المهارات string-database
📦

string-database

مراجعة المحتوى r2 آمن 🌐 الوصول إلى الشبكة🔑 متغيرات البيئة📁 الوصول إلى نظام الملفات⚡ يحتوي على سكربتات⚙️ الأوامر الخارجية

تحليل تفاعلات البروتينات باستخدام STRING

تتطلب أبحاث تفاعلات البروتينات عدة عمليات عبر STRING API واختيارًا دقيقًا للمعلمات. تربط هذه المهارة المعرّفات، وتسترجع الشبكات، وتجري تحليل الإثراء، وتنشئ صورًا للشبكات.

يدعم: Claude Codex Code(CC)
🥉 79 برونزي

التثبيت باستخدام Agent لدي

انسخ هذا الطلب إلى Agent لديك. يتضمن صفحة Skill المعتمدة وملف manifest.

طلب الوكيل
Review the Skillstore skill "string-database" from https://skillstore.io/skills/davila7-string-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-string-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

يجب أن يواصل Agent عرض خطته وطلب أي تأكيد تفرضه سياسة الأمان.

موارد مهيّأة لـ Agents

استخدم هذه الروابط عندما يحتاج AI Agent أو crawler أو script إلى سياق نظيف بدلًا من قراءة الصفحة كاملة.

تفاصيل Markdown GET /skills/davila7-string-database.md manifest موقَّع GET /api/skills/davila7-string-database/manifest lockfile موقَّع GET /api/skills/davila7-string-database/lockfile

اختبرها

جارٍ استخدام "string-database". حلّل TP53 وMDM2 وATM وCHEK2 وBRCA1 لدى الإنسان عند درجة ثقة 700.

النتيجة المتوقعة:

  • ملخص لربط المعرّفات مع تمييز الأسماء التي تعذر التعرف عليها بوضوح.
  • أزواج التفاعلات عالية الثقة مرتبة حسب الدرجة المجمعة.
  • تفسير إثراء PPI مع الترابط المرصود والمتوقع.
  • صورة للشبكة مناسبة للمراجعة أو العرض التقديمي.

جارٍ استخدام "string-database". اعثر على الوظائف ذات الإثراء لقائمة بروتينات من الفأر، واستخدم حد FDR قدره 0.05.

النتيجة المتوقعة:

جدول موجز لمصطلحات GO وKEGG والنطاقات المهمة، بما يشمل البروتينات المطابقة، وقيم الإثراء، والدلالة المصححة.

جارٍ استخدام "string-database". اعثر على أفضل 20 شريك تفاعل عالي الثقة للبروتين EGFR لدى الإنسان.

النتيجة المتوقعة:

قائمة مرتبة بالشركاء تتضمن معرّفات STRING، والأسماء المفضلة، والدرجات المجمعة، ودرجات قنوات الأدلة المتاحة.

التدقيق الأمني

آمن
v11 • ٢٣‏/٧‏/٢٠٢٦ فتح التقرير المرتبط بالإصدار

Nine low-severity indicators confirm the documented outbound STRING API behavior: eight executable HTTPS calls and their fixed service base URL. The other alerts are Markdown, documentation, import, or non-executed example false positives; no credential access, shell execution, prompt injection, or malicious intent was found.

3
الملفات التي تم فحصها
1,355
الأسطر التي تم تحليلها
9
عناصر المراجعة
0
تم تجاهل الإيجابيات الكاذبة
عناصر مراجعة القدرات (9)

هذه قدرات محلية حقيقية قد يُتوقع وجودها لهذه المهارة، لذا فهي تتطلب مراجعة ولكن لا تُحتسب كسلوك خبيث مؤكد.

