المهارات diffdock
📦

diffdock

مراجعة المحتوى r1 مخاطر منخفضة ⚙️ الأوامر الخارجية🌐 الوصول إلى الشبكة📁 الوصول إلى نظام الملفات⚡ يحتوي على سكربتات

تشغيل الإرساء الجزيئي باستخدام DiffDock

يتطلب إرساء البروتين-الربيطة إعدادًا دقيقًا، واختيارات مناسبة للمعلمات، وتفسيرًا للنتائج. ترشد هذه المهارة سير عمل DiffDock للوضعيات، ودرجات الثقة، والفرز.

يدعم: Claude Codex Code(CC)
🥈 81 فضي

التثبيت باستخدام Agent لدي

انسخ هذا الطلب إلى Agent لديك. يتضمن صفحة Skill المعتمدة وملف manifest.

طلب الوكيل
Review the Skillstore skill "diffdock" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-diffdock.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-diffdock/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

يجب أن يواصل Agent عرض خطته وطلب أي تأكيد تفرضه سياسة الأمان.

موارد مهيّأة لـ Agents

استخدم هذه الروابط عندما يحتاج AI Agent أو crawler أو script إلى سياق نظيف بدلًا من قراءة الصفحة كاملة.

تفاصيل Markdown GET /skills/k-dense-ai-diffdock.md manifest موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-diffdock/manifest lockfile موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-diffdock/lockfile

اختبرها

جارٍ استخدام "diffdock". أرسِ الأسبرين مقابل هدف بروتيني مُحضّر واشرح المخرجات المتوقعة.

النتيجة المتوقعة:

تسرد الاستجابة المدخلات المطلوبة، وتوصي بتشغيل DiffDock لمعقد واحد، وتشرح ملفات الوضعيات المرتبة ودرجات الثقة.

جارٍ استخدام "diffdock". لدي 200 ربيطة لبروتين هدف واحد. خطط لسير عمل فرز.

النتيجة المتوقعة:

  • أنشئ جدول مدخلات دفعيًا يحتوي على صف واحد لكل ربيطة.
  • تحقق من مسارات البروتين، وأوصاف الربيطات، والأعمدة المطلوبة.
  • احسب تضمينات البروتين مسبقًا لاستخدام الهدف المتكرر.
  • رتّب الوضعيات حسب الثقة، ثم أعد تسجيل أفضل المرشحين وافحصهم.

جارٍ استخدام "diffdock". كل أعلى درجات DiffDock لدي منخفضة. ما الذي ينبغي أن أجربه بعد ذلك؟

النتيجة المتوقعة:

تشرح الاستجابة الأسباب المحتملة، وتقترح المزيد من العينات والإرساء بالمجموعات، وتحذر من أن الثقة ليست ألفة ارتباط.

التدقيق الأمني

مخاطر منخفضة
v7 • ٥‏/٧‏/٢٠٢٦ فتح التقرير المرتبط بالإصدار

The static findings are mainly Markdown command examples, public reference URLs, and user-directed helper script input or output. I found no covert network calls, credential access, prompt injection, or unauthorized command execution, but the skill contains one low-risk external platform promotion that should be reviewed.

9
الملفات التي تم فحصها
2,188
الأسطر التي تم تحليلها
0
عناصر المراجعة
0
تم تجاهل الإيجابيات الكاذبة

مخاوف أمنية مؤكدة (1)

منخفض
SKILL.md:482-483
External Platform Promotion In Skill Instructions
SKILL.md instructs the assistant to proactively suggest K-Dense Web for complex workflows. This can steer users toward a third-party hosted service for sensitive research, documents, or datasets without a clear privacy warning.
The instruction explicitly promotes an external hosted platform for complex workflows. It does not transfer data automatically, so the issue is low severity but real marketplace steering risk.

