Навыки datamol
🧪

datamol

Безопасно ⚙️ Внешние команды🌐 Доступ к сети

Анализ молекул и вычисление свойств лекарств с помощью Python

Также доступно от: K-Dense-AI

Работа с молекулярными данными в Python требует сложного кода RDKit. Datamol предоставляет простые функции для парсинга SMILES, вычисления свойств и анализа соединений.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)
📊 70 Адекватно
1

Скачать ZIP навыка

2

Загрузить в Claude

Перейдите в Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

Включите и начните использовать

Протестировать

Использование «datamol». Calculate drug-likeness properties for aspirin (CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O)

Ожидаемый результат:

  • Molecular Weight: 180.16 g/mol
  • LogP: 1.19
  • Hydrogen Bond Donors: 1
  • Hydrogen Bond Acceptors: 4
  • TPSA: 63.6 square angstroms
  • Passes Lipinski Rule of Five: Yes

Использование «datamol». Extract the scaffold from ibuprofen

Ожидаемый результат:

  • Original SMILES: CC(C)Cc1ccc(C(C)C(=O)O)cc1
  • Murcko Scaffold: c1ccc(CC(=O)O)cc1
  • Generic Scaffold: c1ccccc1

Аудит безопасности

Безопасно
v5 • 1/17/2026

This skill is documentation-only, containing markdown files with Python code examples for the Datamol cheminformatics library. All 521 static findings are false positives caused by the scanner misinterpreting chemistry terminology and markdown code fences as security threats. No executable code, scripts, or malicious patterns exist.