منخفض
scripts/string_api.py:66
Python HTTP libraries
with urllib.request.urlopen(url, data=data) as response:
This helper performs an outbound HTTPS request to the fixed STRING service. Most calls include caller-supplied protein identifiers and related parameters, so submitted query data leaves the local environment.
منخفض
scripts/string_api.py:119
Python HTTP libraries
with urllib.request.urlopen(url) as response:
This helper performs an outbound HTTPS request to the fixed STRING service. Most calls include caller-supplied protein identifiers and related parameters, so submitted query data leaves the local environment.
منخفض
scripts/string_api.py:168
Python HTTP libraries
with urllib.request.urlopen(url) as response:
This helper performs an outbound HTTPS request to the fixed STRING service. Most calls include caller-supplied protein identifiers and related parameters, so submitted query data leaves the local environment.
منخفض
scripts/string_api.py:212
Python HTTP libraries
with urllib.request.urlopen(url) as response:
This helper performs an outbound HTTPS request to the fixed STRING service. Most calls include caller-supplied protein identifiers and related parameters, so submitted query data leaves the local environment.
منخفض
scripts/string_api.py:251
Python HTTP libraries
with urllib.request.urlopen(url) as response:
This helper performs an outbound HTTPS request to the fixed STRING service. Most calls include caller-supplied protein identifiers and related parameters, so submitted query data leaves the local environment.
منخفض
scripts/string_api.py:293
Python HTTP libraries
with urllib.request.urlopen(url) as response:
This helper performs an outbound HTTPS request to the fixed STRING service. Most calls include caller-supplied protein identifiers and related parameters, so submitted query data leaves the local environment.
منخفض
scripts/string_api.py:331
Python HTTP libraries
with urllib.request.urlopen(url) as response:
This helper performs an outbound HTTPS request to the fixed STRING service. Most calls include caller-supplied protein identifiers and related parameters, so submitted query data leaves the local environment.
منخفض
scripts/string_api.py:350
Python HTTP libraries
with urllib.request.urlopen(url) as response:
This helper performs an outbound HTTPS request to the fixed STRING service. Most calls include caller-supplied protein identifiers and related parameters, so submitted query data leaves the local environment.
منخفض
scripts/string_api.py:21
Hardcoded URL
STRING_BASE_URL = "https://string-db.org/api"
This constant fixes the destination used by every helper to the documented STRING API. The destination is expected, but it confirms that skill operations rely on an external service.

عوامل الخطر

🌐 الوصول إلى الشبكة (21)
references/string_reference.md:389 references/string_reference.md:394 references/string_reference.md:396 references/string_reference.md:387 references/string_reference.md:395 scripts/string_api.py:14 scripts/string_api.py:66 scripts/string_api.py:119 scripts/string_api.py:168 scripts/string_api.py:212 scripts/string_api.py:251 scripts/string_api.py:293 scripts/string_api.py:331 scripts/string_api.py:350 scripts/string_api.py:7 scripts/string_api.py:8 scripts/string_api.py:21 SKILL.md:410 SKILL.md:511 SKILL.md:516 SKILL.md:528
🔑 متغيرات البيئة (1)
references/string_reference.md:349
📁 الوصول إلى نظام الملفات (4)
scripts/string_api.py:148 SKILL.md:111 SKILL.md:293 SKILL.md:318
⚡ يحتوي على سكربتات (3)
SKILL.md:273-275 SKILL.md:304-305 SKILL.md:369-370
⚙️ الأوامر الخارجية (50)
SKILL.md:27 SKILL.md:28 SKILL.md:30 SKILL.md:34 SKILL.md:41-52 SKILL.md:52-55 SKILL.md:55-56 SKILL.md:56-57 SKILL.md:57-61 SKILL.md:61-68 SKILL.md:68-83 SKILL.md:83-86 SKILL.md:86-91 SKILL.md:91 SKILL.md:92-96 SKILL.md:96-103 SKILL.md:103-122 SKILL.md:122-125 SKILL.md:125-126 SKILL.md:126-127 SKILL.md:127-129 SKILL.md:129-136 SKILL.md:136-149 SKILL.md:149-152 SKILL.md:152-153 SKILL.md:153-160 SKILL.md:160-167 SKILL.md:167-178 SKILL.md:178-189 SKILL.md:189-190 SKILL.md:190-191 SKILL.md:191-192 SKILL.md:192-193 SKILL.md:193-194 SKILL.md:194-200 SKILL.md:200-207 SKILL.md:207-220 SKILL.md:220-223 SKILL.md:223-224 SKILL.md:224-225 SKILL.md:225-226 SKILL.md:226-232 SKILL.md:232-239 SKILL.md:239-245 SKILL.md:245-252 SKILL.md:252-259 SKILL.md:259-264 SKILL.md:264-272 SKILL.md:272-297 SKILL.md:297-303
دقّقه: codex عرض سجل التدقيق →
شارك واستشهد بهذا التقرير

شارك تقرير التقييم المرتبط بالإصدار والشارة المحايدة وبطاقة التضمين والاستشهادات. تعرض Skillstore الأدلة من دون أن تقرر ما إذا كانت هذه المهارة آمنة.

