Fähigkeiten ensembl-database
🧬

ensembl-database

Sicher 🌐 Netzwerkzugriff⚙️ Externe Befehle

استعلام قاعدة بيانات Ensembl الجينومية

Auch verfügbar von: davila7

استعلام واجهة REST API لقاعدة بيانات Ensembl الجينومية للحصول على البيانات الجينومية للفقاريات. ابحث عن الجينات، واسترجع التسلسلات، وحلل المتغيرات باستخدام VEP، وأداء الجينوميات المقارنة عبر أكثر من 250 نوعاً.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 Bronze
1

Die Skill-ZIP herunterladen

2

In Claude hochladen

Gehe zu Einstellungen → Fähigkeiten → Skills → Skill hochladen

3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "ensembl-database". ابحث عن الجين BRCA2 في الإنسان

Erwartetes Ergebnis:

  • معرف Ensembl: ENSG00000139618
  • الموضع: 13q13.1 (chr13:32,315,479-32,400,586)
  • الوصف: BRCA2 مرتبط بإصلاح DNA
  • النسخ الجينية: 22 نسخة معروفة ترميز البروتينات
  • النوع: Homo sapiens (إنسان)

Verwendung von "ensembl-database". حلل المتغير rs699 باستخدام VEP

Erwartetes Ergebnis:

  • المتغير: rs699 (C>T)
  • الموضع: الكروموسوم 16، الموضع 213,641
  • الجين: BLK (بيتا-1,3-galactosyltransferase 5)
  • العاقبة: متغيرmissense
  • تغيير البروتين: Val281Phe

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

All 177 static findings are false positives. The skill is a legitimate bioinformatics tool querying the Ensembl genome database (maintained by EMBL-EBI). Scanner misidentified GA4GH Beacon API endpoints as Cobalt Strike keywords, HTTP status codes as cryptographic algorithms, and markdown code fences as shell command execution. Network requests target public bioinformatics APIs with proper rate limiting.

5
Gescannte Dateien
2,174
Analysierte Zeilen
2
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (3)
scripts/ensembl_query.py:22 scripts/ensembl_query.py:50-85 SKILL.md:63
⚙️ Externe Befehle (2)
SKILL.md:40-42 references/api_endpoints.md:5-7
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

64
Architektur
100
Wartbarkeit
85
Inhalt
20
Community
100
Sicherheit
83
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

خط أنابيب تحديد الجينات

ابحث عن الجينات، واسترجع النسخ الجينية، واحصل على تسلسلات البروتينات، واعثر على متماثلات الجينات، وصدر النتائج للتحليل.

تحليل المتغيرات

استعلم المتغيرات حسب rsID، وتنبأ بالعواقب الوظيفية باستخدام VEP، وتحقق من ترددات السكان، واسترجع جمعيات النمط الظاهري.

جينوميات المقارنة

اعثر على متماثلات orthologs عبر الأنواع، واسترجع التسلسلات، وقارن بنى الجينات، وحلل الحفظ التطوري.

Probiere diese Prompts

بحث أساسي عن الجينات 
ابحث عن الجين TP53 في الإنسان باستخدام Ensembl وأعد معرفه وموضعه الكروموسومي ووصفه.
استرجاع التسلسلات 
استرجع تسلسل DNA للجين BRCA2 (ENSG00000139618) بتنسيق FASTA.
تحليل المتغيرات 
حلل المتغير rs699 باستخدام VEP وأظهر عواقبه المتنبأ بها وترددات السكان.
مقارنة عبر الأنواع 
اعثر على جميع متماثلات orthologs للفأر للجين البشري BRCA2 وأظهر معرفاتها وتشابه تسلسلها.

Bewährte Verfahren

  • احترام حد معدل 15 طلباً في الثانية للمستخدمين المجهولين
  • استخدام نقاط النهاية الدفعية عند استعلام عناصر متعددة لتحسين الكفاءة
  • تخزين البيانات التي يتم الوصول إليها بشكل متكرر في ذاكرة التخزين المؤقت لتقليل استدعاءات API

Vermeiden

  • إجراء طلبات متسلسلة مفردة بدلاً من استخدام نقاط النهاية الدفعية
  • تجاهل استجابات حد المعدل (رموز الحالة 429)
  • عدم تحديد التجميع الصحيح (GRCh37 مقابل GRCh38) لاستعلامات الإحداثيات

Häufig gestellte Fragen

ما الأنواع المدعومة؟
Ensembl تغطي أكثر من 250 نوعاً من الفقاريات بما في ذلك الإنسان والفأر وسمك الزرد وذبابة الفاكهة.
كيف أتعامل مع حدود المعدل؟
قم بتنفيذ منطق إعادة المحاولة مع رأس Retry-After. بحد أقصى 15 طلباً في الثانية للمستخدمين المجهولين.
ما هو VEP؟
متنبئ تأثير المتغير (VEP) يحلل المتغيرات الجينية ويتنبأ بعواقبها الوظيفية على الجينات والبروتينات.
كيف أستعلم عن تجميعات الجينوم الأقدم؟
استخدم https://grch37.rest.ensembl.org لاستعلامات GRCh37/hg19. تستخدم التجميعات الحالية https://rest.ensembl.org.
هل يمكنني دفع استعلامات متعددة؟
نعم، استخدم نقاط النهاية POST مع مصفوفات JSON لاستعلام معرفات متعددة في طلب واحد.
ما تنسيقات الإخراج المتاحة؟
تدعم معظم نقاط النهاية JSON، وFASTA للتسلسلات، وبعضها يدعم XML أو نص عادي.

Entwicklerdetails

Lizenz

MIT

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/ensembl-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 api_endpoints.md

📁 scripts/

📄 ensembl_query.py

📄 evaluation.json

📄 SKILL.md