Fähigkeiten pdb-database
🧬
pdb-database
Sicher ⚙️
Externe Befehle🌐
Netzwerkzugriff📁
Dateisystemzugriff
البحث في بنك البيانات للبروتينات للحصول على البنى الجزيئية
Auch verfügbar von: davila7
الوصول إلى RCSB Protein Data Bank للبحث وتنزيل البنى ثلاثية الأبعاد للبروتينات والأحماض النووية. تتيح هذه المهارة البحث في البيولوجيا الهيكلية واكتشاف الأدوية وهندسة البروتينات من خلال توفير وصول برمجي إلى أكثر من 200,000 بنية جزيئية محددة تجريبياً ومحسوبة حاسوبياً.
Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
1
Die Skill-ZIP herunterladen
2
In Claude hochladen
Gehe zu Einstellungen → Fähigkeiten → Skills → Skill hochladen
3
Einschalten und loslegen
Teste es
Verwendung von "pdb-database". العثور على بنى مشابهة للهيموجلوبين البشري
Erwartetes Ergebnis:
- تم العثور على 5 بنى مشابهة:
- - 4HHB - Hemoglobin (1.74 Å, X-RAY DIFFRACTION, Homo sapiens)
- - 1HHO - Hemoglobin (2.10 Å, X-RAY DIFFRACTION, Pan troglodytes)
- - 1A3N - Hemoglobin (2.50 Å, X-RAY DIFFRACTION, Equus caballus)
- نطاق الدقة: 1.74 - 3.20 Å
Sicherheitsaudit
Sicherv4 • 1/17/2026
This is a legitimate scientific skill for accessing the public RCSB Protein Data Bank. All 232 static findings are false positives. The scanner misinterpreted markdown inline code formatting (backticks) as Ruby shell execution, protein amino acid sequences as Windows SAM database, generic substrings as cryptographic algorithms, and public scientific API endpoints as network threats.
2
Gescannte Dateien
927
Analysierte Zeilen
3
befunde
4
Gesamtzahl Audits
Risikofaktoren
⚙️ Externe Befehle (115)
evaluation_result.json:21 evaluation_result.json:30 references/api_reference.md:602 references/api_reference.md:32 references/api_reference.md:35-37 references/api_reference.md:37-40 references/api_reference.md:40-42 references/api_reference.md:42-45 references/api_reference.md:45-47 references/api_reference.md:47-50 references/api_reference.md:50-59 references/api_reference.md:59-63 references/api_reference.md:63-68 references/api_reference.md:68-88 references/api_reference.md:88-91 references/api_reference.md:91-118 references/api_reference.md:118-123 references/api_reference.md:123-124 references/api_reference.md:124-125 references/api_reference.md:125-126 references/api_reference.md:126-127 references/api_reference.md:127-128 references/api_reference.md:128-131 references/api_reference.md:131-132 references/api_reference.md:132-133 references/api_reference.md:133-134 references/api_reference.md:134-137 references/api_reference.md:137-138 references/api_reference.md:138-158 references/api_reference.md:158-159 references/api_reference.md:159-160 references/api_reference.md:160-161 references/api_reference.md:161-162 references/api_reference.md:162-163 references/api_reference.md:163-164 references/api_reference.md:164-165 references/api_reference.md:165-166 references/api_reference.md:166-167 references/api_reference.md:167-168 references/api_reference.md:168-173 references/api_reference.md:173-183 references/api_reference.md:183-186 references/api_reference.md:186-194 references/api_reference.md:194-197 references/api_reference.md:197-205 references/api_reference.md:205-208 references/api_reference.md:208-216 references/api_reference.md:216-219 references/api_reference.md:219-228 references/api_reference.md:228-234 references/api_reference.md:234-251 references/api_reference.md:251-257 references/api_reference.md:257-279 references/api_reference.md:279-285 references/api_reference.md:285-334 references/api_reference.md:334-340 references/api_reference.md:340-355 references/api_reference.md:355-362 references/api_reference.md:362-364 references/api_reference.md:364-367 references/api_reference.md:367-369 references/api_reference.md:369-372 references/api_reference.md:372-374 references/api_reference.md:374-377 references/api_reference.md:377-380 references/api_reference.md:380-383 references/api_reference.md:383-385 references/api_reference.md:385-389 references/api_reference.md:389-418 references/api_reference.md:418-431 references/api_reference.md:431-459 references/api_reference.md:459-469 references/api_reference.md:469-498 references/api_reference.md:498-504 references/api_reference.md:504-517 references/api_reference.md:517-521 references/api_reference.md:521-540 references/api_reference.md:540-544 references/api_reference.md:544-561 references/api_reference.md:561-589 references/api_reference.md:589-608 skill-report.json:862 skill-report.json:863 SKILL.md:31-36 SKILL.md:36-39 SKILL.md:39-50 SKILL.md:50-53 SKILL.md:53-62 SKILL.md:62-65 SKILL.md:65-73 SKILL.md:73-76 SKILL.md:76-93 SKILL.md:93-100 SKILL.md:100-107 SKILL.md:107-110 SKILL.md:110-114 SKILL.md:114-117 SKILL.md:117-138 SKILL.md:138-145 SKILL.md:145-146 SKILL.md:146-148 SKILL.md:148-151 SKILL.md:151-167 SKILL.md:167-175 SKILL.md:175-187 SKILL.md:187-190 SKILL.md:190-203 SKILL.md:203-209 SKILL.md:209-231 SKILL.md:231-237 SKILL.md:237-243 SKILL.md:243-245 SKILL.md:245 SKILL.md:245 SKILL.md:245-287