فتح التقرير المرتبط بالإصدار
تقييم الأمان

نسخ رابط التقرير

https://skillstore.io/skills/davila7-string-database/audits/11?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

شارة Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-string-database/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-string-database?utm_source=security_passport_badge)

شارة HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-string-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-string-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

بطاقة قابلة للتضمين

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-string-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>
الاستشهادات الأكاديمية (APA · BibTeX · CFF)

اقتباس APA

davila7. (2026). string-database security audit report (audit version 11) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-string-database/audits/11

اقتباس BibTeX

@techreport{davila7-davila7-string-database-2026, author = {davila7}, title = {string-database security audit report (audit version 11)}, institution = {Skillstore}, year = {2026}, number = {11}, url = {https://skillstore.io/skills/davila7-string-database/audits/11}, note = {Author version unspecified} }

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0 message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report." title: "string-database security audit report (audit version 11)" version: "unspecified" type: report authors: - name: "davila7" date-released: "2026-07-23" url: "https://skillstore.io/skills/davila7-string-database/audits/11" identifiers: - type: other value: "skillstore:davila7-string-database:audit:11" description: "Skillstore immutable audit report identifier"

مقارنة المتغيرات

2 متغيرات قابلة للتثبيت

تبقى مهارة كل مؤلف عنصراً مستقلاً قابلاً للتثبيت. يُرتب المتغير الموصى به وفق أدلة Skillstore.

سبب تصدر هذا المتغير

أعلى تقييم في Skillstore
davila7 موصى به الحالي

davila7-string-database

تقييم Skillstore 79
موثوقية الأدلة مرتفع
استخدام Skillstore 11
تم التحديث

2026-09-09

K-Dense-AI

k-dense-ai-string-database

تقييم Skillstore 50
موثوقية الأدلة مرتفع
استخدام Skillstore 10
تم التحديث

2026-09-09

تقييم Skillstore

سبب هذا التقييم موثوقية الأدلة: مرتفع
64
الهندسة المعمارية
85
قابلية الصيانة
87
المحتوى
70
المجتمع
78
الامتثال للمواصفات

ما الذي يمكنك بناؤه

تفسير قوائم البروتينات التجريبية

ربط البروتينات المقاسة، واسترجاع شبكتها، واختبار الترابط، وتحديد الوظائف البيولوجية ذات الإثراء.

دراسة بروتين مرشح

العثور على شركاء ذوي ثقة عالية، وتوسيع الشبكة المحلية، وإنشاء خريطة مرئية للتفاعلات.

مقارنة أدلة الشبكات

استرجاع شبكات وظيفية أو فيزيائية عند عدة حدود للثقة لإجراء مقارنة قابلة لإعادة الإنتاج.

جرّب هذه الموجّهات

ربط معرّفات البروتينات 
اربط [protein names] لتصنيف NCBI [species ID]. أعد الأسماء المفضلة، ومعرّفات STRING، والمدخلات التي تعذر التعرف عليها.
استرجاع شبكة عالية الثقة 
استرجع شبكة STRING من النوع [functional or physical] للبروتينات [proteins] في النوع [taxon ID] بالدرجة المطلوبة [0-1000]. لخّص أقوى التفاعلات.
إجراء تحليل الإثراء الوظيفي 
حلّل [protein list] بحثًا عن إثراء GO وKEGG وPfam وInterPro في [species]. أبلغ عن المصطلحات ذات FDR الأقل من [threshold].
إنشاء شبكة موسعة واختبارها 
ابدأ بالبروتينات [seed proteins] في [species]، وأضف [N] من الشركاء عند الدرجة [threshold]، واختبر إثراء PPI، ولخّص الوحدات الوظيفية المهمة.

