلي العلاجية المنسقة، وتقسيمات المعايير المرجعية، والمقاييس، والأوراكل الجزيئية.

البيانات والتحليلات عرض
📦

scanpy

80

تحليل RNA-seq أحادي الخلية باستخدام Scanpy

بواسطة K-Dense-AI

يتطلب تحليل RNA-seq أحادي الخلية العديد من القرارات المترابطة عبر QC، والتطبيع، والتجميع، والرسم البياني. تمنح هذه المهارة Claude وCodex وClaude Code سير عمل Scanpy منظّمة، وإرشادات مرجعية، ونصوص تحليل قابلة لإعادة الاستخدام.

البيانات والتحليلات عرض
📦

brenda-database

78

تحليل بيانات إنزيمات BRENDA

بواسطة K-Dense-AI

غالبا ما تتطلب أبحاث الإنزيمات وصولا منظما إلى البيانات الحركية والبيانات الخاصة بالكائنات الحية. تساعد هذه المهارة Claude وCodex وClaude Code على الاستعلام عن سجلات BRENDA وتحويلها إلى تحليل كيميائي حيوي قابل للاستخدام.

البيانات والتحليلات عرض