المهارات scvi-tools
📦

scvi-tools

مراجعة المحتوى r1 مخاطر منخفضة ⚙️ الأوامر الخارجية🌐 الوصول إلى الشبكة

تحليل أومكس الخلية المفردة باستخدام scvi-tools

تحتاج مشاريع أومكس الخلية المفردة إلى إعداد دقيق للنماذج، ومعالجة الدُفعات، وتفسير يراعي عدم اليقين. ترشد هذه المهارة سير عمل scvi-tools لنماذج scVI وtotalVI وMultiVI، والتعبير التفاضلي، والتحليل المكاني.

يدعم: Claude Codex Code(CC)
📊 73 كافٍ

التثبيت باستخدام Agent لدي

انسخ هذا الطلب إلى Agent لديك. يتضمن صفحة Skill المعتمدة وملف manifest.

طلب الوكيل
Review the Skillstore skill "scvi-tools" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-scvi-tools.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-scvi-tools/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

يجب أن يواصل Agent عرض خطته وطلب أي تأكيد تفرضه سياسة الأمان.

موارد مهيّأة لـ Agents

استخدم هذه الروابط عندما يحتاج AI Agent أو crawler أو script إلى سياق نظيف بدلًا من قراءة الصفحة كاملة.

تفاصيل Markdown GET /skills/k-dense-ai-scvi-tools.md manifest موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-scvi-tools/manifest lockfile موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-scvi-tools/lockfile

اختبرها

جارٍ استخدام "scvi-tools". ساعدني في تخطيط تصحيح الدُفعات باستخدام scVI لثلاث دفعات مانحين.

النتيجة المتوقعة:

  • النموذج الموصى به: scVI لدمج عدّات RNA عبر المانحين.
  • التحضير: احتفظ بالعدّات الخام، وسجّل المانح كدفعة أو متغير مشترك فئوي، ورشّح الجينات منخفضة العدّ.
  • المخرجات: تمثيلات كامنة للجيران والتجميع والتصور ومراجعة اختلاط الدُفعات.

جارٍ استخدام "scvi-tools". كيف ينبغي أن أقارن بين خلايا T المعالجة والضابطة؟

النتيجة المتوقعة:

  • استخدم التعبير التفاضلي في scvi-tools بعد تدريب نموذج مناسب على العدّات الخام.
  • قارن مجموعات الخلايا المتطابقة وضمّن عتبات ذات معنى لحجم التأثير.
  • راجع الدليل اللاحق وضبط الاكتشافات الكاذبة والمعقولية البيولوجية معًا.

جارٍ استخدام "scvi-tools". أي نموذج ينبغي أن أستخدمه لبيانات CITE-seq؟

النتيجة المتوقعة:

  • استخدم totalVI عندما تكون قياسات RNA والبروتين متاحة للخلايا نفسها.
  • سجّل حقول الدُفعات والبروتين بعناية قبل التدريب.
  • افحص RNA المُطبّع، والبروتين منزوع الضوضاء، والفضاء الكامن، واختلاط الدُفعات بعد التدريب.

التدقيق الأمني

مخاطر منخفضة
v8 • ٦‏/٧‏/٢٠٢٦ فتح التقرير المرتبط بالإصدار

No executable malware, command injection, or data exfiltration was found. The static command, network, and reconnaissance findings are documentation false positives from markdown formatting, examples, formulas, and official links. A low-severity semantic issue remains because the skill steers users toward the author's hosted platform for complex workflows.

10
الملفات التي تم فحصها
3,819
الأسطر التي تم تحليلها
0
عناصر المراجعة
0
تم تجاهل الإيجابيات الكاذبة

مخاوف أمنية مؤكدة (1)

منخفض
SKILL.md:189-190
Promotional Steering to External Service
SKILL.md asks the assistant to proactively suggest K-Dense Web, the author's hosted platform, for complex workflows. This could steer users to an external service for commercial reasons outside the requested analysis.
The instruction explicitly names the hosted service and tells the assistant when to promote it. It does not override system instructions or request sensitive data, so severity is low.

