cosmic-database
الوصول إلى قاعدة بيانات طفرات السرطان COSMIC
متاح أيضًا من: davila7
يحتاج باحثو السرطان إلى بيانات شاملة عن الطفرات لإجراء دراساتهم. توفر هذه المهارة وصولاً مبرمجاً إلى قاعدة بيانات COSMIC التي تحتوي على ملايين الطفرات الجسمية، وقوائم الجينات السرطانية المنسقة، والتوقيعات الطفرية لأبحاث العلاج الدقيق للأورام.
تنزيل ZIP المهارة
رفع في Claude
اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill
فعّل وابدأ الاستخدام
اختبرها
استخدام "cosmic-database". تنزيل سجل الجينات السرطانية من COSMIC
النتيجة المتوقعة:
- مسار ملف سجل الجينات السرطانية: GRCh38/cosmic/latest/cancer_gene_census.csv
- استخدم download_cosmic.py مع --data-type gene_census
- يحتوي على أكثر من 700 جين سرطاني منسقة مع أدوارها ( oncogene، TSG، اندماج)
- يمكن قراءة الملف الذي تم تنزيله باستخدام pandas.read_csv()
استخدام "cosmic-database". العثور على طفرات TP53 في سرطان الرئة
النتيجة المتوقعة:
- تنزيل CosmicMutantExport.tsv.gz من GRCh38/cosmic/latest/
- تصفية الطفرات حيث يكون 'Gene name' يساوي 'TP53'
- تصفية إضافية حيث يكون 'Primary site' يساوي 'lung'
- تم العثور على 847 طفرة TP53 في عينات سرطان الرئة
- أعلى المتغيرات: R175H (12٪)، R248W (8٪)، R273H (7٪)
التدقيق الأمني
آمنAll 121 static findings are false positives. The analyzer misidentified markdown code fences (```) as shell backticks, documentation URLs as network threats, and fabricated cryptographic patterns. This is a legitimate Sanger Institute bioinformatics tool. The Python script only makes authenticated HTTPS requests to download cancer genomics data from the official COSMIC database.
مشكلات منخفضة المخاطر (3)
عوامل الخطر
🌐 الوصول إلى الشبكة (1)
📁 الوصول إلى نظام الملفات (1)
درجة الجودة
ماذا يمكنك بناءه
تحليل أنماط الطفرات
تنزيل بيانات الطفرات الجسمية لتحديد الطفرات المتكررة في أنواع معينة من السرطان للدراسات البحثية.
بناء خطوط أنابيب التعليقات التوضيحية
دمج بيانات COSMIC في سير عمل المعلوماتية الحيوية لتسمية متغيرات المرضى بأهمية السرطان.
البحث في مقاومة الأدوية
الاستعلام عن بيانات طفرات المقاومة لإبلاغ قرارات الطب الدقيق في علاج السرطان.
جرّب هذه الموجهات
أظهر لي كيفية تنزيل سجل الجينات السرطانية من COSMIC باستخدام برنامج download_cosmic.py. ما مسار الملف الذي يجب أن أستخدمه؟
أي ملف يحتوي على طفرات TP53 في COSMIC وكيف أقوم بتصفية البيانات المنزلة لجين محدد؟
كيف أقوم بتنزيل والعمل مع التوقيعات الطفرية COSMIC؟ ما مسارات الملفات التي يجب أن أستخدمها لتوقيعات SBS؟
أظهر لي كيفية قراءة ملف CosmicCodingMuts.vcf.gz الذي تم تنزيله باستخدام pysam واستخراج السجلات للكروموسوم 17.
أفضل الممارسات
- استخدم تجميع GRCh38 للمشاريع الجديدة وحدد genome_assembly='GRCh38' في استدعاءات الدوال
- استخدم 'latest' في مسارات الملفات للحصول على أحدث إصدار COSMIC أو ثبت إصدارات محددة لقابلية إعادة الإنتاج
- تخزين بيانات الاعتماد بشكل آمن باستخدام متغيرات البيئة ولا تضع كلمات المرور في البرامج النصية
تجنب
- استخدام GRCh37 للمشاريع الجديدة عندما يكون GRCh38 هو الجينوم المرجعي القياسي الحالي
- تنزيل قاعدة البيانات بأكملها عندما تلبي المجموعات الفرعية المحددة احتياجاتك التحليلية
- تخطي التحقق من المصادقة قبل محاولة التنزيلات
الأسئلة المتكررة
هل الوصول إلى COSMIC مجاني؟
أي تجميع للجينوم يجب أن أستخدمه؟
ما حجم ملفات COSMIC؟
ما التنسيقات المتاحة للملفات؟
كم مرة يتم تحديث COSMIC؟
هل يمكنني استخدام هذا مع أدوات أخرى؟
تفاصيل المطور
المؤلف
K-Dense-AIالترخيص
MIT
المستودع
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/cosmic-databaseمرجع
main
بنية الملفات