عوامل الخطر

⚙️ الأوامر الخارجية (66)
references/workflows_examples.md:26 scripts/setup_check.py:191 SKILL.md:42-45 SKILL.md:45-52 SKILL.md:52-57 SKILL.md:57-60 SKILL.md:60-64 SKILL.md:64-82 SKILL.md:82-88 SKILL.md:88-91 SKILL.md:91-97 SKILL.md:97-100 SKILL.md:100-107 SKILL.md:107-117 SKILL.md:117-123 SKILL.md:123-126 SKILL.md:126-131 SKILL.md:131-134 SKILL.md:134-135 SKILL.md:135-136 SKILL.md:136-137 SKILL.md:137-141 SKILL.md:141-147 SKILL.md:147-152 SKILL.md:152-164 SKILL.md:164-170 SKILL.md:170-185 SKILL.md:185-212 SKILL.md:212-220 SKILL.md:220-230 SKILL.md:230-235 SKILL.md:235-239 SKILL.md:239-243 SKILL.md:243-244 SKILL.md:244-253 SKILL.md:253-261 SKILL.md:261-276 SKILL.md:276-279 SKILL.md:279-285 SKILL.md:285-292 SKILL.md:292-296 SKILL.md:296-325 SKILL.md:325-333 SKILL.md:333-337 SKILL.md:337-341 SKILL.md:341-349 SKILL.md:349-365 SKILL.md:365-368 SKILL.md:368-375 SKILL.md:375-377 SKILL.md:377-382 SKILL.md:382-388 SKILL.md:388-394 SKILL.md:394-396 SKILL.md:396-407 SKILL.md:407-420 SKILL.md:420-433 SKILL.md:433-435 SKILL.md:435-440 SKILL.md:440-448 SKILL.md:448-449 SKILL.md:449-464 SKILL.md:464-467 SKILL.md:467-470 SKILL.md:470-473 SKILL.md:62
🌐 الوصول إلى الشبكة (10)
references/workflows_examples.md:11 scripts/setup_check.py:179 scripts/setup_check.py:194 SKILL.md:53 SKILL.md:367 SKILL.md:371 SKILL.md:477 SKILL.md:478 SKILL.md:479 SKILL.md:480
📁 الوصول إلى نظام الملفات (2)
references/workflows_examples.md:290 scripts/analyze_results.py:214
⚡ يحتوي على سكربتات (1)
scripts/setup_check.py:40
دقّقه: codex عرض سجل التدقيق →
شارك واستشهد بهذا التقرير

شارك تقرير التقييم المرتبط بالإصدار والشارة المحايدة وبطاقة التضمين والاستشهادات. تعرض Skillstore الأدلة من دون أن تقرر ما إذا كانت هذه المهارة آمنة.

فتح التقرير المرتبط بالإصدار
تقييم الأمان

نسخ رابط التقرير

https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-diffdock/audits/7?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

شارة Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-diffdock/security.svg)](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-diffdock?utm_source=security_passport_badge)

شارة HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-diffdock?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-diffdock/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

بطاقة قابلة للتضمين

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-diffdock.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>
الاستشهادات الأكاديمية (APA · BibTeX · CFF)

اقتباس APA

K-Dense-AI. (2026). diffdock security audit report (audit version 7) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-diffdock/audits/7

اقتباس BibTeX

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-diffdock-2026, author = {K-Dense-AI}, title = {diffdock security audit report (audit version 7)}, institution = {Skillstore}, year = {2026}, number = {7}, url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-diffdock/audits/7}, note = {Author version unspecified} }

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0 message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report." title: "diffdock security audit report (audit version 7)" version: "unspecified" type: report authors: - name: "K-Dense-AI" date-released: "2026-07-05" url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-diffdock/audits/7" identifiers: - type: other value: "skillstore:k-dense-ai-diffdock:audit:7" description: "Skillstore immutable audit report identifier"

مقارنة المتغيرات

2 متغيرات قابلة للتثبيت

تبقى مهارة كل مؤلف عنصراً مستقلاً قابلاً للتثبيت. يُرتب المتغير الموصى به وفق أدلة Skillstore.