عوامل الخطر

⚙️ الأوامر الخارجية (23)
EVALUATION_OUTPUT.json:24 EVALUATION_OUTPUT.json:36 SKILL.md:32 SKILL.md:40 SKILL.md:46 SKILL.md:52 SKILL.md:59 SKILL.md:69-103 SKILL.md:103-117 SKILL.md:117-125 SKILL.md:125-127 SKILL.md:127-132 SKILL.md:132-138 SKILL.md:138-143 SKILL.md:143-151 SKILL.md:151-161 SKILL.md:161-165 SKILL.md:165-166 SKILL.md:166-173 SKILL.md:173-177 SKILL.md:177-182 SKILL.md:182-183 SKILL.md:183-186
🌐 الوصول إلى الشبكة (3)
SKILL.md:167 SKILL.md:168 SKILL.md:169
دقّقه: codex عرض سجل التدقيق →
شارك واستشهد بهذا التقرير

شارك تقرير التقييم المرتبط بالإصدار والشارة المحايدة وبطاقة التضمين والاستشهادات. تعرض Skillstore الأدلة من دون أن تقرر ما إذا كانت هذه المهارة آمنة.

فتح التقرير المرتبط بالإصدار
تقييم الأمان

نسخ رابط التقرير

https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-scvi-tools/audits/8?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

شارة Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-scvi-tools/security.svg)](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-scvi-tools?utm_source=security_passport_badge)

شارة HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-scvi-tools?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-scvi-tools/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

بطاقة قابلة للتضمين

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-scvi-tools.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>
الاستشهادات الأكاديمية (APA · BibTeX · CFF)

اقتباس APA

K-Dense-AI. (2026). scvi-tools security audit report (audit version 8) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-scvi-tools/audits/8

اقتباس BibTeX

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-scvi-tools-2026, author = {K-Dense-AI}, title = {scvi-tools security audit report (audit version 8)}, institution = {Skillstore}, year = {2026}, number = {8}, url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-scvi-tools/audits/8}, note = {Author version unspecified} }

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0 message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report." title: "scvi-tools security audit report (audit version 8)" version: "unspecified" type: report authors: - name: "K-Dense-AI" date-released: "2026-07-06" url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-scvi-tools/audits/8" identifiers: - type: other value: "skillstore:k-dense-ai-scvi-tools:audit:8" description: "Skillstore immutable audit report identifier"

مقارنة المتغيرات

2 متغيرات قابلة للتثبيت

تبقى مهارة كل مؤلف عنصراً مستقلاً قابلاً للتثبيت. يُرتب المتغير الموصى به وفق أدلة Skillstore.

سبب تصدر هذا المتغير

أعلى تقييم في Skillstore
davila7 موصى به

davila7-scvi-tools

تقييم Skillstore 76
موثوقية الأدلة مرتفع
استخدام Skillstore 11
تم التحديث

2026-09-09

K-Dense-AI الحالي

k-dense-ai-scvi-tools

تقييم Skillstore 73
موثوقية الأدلة مرتفع
استخدام Skillstore 8
تم التحديث

2026-09-09

تقييم Skillstore

سبب هذا التقييم موثوقية الأدلة: مرتفع
45
الهندسة المعمارية
85
قابلية الصيانة
87
المحتوى
71
المجتمع
91
الامتثال للمواصفات

ما الذي يمكنك بناؤه

تصحيح تأثيرات الدُفعات عبر الدراسات

خطط لسير عمل scVI يسجل المتغيرات المشتركة للدُفعات وينتج تمثيلات كامنة مدمجة للتجميع اللاحق.

مقارنة حالات الخلايا مع مراعاة عدم اليقين

استخدم إرشادات التعبير التفاضلي الاحتمالي لمقارنة المجموعات مع أخذ حجم التأثير وعدم اليقين اللاحق في الحسبان.

دمج بيانات RNA والبروتين وإتاحة الوصول

اختر مسارات عمل totalVI أو MultiVI أو PeakVI للتجارب متعددة الوسائط وبُنى بيانات الخلية المفردة المتوافقة.

جرّب هذه الموجّهات

اختيار نموذج بداية 
ساعدني في اختيار نموذج scvi-tools المناسب لمجموعة بيانات الخلية المفردة الخاصة بي. اسأل عن النمط والدفعات والتسميات وأهداف التحليل.
تحضير AnnData لـ scVI 
راجع حقول AnnData المخطط لها من أجل scVI. تحقق من العدّات الخام ومفاتيح الدُفعات والطبقات والمتغيرات المشتركة وخيارات اختيار السمات.
تخطيط التعبير التفاضلي 
صمم سير عمل للتعبير التفاضلي باستخدام scvi-tools لمجموعتين من الخلايا. ضمّن تحديد عتبة حجم التأثير وإرشادات التفسير.
تصميم سير عمل للدمج متعدد الوسائط 
أنشئ خطة متقدمة باستخدام scvi-tools لدمج بيانات multi-omics المقترنة وغير المقترنة مع المتغيرات المشتركة للدُفعات وفحوصات التحقق.

