cosmic-database
الوصول إلى قاعدة بيانات طفرات السرطان COSMIC
Auch verfügbar von: davila7
يحتاج باحثو السرطان إلى بيانات شاملة عن الطفرات لإجراء دراساتهم. توفر هذه المهارة وصولاً مبرمجاً إلى قاعدة بيانات COSMIC التي تحتوي على ملايين الطفرات الجسمية، وقوائم الجينات السرطانية المنسقة، والتوقيعات الطفرية لأبحاث العلاج الدقيق للأورام.
Die Skill-ZIP herunterladen
In Claude hochladen
Gehe zu Einstellungen → Fähigkeiten → Skills → Skill hochladen
Einschalten und loslegen
Teste es
Verwendung von "cosmic-database". تنزيل سجل الجينات السرطانية من COSMIC
Erwartetes Ergebnis:
- مسار ملف سجل الجينات السرطانية: GRCh38/cosmic/latest/cancer_gene_census.csv
- استخدم download_cosmic.py مع --data-type gene_census
- يحتوي على أكثر من 700 جين سرطاني منسقة مع أدوارها ( oncogene، TSG، اندماج)
- يمكن قراءة الملف الذي تم تنزيله باستخدام pandas.read_csv()
Verwendung von "cosmic-database". العثور على طفرات TP53 في سرطان الرئة
Erwartetes Ergebnis:
- تنزيل CosmicMutantExport.tsv.gz من GRCh38/cosmic/latest/
- تصفية الطفرات حيث يكون 'Gene name' يساوي 'TP53'
- تصفية إضافية حيث يكون 'Primary site' يساوي 'lung'
- تم العثور على 847 طفرة TP53 في عينات سرطان الرئة
- أعلى المتغيرات: R175H (12٪)، R248W (8٪)، R273H (7٪)
Sicherheitsaudit
SicherAll 121 static findings are false positives. The analyzer misidentified markdown code fences (```) as shell backticks, documentation URLs as network threats, and fabricated cryptographic patterns. This is a legitimate Sanger Institute bioinformatics tool. The Python script only makes authenticated HTTPS requests to download cancer genomics data from the official COSMIC database.
Probleme mit niedrigem Risiko (3)
Risikofaktoren
🌐 Netzwerkzugriff (1)
📁 Dateisystemzugriff (1)
Qualitätsbewertung
Was du bauen kannst
تحليل أنماط الطفرات
تنزيل بيانات الطفرات الجسمية لتحديد الطفرات المتكررة في أنواع معينة من السرطان للدراسات البحثية.
بناء خطوط أنابيب التعليقات التوضيحية
دمج بيانات COSMIC في سير عمل المعلوماتية الحيوية لتسمية متغيرات المرضى بأهمية السرطان.
البحث في مقاومة الأدوية
الاستعلام عن بيانات طفرات المقاومة لإبلاغ قرارات الطب الدقيق في علاج السرطان.
Probiere diese Prompts
أظهر لي كيفية تنزيل سجل الجينات السرطانية من COSMIC باستخدام برنامج download_cosmic.py. ما مسار الملف الذي يجب أن أستخدمه؟
أي ملف يحتوي على طفرات TP53 في COSMIC وكيف أقوم بتصفية البيانات المنزلة لجين محدد؟
كيف أقوم بتنزيل والعمل مع التوقيعات الطفرية COSMIC؟ ما مسارات الملفات التي يجب أن أستخدمها لتوقيعات SBS؟
أظهر لي كيفية قراءة ملف CosmicCodingMuts.vcf.gz الذي تم تنزيله باستخدام pysam واستخراج السجلات للكروموسوم 17.
Bewährte Verfahren
- استخدم تجميع GRCh38 للمشاريع الجديدة وحدد genome_assembly='GRCh38' في استدعاءات الدوال
- استخدم 'latest' في مسارات الملفات للحصول على أحدث إصدار COSMIC أو ثبت إصدارات محددة لقابلية إعادة الإنتاج
- تخزين بيانات الاعتماد بشكل آمن باستخدام متغيرات البيئة ولا تضع كلمات المرور في البرامج النصية
Vermeiden
- استخدام GRCh37 للمشاريع الجديدة عندما يكون GRCh38 هو الجينوم المرجعي القياسي الحالي
- تنزيل قاعدة البيانات بأكملها عندما تلبي المجموعات الفرعية المحددة احتياجاتك التحليلية
- تخطي التحقق من المصادقة قبل محاولة التنزيلات
Häufig gestellte Fragen
هل الوصول إلى COSMIC مجاني؟
أي تجميع للجينوم يجب أن أستخدمه؟
ما حجم ملفات COSMIC؟
ما التنسيقات المتاحة للملفات؟
كم مرة يتم تحديث COSMIC؟
هل يمكنني استخدام هذا مع أدوات أخرى؟
Entwicklerdetails
Autor
K-Dense-AILizenz
MIT
Repository
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/cosmic-databaseRef
main
Dateistruktur