📦

pdb-database

Name: pdb-database
Author: K-Dense-AI

مراجعة المحتوى r1 آمن ⚙️ الأوامر الخارجية🌐 الوصول إلى الشبكة📁 الوصول إلى نظام الملفات

البحث في تراكيب PDB للأبحاث

يتطلب العمل في علم الأحياء البنيوي غالبًا وصولًا سريعًا إلى تراكيب البروتينات والأحماض النووية العامة. تساعد هذه المهارة Claude وCodex وClaude Code على البحث في RCSB PDB، واسترجاع البيانات الوصفية، وتنزيل ملفات الإحداثيات.

يدعم: Claude Codex Code(CC)

📊 73 كافٍ

التثبيت باستخدام Agent لدي

انسخ هذا الطلب إلى Agent لديك. يتضمن صفحة Skill المعتمدة وملف manifest.

طلب الوكيل

Review the Skillstore skill "pdb-database" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pdb-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-pdb-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

يجب أن يواصل Agent عرض خطته وطلب أي تأكيد تفرضه سياسة الأمان.

موارد مهيّأة لـ Agents

استخدم هذه الروابط عندما يحتاج AI Agent أو crawler أو script إلى سياق نظيف بدلًا من قراءة الصفحة كاملة.

تفاصيل Markdown GET /skills/k-dense-ai-pdb-database.md manifest موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-pdb-database/manifest lockfile موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-pdb-database/lockfile

اختبرها

جارٍ استخدام "pdb-database". Find human hemoglobin structures with good resolution.

النتيجة المتوقعة:

النتيجة المناسبة هي 4HHB، وهي deoxyhemoglobin بشري، حُلت بواسطة حيود الأشعة السينية بدقة 1.74 أنغستروم.
قد تكون إدخالات أخرى ذات صلة مفيدة لمقارنات حالة الليغاند أو الطفرات.
استخدم تنسيق mmCIF للتحليل اللاحق الحديث.

جارٍ استخدام "pdb-database". Download coordinates for 1MBN and explain what I received.

النتيجة المتوقعة:

يمكن للمهارة استرجاع ملف الإحداثيات من خدمة تنزيل RCSB العامة.
النتيجة هي ملف تركيب يحتوي على إحداثيات ذرية للميوغلوبين.
استخدم BioPython أو PyMOL أو ChimeraX أو أدوات مشابهة للتصور والتحليل على مستوى الذرات.

جارٍ استخدام "pdb-database". Compare PDB and mmCIF formats.

النتيجة المتوقعة:

PDB هو التنسيق الأقدم ذو الأعمدة الثابتة. أما mmCIF فهو المعيار الحديث وهو أفضل للتراكيب الكبيرة والبيانات الوصفية الأكثر ثراءً.

التدقيق الأمني

آمن

v9 • ٩‏/٧‏/٢٠٢٦ فتح التقرير المرتبط بالإصدار

The static findings are false positives from markdown examples, public RCSB PDB API URLs, safe file-download examples, and scientific terminology. I found no prompt injection, credential access, destructive behavior, data exfiltration, or hidden execution intent in the reviewed files.

الملفات التي تم فحصها

1,140

الأسطر التي تم تحليلها

عناصر المراجعة

تم تجاهل الإيجابيات الكاذبة

عوامل الخطر

⚙️ الأوامر الخارجية (33)

🌐 الوصول إلى الشبكة (39)

📁 الوصول إلى نظام الملفات (3)

references/api_reference.md:407 SKILL.md:159 SKILL.md:165

لم يكتشف أحدث تدقيق ثابت ودلالي مكتمل أي نتائج أمنية مؤكدة. ولا يثبت ذلك أن المهارة خالية من الآثار الجانبية.

دقّقه: claude عرض سجل التدقيق →

شارك واستشهد بهذا التقرير

شارك تقرير التقييم المرتبط بالإصدار والشارة المحايدة وبطاقة التضمين والاستشهادات. تعرض Skillstore الأدلة من دون أن تقرر ما إذا كانت هذه المهارة آمنة.

فتح التقرير المرتبط بالإصدار

نسخ رابط التقرير

https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pdb-database/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

شارة Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-pdb-database/security.svg)](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pdb-database?utm_source=security_passport_badge)

شارة HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pdb-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-pdb-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

بطاقة قابلة للتضمين

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-pdb-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

الاستشهادات الأكاديمية (APA · BibTeX · CFF)

اقتباس APA

K-Dense-AI. (2026). pdb-database security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pdb-database/audits/9

اقتباس BibTeX

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-pdb-database-2026,
  author = {K-Dense-AI},
  title = {pdb-database security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pdb-database/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "pdb-database security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-09"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pdb-database/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:k-dense-ai-pdb-database:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

مقارنة المتغيرات

2 متغيرات قابلة للتثبيت

تبقى مهارة كل مؤلف عنصراً مستقلاً قابلاً للتثبيت. يُرتب المتغير الموصى به وفق أدلة Skillstore.

سبب تصدر هذا المتغير

أعلى تقييم في Skillstore

المؤلف / المصدر تقييم Skillstore موثوقية الأدلة استخدام Skillstore تم التحديث

davila7 موصى به

davila7-pdb-database

تقييم Skillstore 74

موثوقية الأدلة مرتفع

استخدام Skillstore 10

تم التحديث

2026-09-09

K-Dense-AI الحالي

k-dense-ai-pdb-database

تقييم Skillstore 73

موثوقية الأدلة مرتفع

استخدام Skillstore 10

تم التحديث

2026-09-09

تقييم Skillstore

سبب هذا التقييم موثوقية الأدلة: مرتفع

الهندسة المعمارية

قابلية الصيانة

المحتوى

المجتمع

الامتثال للمواصفات

ما الذي يمكنك بناؤه

استرجاع التراكيب للتحليل

العثور على إدخالات عالية الجودة، وفحص البيانات الوصفية التجريبية، وتنزيل الإحداثيات لسير العمل الحاسوبي.