🌐 Netzwerkzugriff (49)
evaluation_result.json:178 evaluation_result.json:42 references/api_reference.md:490 references/api_reference.md:113 references/api_reference.md:404 references/api_reference.md:447 references/api_reference.md:32 references/api_reference.md:36 references/api_reference.md:41 references/api_reference.md:46 references/api_reference.md:52 references/api_reference.md:55 references/api_reference.md:58 references/api_reference.md:63 references/api_reference.md:114 references/api_reference.md:363 references/api_reference.md:368 references/api_reference.md:373 references/api_reference.md:378 references/api_reference.md:379 references/api_reference.md:384 references/api_reference.md:401 references/api_reference.md:603 references/api_reference.md:612 references/api_reference.md:613 references/api_reference.md:614 references/api_reference.md:615 references/api_reference.md:616 references/api_reference.md:617 skill-report.json:1978 skill-report.json:6 SKILL.md:104 SKILL.md:112 SKILL.md:137 SKILL.md:194 SKILL.md:217 SKILL.md:158 SKILL.md:164 SKILL.md:145 SKILL.md:146 SKILL.md:148 SKILL.md:157 SKILL.md:163 SKILL.md:301 SKILL.md:302 SKILL.md:303 SKILL.md:304 SKILL.md:305 SKILL.md:306
📁 Dateisystemzugriff (3)
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →
Qualitätsbewertung
41
Architektur
100
Wartbarkeit
81
Inhalt
21
Community
100
Sicherheit
83
Spezifikationskonformität
Was du bauen kannst
العثور على معقدات الهدف الدوائي
البحث في معقدات البروتين-الربيطة لفهم مواقع الارتباط وتصميم علاجات جديدة.
مقارنة طفرات البنية
العثور على البنى المتماثلة وتحليل علاقات التسلسل-البنية لتصميم البروتين.
تنزيل البنى للتحليل
استرجاع الإحداثيات ثلاثية الأبعاد للتحليل الحاسوبي والتصور والبحث القائم على البنية.
Probiere diese Prompts
بحث أساسي في البنية
العثور على إدخال PDB للهيموجلوبين وإخباري بدقةه وطريقته التجريبية.
بحث بالتسلسل
العثور على بروتينات ذات تسلسلات مشابهة لـ: MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVID
تصفية حسب الجودة
العثور على جميع بنى البروتين البشرية بدقة أفضل من 2.0 أنغستروم المحددة بتبلور الأشعة السينية.
تنزيل دفعة
تنزيل ملفات PDB للإدخالات 4HHB و 1MBN و 1GZX بصيغة mmCIF.
Bewährte Verfahren
- استخدم Search API للحصول على معرفات PDB أولاً، ثم احصل على البيانات التفصيلية لتقليل استدعاءات API.
- تنفيذ تحديد المعدل مع تأخيرات بين الطلبات لتجنب الوصول إلى حدود API.
- تخزين البيانات التي يتم الوصول إليها بشكل متكرر محلياً لتقليل طلبات الشبكة المتكررة.
Vermeiden
- إجراء استدعاءات API فردية في حلقة بدون تأخيرات - سيؤدي ذلك إلى تشغيل حدود المعدل.
- تنزيل قاعدة البيانات بأكملها عندما تكون هناك حاجة فقط لإدخالات محددة.
- عدم التحقق من رموز حالة استجابة API قبل معالجة البيانات.
Häufig gestellte Fragen
ما الفرق بين صيغتي PDB و mmCIF؟
PDB هو التنسيق النصي القديم مع قيود الأعمدة. mmCIF هو المعيار الحديث الذي يتعامل مع البنى الأكبر والبيانات الوصفية الأكثر.
كيف يمكنني تحليل ملفات البنية التي تم تنزيلها؟
استخدم PDBParser من BioPython لملفات PDB أو محلل mmCIF لصيغة mmCIF. يمكن لكلاهما التكرار عبر الذرات والبواقي.
ما هي الدقة الجيدة للبنى البلورية؟
البنى عالية الدقة هي أقل من 2.0 أنغستروم. البنى بين 2.0-3.0 أنغستروم هي جودة متوسطة. أعلى من 3.0 أنغستروم هي دقة أقل.
كيف أبحث بالتسلسل البروتيني؟
استخدم SequenceQuery مع تسلسل الأحماض الأمينية الخاص بك. اضبط evalue_cutoff و identity_cutoff لتصفية النتائج حسب التشابه.
ما هي التجميعات البيولوجية؟
التجميعات البيولوجية تمثل الشكل الوظيفي للجزيء الكبير، والذي قد يختلف عن الوحدة غير المتماثلة البلورية.
هل يمكنني البحث عن بنى مرتبطة بالربيطات؟
نعم، استخدم AttributeQuery مع rcsb_nonpolymer_entity_instance_container_identifiers.comp_id للعثور على بنى تحتوي على ربيطات محددة مثل ATP أو الهيم.
Entwicklerdetails
Autor
K-Dense-AILizenz
MIT
Repository
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pdb-databaseRef
main
Dateistruktur