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etetoolkit

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ETE toolkitで系統樹を解析する

Auch verfügbar von: davila7

ETE toolkitは進化生物学研究の系統解析を効率化します。樹形データの処理、進化イベントの検出、論文掲載に適した可視化の作成が可能です。

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 Bronze
1

Die Skill-ZIP herunterladen

2

In Claude hochladen

Gehe zu Einstellungen → Fähigkeiten → Skills → Skill hochladen

3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "etetoolkit". Load tree and show basic statistics

Erwartetes Ergebnis:

  • Tree loaded successfully from 'example.nw'
  • Basic statistics:
  • - Number of leaves: 25
  • - Total nodes: 49
  • - Tree depth: 8
  • - Total branch length: 2.45
  • - Root: Node001
  • Tree appears to be bifurcating with good resolution

Verwendung von "etetoolkit". Find orthologs for human gene

Erwartetes Ergebnis:

  • Orthologs of human_gene1:
  • - Mouse: mouse_gene1a, mouse_gene1b
  • - Chimpanzee: chimpanzee_gene1
  • - Gorilla: gorilla_gene1
  • - Orangutan: orangutan_gene1
  • Duplication events detected: 2
  • Speciation events detected: 4

Verwendung von "etetoolkit". Create circular visualization

Erwartetes Ergebnis:

  • Tree visualization created: 'phylogeny_circular.pdf'
  • Layout: Circular mode (360 degrees)
  • Leaf coloring: By taxonomic group
  • Support highlighting: Values >0.9 in green
  • Image size: 1200x1200 pixels, 300 DPI

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

The skill is a legitimate scientific bioinformatics tool. All 434 static findings are false positives. The 'Ruby/shell backtick' detections are markdown code block delimiters, not command execution. 'External commands' flagged are documentation examples for package installation. 'Weak cryptographic' findings are misidentified scientific function names. The Python scripts (tree_operations.py, quick_visualize.py) contain standard tree manipulation utilities with no security risks.

7
Gescannte Dateien
3,454
Analysierte Zeilen
2
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

📁 Dateisystemzugriff (1)
SKILL.md:379
⚙️ Externe Befehle (2)
SKILL.md:371 SKILL.md:54-68
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

68
Architektur
100
Wartbarkeit
87
Inhalt
20
Community
100
Sicherheit
78
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

遺伝子樹からオルソログを同定

遺伝子樹を解析し、比較ゲノミクス研究のために種間のオルソログ遺伝子を見つけます。

系統関係を可視化

カスタムスタイルと注釈で進化関係を示す論文掲載向け図を作成します。

系統樹データセットをプログラムで処理

大規模な進化解析のために何百もの系統樹を一括処理します。

Probiere diese Prompts

樹の読み込みと探索 
Load the phylogenetic tree from 'tree.nw' and display basic statistics including number of leaves, total nodes, and tree depth.
オルソログを探索 
Analyze this gene tree to identify orthologs of 'human_gene1' and create a table showing orthologous genes in each species.
可視化を作成 
Create a circular tree visualization with species names colored by taxonomy group and bootstrap values >0.9 highlighted in green.
樹を一括処理 
Process all .nw files in the directory: midpoint root each tree, remove branches with <0.5 support, and save as 'processed_[filename].nw'

Bewährte Verfahren

  • 進化イベント検出を伴う遺伝子樹解析にはPhyloTreeクラスを使用する
  • 系統学的正確性を保つため、樹を剪定する際は枝長を保持する
  • スケーラビリティ確保のため、論文図にはベクター形式（PDF/SVG）を使用する

Vermeiden

  • 遺伝子ファミリーや進化解析でPhyloTreeではなくTreeを使用する
  • 論文向けにベクター形式ではなくラスタ画像をレンダリングする
  • イテレータでメモリ使用を抑えられるのに、大規模な樹を丸ごとメモリに読み込む

Häufig gestellte Fragen

ETEはどのファイル形式に対応していますか？
ETEはツリーの入力・出力でNewick、NHX、PhyloXML、NeXML形式をサポートします。
可視化の依存関係はどうインストールしますか？
Install PyQt5: sudo apt-get install python3-pyqt5 on Ubuntu, or brew install qt@5 on macOS.
NCBI taxonomyのダウンロードに時間がかかるのはなぜですか？
初回ダウンロードは約300MBです。データベースはローカルにキャッシュされ、ダウンロードは一度だけです。
非常に大規模な樹はどう扱えばよいですか？
メモリ消費を大幅に減らすため、get_leaves()ではなくiter_leaves()のようなイテレータメソッドを使ってください。
TreeとPhyloTreeクラスの違いは何ですか？
PhyloTreeはTreeを拡張し、進化解析、遺伝子/種マッピング、イベント検出のメソッドを提供します。
サポート値で樹の枝を色分けするには？
カスタムレイアウト関数でnode.support値に基づく条件付きカラーリングを行うため、NodeStyleを使用します。

Entwicklerdetails

Lizenz

GPL-3.0 license

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/etetoolkit

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 visualization.md

📄 workflows.md

📁 scripts/

📄 quick_visualize.py

📄 tree_operations.py

📄 SKILL.md