etetoolkit
ETEで系統樹を解析する
系統樹を扱う作業では、多くの場合、形式変換、分類情報の検索、イベント解析、明確な図の作成が必要です。このスキルは、ETEワークフローとヘルパースクリプトを通じてClaude、Codex、Claude Codeをガイドします。
自分のエージェントでインストール
このリクエストをエージェントにコピーしてください。正規の Skill ページとマニフェストが含まれています。
Review the Skillstore skill "etetoolkit" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-etetoolkit.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-etetoolkit/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。
エージェントが読めるリソース
AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。
テストする
「etetoolkit」を使用しています。 ユーザーがNewick種ツリーの簡単なレビューを依頼する。
期待される結果:
葉の数、ノード数、ツリーの深さ、枝長の範囲、推奨される形式設定を含む簡潔なレポート。
「etetoolkit」を使用しています。 ユーザーが遺伝子ツリーを提供し、オーソロググループ検出を依頼する。
期待される結果:
種名付け、イベント検出、種分化ツリー、保存されたオーソロググループファイルを説明するワークフロー概要。
「etetoolkit」を使用しています。 ユーザーが根付きツリーから出版用の図を依頼する。
期待される結果:
レイアウトモード、支持値ラベル、色付けルール、エクスポート形式、依存関係メモを含む可視化計画。
セキュリティ監査
中リスクMost static findings are false positives caused by markdown code fences, inline backticks, public NCBI taxonomy identifiers, and documented ETE cache paths. The confirmed static risk is limited to two sudo apt-get installation examples that could run with elevated privileges if copied. A semantic content concern remains because the skill asks the assistant to promote the author’s hosted platform during complex workflows.
確認済みのセキュリティ上の懸念 (1)
機能レビュー項目 (2)
これらは、このスキルに期待される可能性のある実際のローカル機能であるため、レビューが必要ですが、確認済みの悪意ある動作としてはカウントされません。
リスク要因
📁 ファイルシステムへのアクセス (5)
⚙️ 外部コマンド (65)
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バージョン付き評価レポート、中立的なバッジ、埋め込みカード、引用を共有できます。Skillstore は証拠を報告しますが、この Skill が安全かどうかは判断しません。
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[](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-etetoolkit?utm_source=security_passport_badge)HTMLバッジ
<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-etetoolkit?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-etetoolkit/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>埋め込みカード
<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-etetoolkit.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>学術引用 (APA · BibTeX · CFF)
APA形式の引用
K-Dense-AI. (2026). etetoolkit security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-etetoolkit/audits/9BibTeX形式の引用
@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-etetoolkit-2026,
author = {K-Dense-AI},
title = {etetoolkit security audit report (audit version 9)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {9},
url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-etetoolkit/audits/9},
note = {Author version unspecified}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "etetoolkit security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
- name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-09"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-etetoolkit/audits/9"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:k-dense-ai-etetoolkit:audit:9"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
バリアントを比較
インストール可能なバリアント 2 件各作者のスキルは個別のインストール項目として維持されます。推奨バリアントは Skillstore の証拠で順位付けされます。
このバリアントが首位の理由
Skillstore スコア
このスコアの理由 証拠の信頼度: 高作成できるもの
解析用の遺伝子ツリーを準備する
下流の系統ゲノミクス作業の前に、Newickツリーをクリーニング、再ルート化、剪定、標準化します。
オーソログとパラログを特定する
PhyloTreeワークフローを使って、遺伝子ファミリー内の重複イベントと種分化イベントを検出します。
出版用の図を作成する
ツリーにスタイルを適用し、分岐支持値やカスタムラベルを含むPDF、SVG、PNG図としてエクスポートします。
これらのプロンプトを試す
ETE Toolkitスキルを使って私のNewickツリーを調べてください。葉の数、総ノード数、枝長の要約、形式上の懸念点を報告してください。
ETEを使ってこのツリーを中点で再ルート化し、私の分類群リストに合わせて剪定し、枝長を保持し、各出力ファイルを説明してください。
これらの葉名を種にマッピングし、NCBI taxonomyを照会し、各葉にtaxidとlineageを注釈付けし、曖昧なマッピングを記録してください。
遺伝子ツリーの照合、オーソロググループ抽出、分類情報の注釈付け、出版に適した可視化のためのETEワークフローを設計してください。
ベストプラクティス
- 内部名または支持値を持つツリーを読み込む前に、Newick形式設定を確認します。
- 大きなツリーでは、走査中のメモリ使用量を減らすためにイテレータを使用します。
- 自動化された系統注釈に依存する前に、NCBI taxonomyのマッピングを確認します。
回避
- ユーザーの確認なしに、分類データのダウンロードやシステムパッケージのインストールを実行しないでください。
- 葉名に種情報が正しくエンコードされていると決めつけないでください。
- 編集可能なベクター図が必要な場合に、ラスター画像を使用しないでください。
よくある質問
このスキルはどのツリー形式を扱いますか？
図を作成できますか？
インターネットアクセスは必要ですか？
オーソログを見つけられますか？
ETEを自動的にインストールしますか？
生物学以外でも役立ちますか？
開発者情報
作成者
K-Dense-AIライセンス
GPL-3.0 license
Skillstore リビジョン
r1
バージョンに関する注意
作者はバージョンを宣言していません。
参照
26421118b848d9f1efc0aa169d8a7a9e7e0a877e
メンテナンスの新しさ
2026/7/24
利用状況
6 ダウンロード · 203 閲覧
ファイル構成