bioservices
Pythonからバイオインフォマティクスデータベースにアクセスする
こちらからも入手できます: davila7
UniProt、KEGG、ChEMBLを含む40以上の生物学的データベースを一貫したPython APIで照会できます。バイオインフォマティクス研究におけるデータベース間分析と識別子変換を簡素化します。
スキルZIPをダウンロード
Claudeでアップロード
設定 → 機能 → スキル → スキルをアップロードへ移動
オンにして利用開始
テストする
「bioservices」を使用しています。 タンパク質P43403について情報をを見つける
期待される結果:
- UniProt ID: P43403
- Gene: ZAP70
- Organism: Homo sapiens (Human)
- KEGG ID: hsa:7535
- Pathways: hsa04660 (B cell receptor signaling), hsa04650
「bioservices」を使用しています。 KEGGからChEMBLへ化合物IDを変換する
期待される結果:
- KEGG ID: C11222
- ChEMBL ID: CHEMBL278315
- ChEBI ID: CHEBI:17957
- Compound: Geldanamycin
セキュリティ監査
安全All 521 static findings are false positives. Scanner misidentified markdown code block delimiters as shell commands, biological database identifiers as cryptographic algorithms, and legitimate API queries to bioinformatics databases as system reconnaissance. The skill is a legitimate scientific library interface.
リスク要因
⚙️ 外部コマンド (4)
🌐 ネットワークアクセス (1)
📁 ファイルシステムへのアクセス (2)
品質スコア
作れるもの
データベース間タンパク質分析
UniProtからタンパク質データを取得し、KEGGパスウェイにマッピングし、1つのワークフローで相互作用を分析します。
化合物識別子マッピング
KEGG、ChEMBL、ChEBIデータベース間で化合物IDを変換し、化学研究に利用します。
パスウェイネットワーク抽出
KEGGパスウェイからタンパク質相互作用ネットワークを抽出し、下流のネットワーク分析に利用します。
これらのプロンプトを試す
BioServicesを使用してタンパク質ZAP70のUniProtエントリを見つけ、そのFASTA配列を取得してください。
BioServicesマッピングを使用して、UniProt ID P43403を対応するKEGG遺伝子IDに変換してください。
BioServicesを使用して遺伝子7535を含むすべてのヒトパスウェイを取得し、相互作用ネットワークを抽出してください。
KEGGで化合物 Geldanamycin を検索し、UniChemを使用してそのChEMBLおよびChEBI識別子を見つけてください。
ベストプラクティス
- verbose=Falseを設定してログ出力を減らし、よりクリーンな結果を得る
- バッチリクエスト間にdelayを追加してAPIレート制限を尊重する
- 常に生物種コードを指定して曖昧さを避ける
回避
- レート制限なしで数千のリクエストを実行する
- 生物種を指定せずに曖昧な遺伝子名を使用する
- ネットワーク依存操作のエラーハンドリングをスキップする
よくある質問
どのデータベースがサポートされていますか？
APIキーが必要ですか？
レート制限をどのように処理すればよいですか？
バッチ識別子を変換できますか？
どのような出力フォーマットがサポートされていますか？
パスウェイの相互作用を取得するにはどうすればよいですか？
開発者の詳細
作成者
K-Dense-AIライセンス
GPLv3 license
リポジトリ
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/bioservices参照
main