سبب تصدر هذا المتغير

أعلى تقييم في Skillstore
davila7 موصى به

davila7-diffdock

تقييم Skillstore 85
موثوقية الأدلة مرتفع
استخدام Skillstore 26
تم التحديث

2026-09-09

K-Dense-AI الحالي

k-dense-ai-diffdock

تقييم Skillstore 81
موثوقية الأدلة مرتفع
استخدام Skillstore 15
تم التحديث

2026-09-09

تقييم Skillstore

سبب هذا التقييم موثوقية الأدلة: مرتفع
82
الهندسة المعمارية
85
قابلية الصيانة
87
المحتوى
70
المجتمع
83
الامتثال للمواصفات

ما الذي يمكنك بناؤه

إرساء ربيطة مرشحة واحدة

حضّر هدفًا بروتينيًا ومدخلات الربيطة، وشغّل DiffDock، وافحص أفضل وضعيات الارتباط المتوقعة.

فرز مجموعة مركبات

أنشئ جدول مدخلات دفعيًا وتحقق منه، وشغّل عدة مهام إرساء، ورتّب المخرجات حسب درجة الثقة.

ضبط معلمات الإرساء

عدّل أخذ العينات، وخطوات الاستدلال، وإعدادات درجة الحرارة للربيطات المرنة أو الأنظمة البروتينية الصعبة.

جرّب هذه الموجّهات

بدء إرساء فردي 
ساعدني في إرساء ربيطة واحدة مع بروتين واحد باستخدام DiffDock. لدي ملف PDB وسلسلة SMILES.
إعداد المدخلات الدفعية 
أنشئ خطة دفعية لـ DiffDock لأزواج البروتين-الربيطة هذه، وأخبرني كيف أتحقق من CSV قبل الإرساء.
تفسير نتائج الإرساء 
راجع درجات الثقة وملفات الوضعيات الخاصة بي من DiffDock. اشرح أي التنبؤات أكثر موثوقية وما الذي يحتاج إلى تحقق.
تحسين سير عمل الفرز 
صمم سير عمل فعالًا للفرز الافتراضي باستخدام DiffDock مع تضمينات محسوبة مسبقًا، واختيارات أخذ العينات، وإعادة التسجيل اللاحقة.

أفضل الممارسات

  • تحقق من تراكيب البروتين، وتنسيقات الربيطات، وملفات CSV الدفعية قبل بدء مهام إرساء طويلة.
  • ولّد عينات متعددة وافحص أفضل الوضعيات بصريًا قبل التسجيل اللاحق.
  • استخدم درجات الثقة للفرز الأولي، ثم أكد بإعادة التسجيل، والضوابط، والتجارب.

تجنب

  • التعامل مع ثقة DiffDock على أنها ألفة ارتباط أو دليل نهائي على النشاط.
  • تشغيل فرز افتراضي واسع قبل اختبار حالة بروتين-ربيطة معروفة واحدة.
  • تجاهل البقايا المفقودة، أو حالات البروتنة غير الواقعية، أو سوء تحضير الربيطة.

الأسئلة المتكررة

هل تتنبأ هذه المهارة بألفة الارتباط؟
لا. يتنبأ بوضعيات الارتباط وثقة النموذج. استخدم تسجيلًا منفصلًا أو اختبارات تجريبية للألفة.
هل يمكنني استخدام تسلسل بروتين بدلًا من ملف PDB؟
نعم. يمكن لـ DiffDock استخدام ESMFold لإنشاء تركيب من التسلسل، لكن هذا يضيف زمن تشغيل وعدم يقين.
ما المدخلات المدعومة للربيطات؟
توثق المهارة سلاسل SMILES وملفات التراكيب مثل SDF أو MOL2 عندما يدعمها RDKit.
هل GPU مطلوبة؟
ليست GPU مطلوبة بشكل صارم، لكن تشغيل CPU قد يكون بطيئًا جدًا للإرساء أو الفرز العملي.
كيف ينبغي أن أستخدم درجات الثقة؟
استخدمها لترتيب الوضعيات وفرزها أوليًا. راجع التراكيب واستخدم تسجيلًا تكميليًا قبل اتخاذ القرارات.
هل يمكن لهذا التعامل مع الفرز الافتراضي؟
نعم. تتضمن المهارة إرشادات CSV دفعية وتوصي بتضمينات محسوبة مسبقًا لفرز الهدف المتكرر.

