Навыки zinc-database
🧪

zinc-database

Безопасно 🌐 Доступ к сети⚙️ Внешние команды

Поиск соединений в базе данных ZINC

Также доступно от: davila7

База данных ZINC содержит более 230 миллионов доступных для покупки химических соединений для исследований в области разработки лекарств. Этот навык предоставляет программный доступ для поиска по ZINC ID, SMILES или коду поставщика, получения 3D-структур и выполнения поиска сходства для виртуального скрининга и исследований молекулярного докинга.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)
📊 69 Адекватно
1

Скачать ZIP навыка

2

Загрузить в Claude

Перейдите в Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

Включите и начните использовать

Протестировать

Использование «zinc-database». Найдите ZINC000000000001 и похожие соединения с расстоянием 3

Ожидаемый результат:

  • ZINC ID: ZINC000000000001
  • SMILES: [отображаемая структура]
  • Доступно в: [каталоги]
  • Найдено похожих соединений: 142
  • Лучшие совпадения: ZINC000000000002, ZINC000000000003, ...

Использование «zinc-database». Получите 100 случайных соединений-лидеров с MW 250-350

Ожидаемый результат:

  • Получено 100 соединений из ZINC22
  • Диапазон свойств: MW 250-350, подмножество лидероподобных
  • Коды траншей: формат H##P###M###
  • Каждая запись включает ZINC ID, SMILES и информацию о поставщике

Аудит безопасности

Безопасно
v4 • 1/17/2026

All 389 static findings are false positives. The skill is legitimate scientific documentation for accessing the public ZINC database maintained by UCSF. subprocess.run calls use array syntax with hardcoded ZINC API endpoints. C2 keyword flags are common programming terms (command, control, execute) used in legitimate documentation context. The scanner misinterpreted cheminformatics terminology (MD5/SHA checksums) and DOCK database format files (.db2) as security concerns. No malicious behavior patterns detected.

4
Просканировано файлов
2,804
Проанализировано строк
2
находки
4
Всего аудитов

Факторы риска

🌐 Доступ к сети (2)
SKILL.md:43-44 SKILL.md:385-389
⚙️ Внешние команды (1)
SKILL.md:280-294
Проверено: claude Посмотреть историю аудитов →

Оценка качества

41
Архитектура
100
Сопровождаемость
87
Контент
21
Сообщество
100
Безопасность
83
Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Создание библиотек для докинга

Запросить ZINC для получения соединений, подобных лекарственным, загрузить 3D-структуры и подготовить библиотеки для скрининга в DOCK6 или AutoDock Vina.

Поиск аналоговых соединений

Поиск по сходству SMILES для обнаружения доступных для покупки аналогов известных активных соединений для исследований зависимости структура-активность.

Настройка виртуального скрининга

Генерация случайных наборов соединений, отфильтрованных по молекулярному весу, LogP или количеству доноров водородных связей, для начальных кампаний виртуального скрининга.

Попробуйте эти промпты

Простой поиск соединения 
Найдите в базе данных ZINC соединение ZINC000000000001 и покажите его SMILES, коды поставщиков и каталоги.
Сходство SMILES 
Найдите соединения, подобные Ибупрофену (CC(C)Cc1ccc(cc1)C(C)C(=O)O), с расстоянием Танимото 3. Верните ZINC ID, SMILES и доступные каталоги.
Подготовка библиотеки для докинга 
Создайте список из 1000 случайных лекарственноподобных соединений из ZINC22 с MW 350-500. Покажите ZINC ID, SMILES и коды траншей.
Поиск аналогов 
Найдите 50 аналогов-лидеров (MW 250-350) для соединения-хита с SMILES CCCc1ccc(cc1)C(C)N. Верните доступные для покупки варианты с кодами поставщиков.

Лучшие практики

  • Сначала используйте точные совпадения SMILES, затем расширяйте до поиска сходства с параметрами расстояния
  • Ограничивайте выходные поля только необходимыми данными для уменьшения размера ответа и повышения производительности
  • Кэшируйте часто используемые данные соединений локально для сокращения повторных вызовов API

Избегать

  • Выполнение быстрых последовательных запросов без задержек - соблюдайте ограничения скорости сервера
  • Запрос всех выходных полей, когда нужны только несколько
  • Пропуск парсинга свойств траншей - они кодируют MW, LogP и количество доноров водородных связей, что полезно для фильтрации

Часто задаваемые вопросы

Что такое база данных ZINC?
ZINC - это бесплатная публичная база данных, содержащая более 230 миллионов доступных для покупки химических соединений, поддерживаемая UCSF для исследований в области разработки лекарств.
Нужен ли мне API-ключ?
Нет, API ZINC бесплатен и не требует аутентификации. Просто используйте документированные конечные точки по адресу cartblanche22.docking.org.
Какие форматы файлов доступны?
ZINC предоставляет форматы MOL2, SDF и DOCK DB2 для 3D-структур. Выбирайте в зависимости от требований вашего программного обеспечения для докинга.
Как загрузить 3D-структуры?
Используйте файловый репозиторий по адресу files.docking.org/zinc22/ с кодами траншей или запрашивайте структуры через API для небольших партий.
Что такое транш?
Транши кодируют молекулярные свойства: H## (доноры водородных связей), P### (LogP x10), M### (MW) и фаза (реакционная способность). Пример: H05P035M400-0.
Могу ли я использовать это для коммерческих исследований?
Проверьте условия лицензирования поставщиков. ZINC агрегирует соединения от многих продавцов - проверьте статус интеллектуальной собственности перед коммерческим использованием.

Сведения для разработчиков

Автор

K-Dense-AI

Лицензия

MIT

Репозиторий

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/zinc-database

Ссылка

main

Структура файлов

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 EVALUATION_OUTPUT.json

📄 SKILL.md