技能 dnanexus-integration

📦

dnanexus-integration

Name: dnanexus-integration
Author: davila7

內容修訂 r2 中風險 ⚙️ 外部命令🔑 環境變數🌐 網路存取

建置 DNAnexus 基因體學工作流程

基因體學團隊經常需要 DNAnexus 程式碼模式，而不想在多份參考資料中搜尋。此 skill 為 Claude、Codex 和 Claude Code 提供 app、資料、工作流程與 dxpy 指引。

支援: Claude Codex Code(CC)

⚠️ 50 差

Maintain this Skill? Claim it ⚠️ 50 差

使用我的智慧代理安裝

將此請求複製給你的智慧代理，其中包含權威 Skill 頁面和清單。

智能體請求

Review the Skillstore skill "dnanexus-integration" from https://skillstore.io/skills/davila7-dnanexus-integration.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-dnanexus-integration/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

你的智慧代理仍應顯示其計畫，並依安全政策請求必要確認。

Agent 可讀資源

當 AI Agent、爬蟲或腳本需要乾淨脈絡、而不是讀取完整頁面時，請使用這些連結。

Markdown 詳情 GET /skills/davila7-dnanexus-integration.md 已簽名 manifest GET /api/skills/davila7-dnanexus-integration/manifest 已簽名 lockfile GET /api/skills/davila7-dnanexus-integration/lockfile

測試它

正在使用「dnanexus-integration」。 Create a DNAnexus applet for quality filtering paired FASTQ files.

預期結果:

簡潔的 applet 設計，包含 input 和 output 名稱、file classes 與 resource assumptions。
涵蓋 local tests、platform tests、logging 與 result validation 的開發檢查清單。
僅要求必要 network 與 project access 的權限審查。

正在使用「dnanexus-integration」。 Plan data organization for RNA-seq outputs across several projects.

預期結果:

針對 raw data、intermediate files、final results 與 reports 的 folder 和 metadata 策略。
以 dxpy 為導向的 operations plan，涵蓋 search、copy、tagging 與 record updates。
針對 access levels、auditability 與 accidental data exposure 的審查檢查清單。

正在使用「dnanexus-integration」。 Turn three applets into a monitored DNAnexus workflow.

預期結果:

包含 job dependencies、expected outputs 與 retry points 的 step order。
針對 job status、logs、failures 與 final output collection 的 monitoring plan。

安全審計

中風險

v9 • 2026/7/23 開啟版本化報告

All 45 static alerts are false positives caused by inert documentation, Markdown formatting, placeholders, and legitimate DNAnexus examples. No prompt injection or malicious data-exfiltration intent was found. Three medium-risk documentation issues remain concerning permissions, destructive cloud operations, and bearer token handling.

已掃描檔案

2,610

分析行數

複核項目

已忽略的誤報

已確認的安全問題 (3)

中

references/configuration.md:442-452

Overbroad DNAnexus Access Example

The configuration example combines unrestricted internet, project write, cross-project read, and developer access. Copying it can grant unnecessary privileges.

The permissions are explicitly combined in one copyable example. Each listed permission expands the app's authority beyond a minimal default.

中

references/data-operations.md:275-285 references/data-operations.md:319-330 references/job-execution.md:310-320

Sensitive Cloud Operations Lack Confirmation Guidance

The references show user invitations, permanent file deletion, and job termination without requiring target checks or explicit confirmation. Mistakes can alter access or lose work.

The cited examples directly perform privileged or destructive remote actions. No adjacent instruction requires impact review or user confirmation.

中

references/python-sdk.md:28-44

Bearer Token Placement in Examples

Authentication examples place token placeholders directly in Python and a shell export. Replacing them with real tokens can expose secrets through source or shell history.

The examples visibly assign a bearer token literal in code and a shell command. Placeholders reduce immediate exposure but encourage unsafe substitution.

審計單位: codex 檢視審計紀錄 →

分享與引用此報告

分享版本化評估報告、中性徽章、嵌入卡片與引用。Skillstore 只報告證據，不判斷該 Skill 是否安全。

開啟版本化報告

複製報告連結

https://skillstore.io/skills/davila7-dnanexus-integration/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Markdown 徽章

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-dnanexus-integration/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-dnanexus-integration?utm_source=security_passport_badge)

HTML 徽章

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-dnanexus-integration?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-dnanexus-integration/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

嵌入卡片

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-dnanexus-integration.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

學術引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA 引用

davila7. (2026). dnanexus-integration security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-dnanexus-integration/audits/9

BibTeX 引用

@techreport{davila7-davila7-dnanexus-integration-2026,
  author = {davila7},
  title = {dnanexus-integration security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-dnanexus-integration/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "dnanexus-integration security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-dnanexus-integration/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-dnanexus-integration:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

