string-database

Name: string-database
Author: K-Dense-AI

安全 🌐 ネットワークアクセス

STRINGデータベースからタンパク質相互作用ネットワークをクエリする

こちらからも入手できます: davila7

研究者は生物学的システムと疾患メカニズムを理解するためにタンパク質-タンパク質間相互作用を理解する必要があります。このスキルは5000種以上における5900万タンパク質と200億以上の相互作用を備えたSTRINGの包括的なデータベースへの直接アクセスを提供します。

対応: Claude Codex Code(CC)

🥉 73 ブロンズ

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Claudeでアップロード

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オンにして利用開始

テストする

「string-database」を使用しています。 Get interaction partners for BRCA1 with high confidence

期待される結果:

Top 10 BRCA1 interaction partners (confidence > 700):
BRCA2 - DNA repair protein, 990 confidence
RAD51 - DNA recombinase, 985 confidence
PALB2 - BRCA2 binding protein, 980 confidence
TP53 - Tumor suppressor, 750 confidence
CHEK2 - Checkpoint kinase, 720 confidence
Network contains 5 high-confidence interactions supporting BRCA1's role in homologous recombination repair.

「string-database」を使用しています。 Perform functional enrichment on DNA repair genes

期待される結果:

Significant GO Biological Process terms (FDR < 0.05):
DNA repair (GO:0006281) - 12 genes, FDR 1.2e-15
Double-strand break repair (GO:0006302) - 8 genes, FDR 3.4e-10
Cell cycle arrest (GO:0007050) - 6 genes, FDR 8.1e-8
KEGG Pathways: DNA replication (mmu03030) - 5 genes, FDR 0.0012
Top hub proteins: TP53, BRCA1, ATM form a highly connected module

セキュリティ監査

安全

v4 • 1/17/2026

The string-database skill is a legitimate bioinformatics tool for accessing protein-protein interaction data from the STRING database (string-db.org), a trusted ELIXIR resource. All 291 static findings are false positives: backticks in documentation are code formatting, HTTP requests target the official STRING API, file writes are for saving network images, and 'cryptographic' and 'reconnaissance' patterns are misinterpreted scientific terminology.

スキャンされたファイル

1,586

解析された行数

検出結果

総監査数

リスク要因

🌐 ネットワークアクセス (3)

scripts/string_api.py:21-22 scripts/string_api.py:62-67 scripts/string_api.py:116-121

監査者: claude 監査履歴を表示 →

品質スコア

アーキテクチャ

保守性

コンテンツ

コミュニティ

100

セキュリティ

仕様準拠

作れるもの

差次的に発現する遺伝子の解析

RNA-seqやプロテオミクス実験からタンパク質をアップロードして、エンリッチされたパスウェイと相互作用ネットワークを特定します。

タンパク質の機能と相互作用の研究

特定のタンパク質を調べて相互作用パートナーを発見し、ネットワークを可視化して生物学的役割を理解します。

生物学的ネットワークの構築と解析

包括的な相互作用ネットワークを構築し、タンパク質が有意な機能モジュールを形成するかどうかをテストします。

これらのプロンプトを試す

基本的なタンパク質ネットワーク

Get the protein interaction network for TP53 in humans with medium confidence (400), including 5 additional nodes, and save as PNG image.

機能エンリッチメント

Perform functional enrichment analysis on these proteins: TP53, BRCA1, ATM, CHEK2, MDM2. Show GO biological processes with FDR < 0.05.

種間比較

Get interaction networks for p53 protein in human (9606) and mouse (10090) with high confidence (700), then compare the top 10 interactors.

パスウェイ解析

Analyze this DNA repair protein list: map IDs, get interaction network with 700 confidence, test PPI enrichment, perform GO/KEGG enrichment, and generate evidence-colored network image.