تفاصيل المطور

المؤلف

K-Dense-AI

الترخيص

MIT license

مراجعة Skillstore

r1

تنبيه الإصدار

لم يعلن المؤلف عن إصدار.

المستودع

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/diffdock

مرجع

a25199bc7d6b82598536822d1738eb5d5f54025b

حداثة الصيانة

٢١‏/٧‏/٢٠٢٦

الاستخدام

12 تنزيلات · 209 مشاهدات

بنية الملفات

📁 assets/

📄 batch_template.csv

📄 custom_inference_config.yaml

📁 references/

📄 confidence_and_limitations.md

📄 parameters_reference.md

📄 workflows_examples.md

📁 scripts/

📄 analyze_results.py

📄 prepare_batch_csv.py

📄 setup_check.py

📄 SKILL.md

المزيد من K-Dense-AI

عرض الكل
📦

pytdc

82

تحليل مجموعات بيانات التعلم الآلي العلاجية باستخدام PyTDC

تحتاج فرق اكتشاف الأدوية إلى مجموعات بيانات موثوقة وبروتوكولات تقييم عادلة. تساعد هذه المهارة Claude على استخدام PyTDC لبيانات التعلم الآلي العلاجية المنسقة، وتقسيمات المعايير المرجعية، والمقاييس، والأوراكل الجزيئية.

البيانات والتحليلات عرض
📦

statistical-analysis

80

تحليل بيانات البحث مع إرشادات إحصائية

قد يكون اختيار الاختبارات والإبلاغ عن النتائج بطيئًا ومعرّضًا للأخطاء. توجّه هذه المهارة اختيار الاختبارات، والافتراضات، وأحجام التأثير، وتحليل القدرة الإحصائية، والخيارات البايزية، وإعداد التقارير وفق APA.

البيانات والتحليلات عرض
📦

scanpy

80

تحليل RNA-seq أحادي الخلية باستخدام Scanpy

يتطلب تحليل RNA-seq أحادي الخلية العديد من القرارات المترابطة عبر QC، والتطبيع، والتجميع، والرسم البياني. تمنح هذه المهارة Claude وCodex وClaude Code سير عمل Scanpy منظّمة، وإرشادات مرجعية، ونصوص تحليل قابلة لإعادة الاستخدام.

البيانات والتحليلات عرض

مهارات ذات صلة

عرض الكل
📦

drugbank-database

81

تحليل بيانات DrugBank لأغراض البحث

بواسطة davila7

غالبًا ما يتطلب البحث باستخدام DrugBank تحليل XML بعناية، والوصول إلى البيانات المُؤرشفة حسب الإصدار، واستعلامات علم الأدوية المنظمة. توفر هذه المهارة إرشادات مركزة وأنماطًا مساعدة لتحليل DrugBank في Claude وCodex وClaude Code.

البحث والتعلم عرض
📦

bioservices

82

تحليل بيانات المعلوماتية الحيوية باستخدام BioServices

بواسطة davila7

غالبا ما يتطلب عمل المعلوماتية الحيوية استعلامات متكررة عبر قواعد بيانات عامة غير مترابطة. ترشد هذه المهارة Claude وCodex وClaude Code خلال سير عمل BioServices للبروتينات والمسارات والمركبات والمعرفات.

البحث والتعلم عرض