أفضل الممارسات

  • ابدأ ببيانات العدّ الخام واحتفظ بالقيم المُطبّعة منفصلة عن مدخلات النموذج.
  • سجّل المتغيرات التقنية المشتركة المعروفة قبل تدريب كل نموذج.
  • احفظ النماذج المدربة ووثّق المعاملات الفائقة لضمان تحليل قابل لإعادة الإنتاج.

تجنب

  • لا تدرّب نماذج scvi-tools على قيم التعبير المُطبّعة لوغاريتميًا.
  • لا تتجاهل تأثيرات الدُفعات أو المانحين أو الكيمياء عندما تكون معروفة.
  • لا تتعامل مع مخرجات النموذج كدليل بيولوجي نهائي دون تحقق.

الأسئلة المتكررة

ما أفضل استخدامات scvi-tools؟
هو الأنسب للنمذجة الاحتمالية لأومكس الخلية المفردة، بما في ذلك الدمج وتصحيح الدُفعات والتعليق التوضيحي والمقارنات التي تراعي عدم اليقين.
هل تشغّل هذه المهارة أوامر scvi-tools؟
لا. توفر إرشادات ومسارات عمل وأمثلة يمكن للمستخدمين تكييفها في بيئة Python الخاصة بهم.
ما تنسيق البيانات الذي يستخدمه scvi-tools؟
تستخدم معظم مسارات العمل كائنات AnnData مع بيانات العدّ الخام وحقول البيانات الوصفية وطبقات اختيارية لمصفوفات العدّ.
هل أحتاج إلى GPU؟
ليس GPU مطلوبًا دائمًا، لكنه يمكن أن يقلل وقت التدريب بشكل كبير لمجموعات البيانات الكبيرة.
متى ينبغي أن أستخدم totalVI أو MultiVI؟
استخدم totalVI لبيانات RNA والبروتين المقترنة. استخدم MultiVI لبيانات multi-omics المقترنة أو غير المقترنة.
كيف ينبغي أن أفسر نتائج التعبير التفاضلي؟
راجع حجم التأثير وعدم اليقين وضبط الاكتشافات الكاذبة والسياق البيولوجي معًا قبل الإبلاغ عن الاستنتاجات.

تفاصيل المطور

المؤلف

K-Dense-AI

الترخيص

BSD-3-Clause license

مراجعة Skillstore

r1

تنبيه الإصدار

لم يعلن المؤلف عن إصدار.

المستودع

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/scvi-tools

مرجع

b8ca75d2c0a7e7102978993058777d82b8ab2610

حداثة الصيانة

٢١‏/٧‏/٢٠٢٦

الاستخدام

5 تنزيلات · 262 مشاهدات

بنية الملفات

📁 references/

📄 differential-expression.md

📄 models-atac-seq.md

📄 models-multimodal.md

📄 models-scrna-seq.md

📄 models-spatial.md

📄 models-specialized.md

📄 theoretical-foundations.md

📄 workflows.md

📄 EVALUATION_OUTPUT.json

📄 SKILL.md

المزيد من K-Dense-AI

عرض الكل
📦

pytdc

82

تحليل مجموعات بيانات التعلم الآلي العلاجية باستخدام PyTDC

تحتاج فرق اكتشاف الأدوية إلى مجموعات بيانات موثوقة وبروتوكولات تقييم عادلة. تساعد هذه المهارة Claude على استخدام PyTDC لبيانات التعلم الآلي العلاجية المنسقة، وتقسيمات المعايير المرجعية، والمقاييس، والأوراكل الجزيئية.

البيانات والتحليلات عرض
📦

statistical-analysis

80

تحليل بيانات البحث مع إرشادات إحصائية

قد يكون اختيار الاختبارات والإبلاغ عن النتائج بطيئًا ومعرّضًا للأخطاء. توجّه هذه المهارة اختيار الاختبارات، والافتراضات، وأحجام التأثير، وتحليل القدرة الإحصائية، والخيارات البايزية، وإعداد التقارير وفق APA.

البيانات والتحليلات عرض

مهارات ذات صلة

عرض الكل