أفضل الممارسات

  • اربط المعرّفات قبل تقديم طلبات الشبكة أو الإثراء.
  • حدّد معرّف تصنيف NCBI وسجّل إصدار STRING لضمان قابلية إعادة الإنتاج.
  • اختر حدود ثقة تتوافق مع أهداف التحليل الاستكشافي أو المتحفظ.

تجنب

  • لا تخلط بروتينات من أنواع مختلفة في طلب واحد.
  • لا تتعامل مع الارتباطات الوظيفية على أنها دليل مؤكد على الارتباط الفيزيائي.
  • لا ترسل طلبات متكررة بسرعة أو مجموعات بيانات على مستوى البروتيوم عبر API القياسي.

الأسئلة المتكررة

هل تتطلب هذه المهارة مفتاح API؟
لا تتطلب نقاط نهاية STRING القياسية مفتاحًا. تستخدم بعض مسارات عمل القيم والتصنيفات المتقدمة نقطة نهاية منفصلة للمفتاح.
ما الأنواع التي يمكنني الاستعلام عنها؟
يدعم STRING آلاف الكائنات الحية. قدّم معرّف تصنيف NCBI الصحيح لكل طلب.
ما درجة الثقة التي ينبغي أن أستخدمها؟
استخدم 400 للتحليل المتوازن، أو 700 للنتائج المتحفظة، أو 900 للتصفية شديدة الصرامة.
هل يمكن للمهارة إنشاء صور للشبكات؟
نعم. يمكنها طلب صور PNG بتنسيق للشبكة يستند إلى الأدلة أو الثقة أو الإجراءات.
ما التنسيقات التي تعيدها الدوال المساعدة؟
تعيد معظم الدوال بيانات TSV أولية أو نص JSON. وتعيد دالة صور الشبكات بايتات PNG.
هل يمكن أن يحل هذا محل التحقق التجريبي؟
لا. يجمع STRING بين الارتباطات المتوقعة والمعروفة، ولذلك تتطلب النتائج المهمة مراجعة بيولوجية وتأكيدًا تجريبيًا.

تفاصيل المطور

المؤلف

davila7

الترخيص

MIT

مراجعة Skillstore

r2

تنبيه الإصدار

لم يعلن المؤلف عن إصدار.

المستودع

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/string-database

مرجع

c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f

حداثة الصيانة

٢٥‏/٧‏/٢٠٢٦

الاستخدام

8 تنزيلات · 191 مشاهدات

بنية الملفات

📁 references/

📄 string_reference.md

📁 scripts/

📄 string_api.py

📄 SKILL.md

المزيد من davila7

عرض الكل

مهارات ذات صلة

عرض الكل
📦

bioservices

79

استعلام خدمات المعلوماتية الحيوية باستخدام BioServices

بواسطة K-Dense-AI

يتطلب العمل في المعلوماتية الحيوية غالبا واجهات API منفصلة للبروتينات، والمسارات، والمركبات، والمعرفات. تساعد هذه المهارة Claude وCodex وClaude Code على تخطيط سير عمل BioServices عبر قواعد البيانات العامة الرئيسية.

البحث والتعلم عرض
📦

openclaw-medical-skills

74

توجيه سير عمل البحث الطبي الحيوي

بواسطة Yuan1z0825

غالبا ما تتطلب المهام الطبية الحيوية والسريرية قاعدة البيانات وسير العمل وحدود السلامة المناسبة. توجه هذه المهارة الطلبات عبر فهرس كبير للقدرات الطبية وتضيف معايير الأدلة والخصوصية وقابلية إعادة الإنتاج.

البحث والتعلم عرض
📦

pdb-database

73

البحث في تراكيب PDB للأبحاث

بواسطة K-Dense-AI

يتطلب العمل في علم الأحياء البنيوي غالبًا وصولًا سريعًا إلى تراكيب البروتينات والأحماض النووية العامة. تساعد هذه المهارة Claude وCodex وClaude Code على البحث في RCSB PDB، واسترجاع البيانات الوصفية، وتنزيل ملفات الإحداثيات.

البحث والتعلم عرض