DNAnexus 提供基於雲端的基因組學分析，但需要平台特定的知識。本技能提供完整的文件，用於建構應用程式、管理資料以及執行生物資訊學工作流程。
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開啟並開始使用
測試它
正在使用「dnanexus-integration」。 How do I upload a FASTQ file and run quality control?
預期結果:
- 1. First authenticate: dx login
- 2. Upload your file: dx upload sample.fastq --project project-xxxx
- 3. Find a QC applet: dx find_applets --name '*qc*'
- 4. Run analysis: dx run applet-xxxx -i reads=file-yyyy
- 5. Monitor progress: dx watch job-zzzz
- 6. Download results when complete
正在使用「dnanexus-integration」。 Create a simple app that filters reads by quality
預期結果:
- Define dxapp.json with inputSpec for reads file and outputSpec for filtered reads
- Use @dxpy.entry_point('main') decorator for the main function
- Download input with dxpy.download_dxfile()
- Process with subprocess.call() to external tool
- Upload output with dxpy.upload_local_file()
- Return result using dxpy.dxlink()
安全審計
安全All 455 static findings are false positives. The skill is documentation for DNAnexus cloud genomics platform. The flagged 'external_commands' are legitimate DNAnexus CLI commands (dx, dxpy) in documentation code blocks. The 'weak cryptographic algorithm' findings incorrectly identified API version fields like 'dxapi: 1.0.0' as cryptographic code. The 'Windows SAM database' alert misidentified authentication documentation (DX_SECURITY_CONTEXT) as Windows system files. No malicious patterns exist.
風險因素
品質評分
你能建構什麼
處理測序資料管線
上傳 FASTQ 檔案，執行比對和變異呼叫工作流程，下載結果以進行研究分析
建構自訂分析應用程式
建立 DNAnexus 應用程式，用於專門的基因組學分析，並具備適當的輸入和輸出處理
組織基因組資料集
在多個 DNAnexus 專案中搜尋、分類和管理大型基因組資料集
試試這些提示
Help me upload a FASTQ file to DNAnexus and run a basic quality control analysis using an existing applet
I need to create a DNAnexus app that takes FASTQ input and outputs BAM alignment using BWA-MEM
Show me how to find all FASTQ files in a project and run the same analysis on each in parallel
Help me configure dxapp.json for an app that needs samtools, bcftools, and a custom Docker image with reference genomes
最佳實務
- 在 DNAnexus 應用程式中處理資料前務必驗證輸入檔案
- 為運算密集型分析使用適當的 DNAnexus 執行個體類型
- 在自訂應用程式中包含全面的錯誤處理和日誌記錄
避免
- 在正式環境應用程式中硬編寫專案 ID 或檔案路徑
- 處理大型檔案時不檢查可用的磁碟空間
- 忽略 DNAnexus 工作狀態和錯誤條件