比較變體

2 個可安裝變體

每位作者的技能都保留為獨立的可安裝項目。推薦變體依 Skillstore 證據排序。

為何此變體排名第一

Skillstore 評分最高

作者 / 來源 Skillstore 評分證據置信度 Skillstore 使用量已更新

K-Dense-AI 推薦

k-dense-ai-dnanexus-integration

Skillstore 評分 71

證據置信度高

Skillstore 使用量 15

已更新

2026-09-09

davila7 目前

davila7-dnanexus-integration

Skillstore 評分 50

證據置信度高

Skillstore 使用量 11

已更新

2026-09-09

Skillstore 評分

評分依據證據置信度: 高

架構

可維護性

內容

社群

規範符合度

你可以打造什麼

建立基因體學 Applet

為 FASTQ alignment 設計 DNAnexus applet，包含具型別的 inputs、outputs、resources 與部署步驟。

組織 Project 資料

使用 dxpy data operations 規劃檔案上傳、records、metadata、folders 與 project transfers。

自動化 Workflow Runs

建置多步驟 DNAnexus workflow 計畫，包含 job monitoring 與 output handling。

試試這些提示

啟動 DNAnexus Applet

協助我為 [analysis goal] 建立 DNAnexus applet。包含 inputs、outputs、resource choices 與簡單的 test plan。

規劃 Data Operations

為 [project] 設計 DNAnexus data management workflow。包含 upload、metadata、folders、search 與 safe copy steps。

建置多步驟 Workflow

為 [pipeline] 建立 DNAnexus workflow plan。包含 job dependencies、output links、monitoring 與 failure handling。

審查 Production Configuration

審查我的 DNAnexus app design 是否適合 production。檢查 dxapp settings、dependencies、permissions、costs、logging 與 security risks。

最佳實務

使用最低權限 DNAnexus permissions，且只有在必要時才請求 broad network access。
在受保護資料上執行產生命令前，先驗證 generated commands、object IDs 與 project paths。
在擴展到完整 cohorts 或 production workflows 前，先使用小型代表性檔案測試 applets。

避免

不要在產生的程式碼中硬編碼 DNAnexus tokens、project secrets 或受保護的 sample identifiers。
不要未經審查就將 placeholder project IDs、applet IDs 或 file names 複製到 production。
當較窄的 app access setting 已足夠時，不要授予 all-project 或 developer permissions。

常見問題

這個 skill 會自動連接到 DNAnexus 嗎？

不會。它提供指引與範例，但使用者必須自行執行已驗證的 DNAnexus commands。

它可以協助撰寫 dxpy scripts 嗎？

可以。它涵蓋 files、records、projects、jobs、workflows 與 error handling 的常見 dxpy 模式。

它適合用於受保護的 genomic data 嗎？

它可以支援 protected-data workflows，但使用者必須遵循其組織政策並審查產生的 access settings。

涵蓋哪些 DNAnexus 領域？

它涵蓋 app development、data operations、job execution、dxpy usage 與 app configuration。

它會取代官方 DNAnexus 文件嗎？

不會。它摘要實用模式，並應與官方文件核對以確認最新平台細節。

它可以估算雲端成本嗎？

它可以建議具成本意識的設定，但最終成本估算需要 DNAnexus pricing 與特定 workload measurements。

開發者詳細資訊

作者

davila7

授權

MIT

Skillstore 修訂

版本提示

作者未聲明版本。

儲存庫

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/dnanexus-integration

引用

c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f

維護新鮮度

2026/7/29

使用量

5 次下載 · 556 次瀏覽

檔案結構

📁 references/

📄 app-development.md

📄 configuration.md

📄 data-operations.md

📄 job-execution.md

📄 python-sdk.md

使用 Scanpy 分析單細胞 RNA-seq

由 K-Dense-AI

單細胞 RNA-seq 分析需要在 QC、正規化、分群和繪圖之間做出許多相互關聯的決策。此技能為 Claude、Codex 和 Claude Code 提供結構化的 Scanpy 工作流程、參考指南和可重複使用的分析腳本。

資料與分析查看

dnanexus-integration

使用我的智慧代理安裝

Agent 可讀資源

測試它

安全審計

已確認的安全問題 (3)

風險因素

複製報告連結

Markdown 徽章

HTML 徽章

嵌入卡片

APA 引用

BibTeX 引用

CITATION.cff

比較變體

Skillstore 評分

你可以打造什麼

建立基因體學 Applet

組織 Project 資料

自動化 Workflow Runs

試試這些提示

最佳實務

避免

常見問題

開發者詳細資訊

davila7 的更多技能

latex-posters

content-creator

treatment-plans

clinical-reports

exploratory-data-analysis

diffdock

相關技能

ensembl-database

gtars

pydeseq2

ena-database

pytdc

scanpy