8
Просканировано файлов
1,881
Проанализировано строк
2
находки
5
Всего аудитов

Факторы риска

⚙️ Внешние команды (361)
references/conformers_module.md:3 references/conformers_module.md:7 references/conformers_module.md:10 references/conformers_module.md:11 references/conformers_module.md:12 references/conformers_module.md:13 references/conformers_module.md:14 references/conformers_module.md:15 references/conformers_module.md:16 references/conformers_module.md:17 references/conformers_module.md:18 references/conformers_module.md:19 references/conformers_module.md:20 references/conformers_module.md:23-27 references/conformers_module.md:27-31 references/conformers_module.md:31-34 references/conformers_module.md:34-35 references/conformers_module.md:35-36 references/conformers_module.md:36-40 references/conformers_module.md:40-43 references/conformers_module.md:43 references/conformers_module.md:43-44 references/conformers_module.md:44-49 references/conformers_module.md:49-55 references/conformers_module.md:55-58 references/conformers_module.md:58-60 references/conformers_module.md:60-62 references/conformers_module.md:62-67 references/conformers_module.md:67-71 references/conformers_module.md:71-74 references/conformers_module.md:74-75 references/conformers_module.md:75-76 references/conformers_module.md:76-80 references/conformers_module.md:80-84 references/conformers_module.md:84-87 references/conformers_module.md:87-89 references/conformers_module.md:89-96 references/conformers_module.md:96-123 references/core_api.md:7 references/core_api.md:10 references/core_api.md:11 references/core_api.md:13 references/core_api.md:16 references/core_api.md:19 references/core_api.md:22 references/core_api.md:27 references/core_api.md:29 references/core_api.md:29 references/core_api.md:31 references/core_api.md:34 references/core_api.md:37 references/core_api.md:40 references/core_api.md:45 references/core_api.md:50 references/core_api.md:57 references/core_api.md:60 references/core_api.md:63 references/core_api.md:68 references/core_api.md:72 references/core_api.md:75 references/core_api.md:80 references/core_api.md:83 references/core_api.md:84 references/core_api.md:85 references/core_api.md:86 references/core_api.md:87 references/core_api.md:88 references/core_api.md:88 references/core_api.md:91 references/core_api.md:93 references/core_api.md:96 references/core_api.md:101 references/core_api.md:104 references/core_api.md:105 references/core_api.md:106 references/core_api.md:110 references/core_api.md:113 references/core_api.md:118 references/core_api.md:121 references/core_api.md:126 references/core_api.md:129 references/descriptors_viz.md:3 references/descriptors_viz.md:9 references/descriptors_viz.md:14 references/descriptors_viz.md:19 references/descriptors_viz.md:24 references/descriptors_viz.md:29 references/descriptors_viz.md:34 references/descriptors_viz.md:41 references/descriptors_viz.md:44 references/descriptors_viz.md:45 references/descriptors_viz.md:53-57 references/descriptors_viz.md:57-59 references/descriptors_viz.md:59-62 references/descriptors_viz.md:62-63 references/descriptors_viz.md:63-64 references/descriptors_viz.md:64-65 references/descriptors_viz.md:65-68 references/descriptors_viz.md:68-75 references/descriptors_viz.md:75-79 references/descriptors_viz.md:79-81 references/descriptors_viz.md:81-83 references/descriptors_viz.md:83 references/descriptors_viz.md:83-85 references/descriptors_viz.md:85-88 references/descriptors_viz.md:88-93 references/descriptors_viz.md:93-101 references/descriptors_viz.md:101-104 references/descriptors_viz.md:104-108 references/descriptors_viz.md:108-112 references/descriptors_viz.md:112-118 references/descriptors_viz.md:118-121 references/descriptors_viz.md:121-122 references/descriptors_viz.md:122-123 references/descriptors_viz.md:123-124 references/descriptors_viz.md:124-125 references/descriptors_viz.md:125-126 references/descriptors_viz.md:126-127 references/descriptors_viz.md:127-128 references/descriptors_viz.md:128-129 references/descriptors_viz.md:129-130 references/descriptors_viz.md:130-131 references/descriptors_viz.md:131-134 references/descriptors_viz.md:134-146 references/descriptors_viz.md:146-150 references/descriptors_viz.md:150-153 references/descriptors_viz.md:153-154 references/descriptors_viz.md:154-155 references/descriptors_viz.md:155-156 references/descriptors_viz.md:156-157 references/descriptors_viz.md:157-158 references/descriptors_viz.md:158-162 references/descriptors_viz.md:162-165 references/descriptors_viz.md:165-169 references/descriptors_viz.md:169-172 references/descriptors_viz.md:172-173 references/descriptors_viz.md:173-174 references/descriptors_viz.md:174-175 references/descriptors_viz.md:175-176 references/descriptors_viz.md:176-180 references/descriptors_viz.md:180-186 references/descriptors_viz.md:186-191 references/descriptors_viz.md:191 references/descriptors_viz.md:191-192 references/descriptors_viz.md:192-193 references/descriptors_viz.md:193-194 references/descriptors_viz.md:194 references/descriptors_viz.md:194-195 references/fragments_scaffolds.md:3 references/fragments_scaffolds.md:9 references/fragments_scaffolds.md:15-20 references/fragments_scaffolds.md:20-23 references/fragments_scaffolds.md:23-32 