تحديد تراكيب الأهداف والليغاندات

البحث عن أهداف بروتينية ومركّبات مرتبطة بليغاندات وتراكيب ذات صلة لمراجعة مواقع الارتباط.

مقارنة التراكيب المتماثلة

استخدام عمليات البحث بتشابه التسلسل والتشابه البنيوي للعثور على قوالب للتصميم والنمذجة وتحليل الطفرات.

جرّب هذه الموجّهات

العثور على بروتين معروف

Find RCSB PDB structures for hemoglobin and summarize the best entry, resolution, organism, and experimental method.

البحث حسب التسلسل

Search for PDB structures similar to this protein sequence and rank the top matches by identity and resolution: MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVID.

تصفية الإدخالات عالية الجودة

Find human kinase structures solved by X-ray crystallography with resolution better than 2.0 Angstroms and list useful PDB IDs.

بناء سير عمل دفعي

For PDB IDs 4HHB, 1MBN, and 1GZX, retrieve metadata, download mmCIF files, and summarize method, resolution, organism, and file names.

أفضل الممارسات

استخدم استعلامات البحث لتضييق نطاق معرّفات PDB قبل تنزيل ملفات الإحداثيات.
احترم حدود معدل طلبات API عبر تجميع الطلبات وإضافة فواصل زمنية للمهام الكبيرة.
فضّل mmCIF لسير عمل علم الأحياء البنيوي الحديث والتجميعات الكبيرة.

تجنب

لا تنزّل مجموعات كبيرة من التراكيب دون تصفية وتحديد معدل الطلبات.
لا تفترض أن كل إدخال في PDB لديه دقة عالية أو بيانات وصفية كاملة.
لا تستخدم ملفات الإحداثيات التي تم تنزيلها دون التحقق من الطريقة التجريبية ومقاييس الجودة.

الأسئلة المتكررة

ما قواعد البيانات التي تستخدمها هذه المهارة؟

تستخدم واجهات RCSB Protein Data Bank API العامة ونقاط نهاية التنزيل للتراكيب والبيانات الوصفية والتسلسلات.

هل يمكنها البحث حسب تسلسل البروتين؟

نعم. تصف سير عمل SequenceQuery لعمليات البحث عن تشابه تسلسل البروتين أو DNA أو RNA.

هل يمكنها تنزيل ملفات التراكيب؟

نعم. توفر إرشادات لتنزيل ملفات PDB وmmCIF وعوامل البنية والتجميعات البيولوجية.

ما الفرق بين PDB وmmCIF؟

PDB هو تنسيق نصي قديم. mmCIF هو التنسيق الحديث مع دعم أفضل للتراكيب الكبيرة والبيانات الوصفية.

هل تحلل الهندسة الجزيئية مباشرة؟

تساعد في استرجاع البيانات وتجهيزها. يتطلب تحليل الإحداثيات التفصيلي عادةً أدوات مثل BioPython أو عارضات جزيئية.

هل يلزم مفتاح API؟

لا يتم وصف أي مفتاح API لنقاط نهاية RCSB العامة التي تغطيها هذه المهارة.

تفاصيل المطور

المؤلف

K-Dense-AI

الترخيص

Unknown

مراجعة Skillstore

تنبيه الإصدار

لم يعلن المؤلف عن إصدار.

المستودع

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pdb-database

مرجع

1ffa7643651792ccb4bd3b15d924d2c97edff755

حداثة الصيانة

٢٤‏/٧‏/٢٠٢٦

الاستخدام

7 تنزيلات · 484 مشاهدات

بنية الملفات

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 evaluation_result.json

📄 SKILL.md

pdb-database

التثبيت باستخدام Agent لدي

موارد مهيّأة لـ Agents

اختبرها

التدقيق الأمني

عوامل الخطر

نسخ رابط التقرير

شارة Markdown

شارة HTML

بطاقة قابلة للتضمين

اقتباس APA

اقتباس BibTeX

CITATION.cff

مقارنة المتغيرات

تقييم Skillstore

ما الذي يمكنك بناؤه

استرجاع التراكيب للتحليل

تحديد تراكيب الأهداف والليغاندات

مقارنة التراكيب المتماثلة

جرّب هذه الموجّهات

أفضل الممارسات

تجنب

الأسئلة المتكررة

تفاصيل المطور

المزيد من K-Dense-AI

venue-templates

iso-13485-certification

pytdc

diffdock

hypothesis-generation

statistical-analysis

bioservices

nature-reviewer

drugbank-database

kegg-database

deep-research

technical-research

pdb-database

التثبيت باستخدام Agent لدي

موارد مهيّأة لـ Agents

اختبرها

التدقيق الأمني

عوامل الخطر

نسخ رابط التقرير

شارة Markdown

شارة HTML

بطاقة قابلة للتضمين

اقتباس APA

اقتباس BibTeX

CITATION.cff

مقارنة المتغيرات

تقييم Skillstore

ما الذي يمكنك بناؤه

استرجاع التراكيب للتحليل

تحديد تراكيب الأهداف والليغاندات

مقارنة التراكيب المتماثلة

جرّب هذه الموجّهات

أفضل الممارسات

تجنب

الأسئلة المتكررة

تفاصيل المطور

المزيد من K-Dense-AI

venue-templates

iso-13485-certification

pytdc

diffdock

hypothesis-generation

statistical-analysis

مهارات ذات صلة

bioservices

nature-reviewer

drugbank-database

kegg-database

deep-research

technical-research