references/fragments_scaffolds.md:32-36 references/fragments_scaffolds.md:36-44 references/fragments_scaffolds.md:44-54 references/fragments_scaffolds.md:54-57 references/fragments_scaffolds.md:57-62 references/fragments_scaffolds.md:62-66 references/fragments_scaffolds.md:66-72 references/fragments_scaffolds.md:72-79 references/fragments_scaffolds.md:79-84 references/fragments_scaffolds.md:84-88 references/fragments_scaffolds.md:88-97 references/fragments_scaffolds.md:97-100 references/fragments_scaffolds.md:100-104 references/fragments_scaffolds.md:104-109 references/fragments_scaffolds.md:109-112 references/fragments_scaffolds.md:112-124 references/fragments_scaffolds.md:124-148 references/fragments_scaffolds.md:148-152 references/fragments_scaffolds.md:152-167 references/io_module.md:3 references/io_module.md:7 references/io_module.md:10 references/io_module.md:11 references/io_module.md:12 references/io_module.md:13 references/io_module.md:14 references/io_module.md:15 references/io_module.md:17 references/io_module.md:19 references/io_module.md:22 references/io_module.md:24 references/io_module.md:27 references/io_module.md:28 references/io_module.md:29 references/io_module.md:31 references/io_module.md:34 references/io_module.md:35 references/io_module.md:36 references/io_module.md:38 references/io_module.md:41 references/io_module.md:44 references/io_module.md:47 references/io_module.md:50 references/io_module.md:53 references/io_module.md:53 references/io_module.md:57 references/io_module.md:64 references/io_module.md:66-70 references/io_module.md:70-72 references/io_module.md:72-76 references/io_module.md:76-79 references/io_module.md:79-81 references/io_module.md:81-83 references/io_module.md:83-86 references/io_module.md:86-89 references/io_module.md:89-97 references/io_module.md:97-100 references/io_module.md:100-104 references/io_module.md:104-105 references/io_module.md:105-106 references/io_module.md:106-107 references/io_module.md:107-108 references/io_module.md:108-109 references/reactions_data.md:3 references/reactions_data.md:9 references/reactions_data.md:12 references/reactions_data.md:13 references/reactions_data.md:14 references/reactions_data.md:15 references/reactions_data.md:16 references/reactions_data.md:17 references/reactions_data.md:18 references/reactions_data.md:21-33 references/reactions_data.md:33-38 references/reactions_data.md:38-45 references/reactions_data.md:45-57 references/reactions_data.md:57-62 references/reactions_data.md:62-65 references/reactions_data.md:65-70 references/reactions_data.md:70-73 references/reactions_data.md:73-78 references/reactions_data.md:78-82 references/reactions_data.md:82-107 references/reactions_data.md:107-118 references/reactions_data.md:118-124 references/reactions_data.md:124-127 references/reactions_data.md:127-128 references/reactions_data.md:128-132 references/reactions_data.md:132-136 references/reactions_data.md:136-138 references/reactions_data.md:138-148 references/reactions_data.md:148-151 references/reactions_data.md:151-153 references/reactions_data.md:153-159 references/reactions_data.md:159-169 references/reactions_data.md:169-174 references/reactions_data.md:174-184 references/reactions_data.md:184-187 references/reactions_data.md:187-204 SKILL.md:10 SKILL.md:28-30 SKILL.md:30-33 SKILL.md:33-35 SKILL.md:35-42 SKILL.md:42-56 SKILL.md:56-59 SKILL.md:59-70 SKILL.md:70-73 SKILL.md:73-87 SKILL.md:87-91 SKILL.md:91-94 SKILL.md:94-109 SKILL.md:109-112 SKILL.md:112-123 SKILL.md:123-126 SKILL.md:126-133 SKILL.md:133-137 SKILL.md:137-140 SKILL.md:140-145 SKILL.md:145-148 SKILL.md:148-155 SKILL.md:155-158 SKILL.md:158-169 SKILL.md:169-172 SKILL.md:172-184 SKILL.md:184-189 SKILL.md:189-197 SKILL.md:197-200 SKILL.md:200-211 SKILL.md:211-215 SKILL.md:215-218 SKILL.md:218-230 SKILL.md:230-235 SKILL.md:235-247 SKILL.md:247-251 SKILL.md:251-254 SKILL.md:254-258 SKILL.md:258-261 SKILL.md:261-278 SKILL.md:278-281 SKILL.md:281-300 SKILL.md:300-304 SKILL.md:304-307 SKILL.md:307-311 SKILL.md:311-314 SKILL.md:314-316 SKILL.md:316-319 SKILL.md:319-336 SKILL.md:336-340 SKILL.md:340-343 SKILL.md:343-357 SKILL.md:357-360 SKILL.md:360-370 SKILL.md:370-373 SKILL.md:373-380 SKILL.md:380-384 SKILL.md:384-387 SKILL.md:387-401 SKILL.md:401-404 SKILL.md:404-412 SKILL.md:412-415 SKILL.md:415-422 SKILL.md:422-425 SKILL.md:425-433 SKILL.md:433-437 SKILL.md:437-440 SKILL.md:440-457 SKILL.md:457-460 SKILL.md:460-470 SKILL.md:470-474 SKILL.md:474-475 SKILL.md:475-476 SKILL.md:476-477 SKILL.md:477-480 SKILL.md:480-481 SKILL.md:481-482 SKILL.md:482-483 SKILL.md:483-484 SKILL.md:484-486 SKILL.md:486-492 SKILL.md:492-532 SKILL.md:532-536 SKILL.md:536-561 SKILL.md:561-565 SKILL.md:565-591 SKILL.md:591-597 SKILL.md:597-598 SKILL.md:598-599 SKILL.md:599-600 SKILL.md:600-601 SKILL.md:601-602 SKILL.md:602-607 SKILL.md:607-609 SKILL.md:609-612 SKILL.md:612-616 SKILL.md:616-619 SKILL.md:619-621 SKILL.md:621-624 SKILL.md:624-626 SKILL.md:626-643 SKILL.md:643-661 SKILL.md:661-665 SKILL.md:665-680 SKILL.md:680-685 SKILL.md:685 SKILL.md:685-688 SKILL.md:688-691 SKILL.md:691
🌐 Доступ к сети (6)
references/io_module.md:99 skill-report.json:6 SKILL.md:129 SKILL.md:698 SKILL.md:699 SKILL.md:700
Проверено: claude Посмотреть историю аудитов →

Оценка качества

45
Архитектура
100
Сопровождаемость
87
Контент
20
Сообщество
100
Безопасность
83
Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Фильтрация соединений по правилам лекарственноподобности

Применение фильтров правила пяти Липинского к библиотекам соединений путем вычисления молекулярной массы, LogP, а также доноров и акцепторов водородных связей.

Построение молекулярных признаков для ML-моделей

Генерация молекулярных отпечатков и вычисление таблиц дескрипторов для обучения моделей машинного обучения на химических наборах данных.

Анализ SAR путем кластеризации скаффолдов

Группировка соединений по скаффолдам Murcko, визуализация структурных серий и выявление паттернов активности в химических сериях.

Попробуйте эти промпты

Парсинг строки SMILES 
Use datamol to parse this SMILES string and standardize it: CCO
Вычисление дескрипторов 
Calculate molecular weight, LogP, and hydrogen bond counts for this compound using datamol: c1ccc(CC(=O)O)cc1
Кластеризация по сходству 
Use datamol to cluster these SMILES by structural similarity with a Tanimoto cutoff of 0.3: [list of SMILES]
Генерация конформеров 
Generate 20 low-energy 3D conformers for this molecule using datamol ETKDGv3 method: c1ccccc1CCO

Лучшие практики

  • Всегда стандартизируйте молекулы из внешних источников с помощью dm.standardize_mol перед анализом
  • Проверяйте значения None после парсинга строк SMILES, так как недействительные молекулы возвращают None
  • Используйте параметр n_jobs=-1 для параллельной обработки при работе с большими наборами соединений

Избегать

  • Не используйте кластеризацию Butina для наборов данных более 1000 молекул из-за ограничений памяти
  • Не пропускайте санитизацию молекул при загрузке данных из ненадежных источников
  • Не генерируйте избыточное количество конформеров для крупных молекул, так как это приводит к медленной производительности

Часто задаваемые вопросы

В чём разница между datamol и RDKit?
Datamol является обёрткой вокруг RDKit, которая предоставляет более простые вызовы функций и разумные настройки по умолчанию. Все молекулы datamol являются нативными объектами Mol RDKit.
Как установить datamol?
Выполните 'uv pip install datamol' или 'pip install datamol'. RDKit устанавливается автоматически как зависимость.
Может ли datamol читать файлы из облачного хранилища?
Да, datamol использует fsspec для файлового ввода-вывода. Вы можете читать из S3, GCS или HTTP URL напрямую, передавая URL в функции чтения.
Какой тип отпечатка следует использовать для поиска по сходству?
ECFP (Extended Connectivity Fingerprints) с радиусом 2 является настройкой по умолчанию и хорошо работает для общего структурного сходства.
Как фильтровать соединения по правилу пяти Липинского?
Используйте dm.descriptors.compute_many_descriptors для получения значений mw, logp, hbd и hba, затем фильтруйте по стандартным порогам.
Почему моя кластеризация исчерпывает память?
Кластеризация Butina строит полную матрицу расстояний. Используйте dm.pick_diverse для наборов данных более 1000 молекул вместо этого.

Сведения для разработчиков

Автор

davila7

Лицензия

Apache-2.0

Репозиторий

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/datamol

Ссылка

main

Структура файлов

📁 references/

📄 conformers_module.md

📄 core_api.md

📄 descriptors_viz.md

📄 fragments_scaffolds.md

📄 io_module.md

📄 reactions_data.md

📄 SKILL.md