📦

pytdc

Ревизия содержимого r1 Безопасно ⚙️ Внешние команды🌐 Доступ к сети

Анализируйте терапевтические ML-наборы данных с PyTDC

Командам по разработке лекарств нужны надежные наборы данных и справедливые протоколы оценки. Этот навык помогает Claude использовать PyTDC для курируемых терапевтических ML-данных, benchmark-разбиений, метрик и молекулярных оракулов.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)
Maintain this Skill? Claim it 🥈 82 Серебро

Установить с помощью моего Агента

Скопируйте этот запрос в своего Агента. Он содержит каноническую страницу Skill и манифест.

Запрос агента
Review the Skillstore skill "pytdc" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pytdc.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-pytdc/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

Ваш Агент по-прежнему должен показать план и запросить все подтверждения, требуемые политикой безопасности.

Ресурсы для AI-агентов

Используйте эти ссылки, когда AI-агенту, crawler или script нужен чистый контекст вместо полной страницы.

Протестировать

Использование «pytdc». Загрузи ADME-набор данных и объясни разбиение.

Ожидаемый результат:

  • Выбранный набор данных: Caco2_Wang для кишечной проницаемости.
  • Рекомендуемое разбиение: scaffold split для проверки обобщения на разные химические структуры.
  • Ожидаемые разделы: train, validation и test data frames с идентификаторами молекул, SMILES strings и метками.
  • Следующий шаг: обучите модель на train data и настраивайте ее только на validation data.

Использование «pytdc». Как мне сообщать результаты ADMET benchmark?

Ожидаемый результат:

  • Запустите обязательные пять seeds без изменения предоставленных разбиений.
  • Сообщайте среднее значение и стандартное отклонение для метрики каждого набора данных.
  • Укажите название модели, представление признаков, гиперпараметры и любые варианты предобработки.
  • Избегайте сравнения single-seed scores с результатами benchmark leaderboard.

Использование «pytdc». Оцени кандидатов для генерации молекул.

Ожидаемый результат:

  • Оцените каждого кандидата с помощью релевантных оракулов, таких как QED, SA, LogP и target-specific predictors.
  • Отфильтруйте недопустимые молекулы перед ранжированием кандидатов.
  • Используйте оценки оракулов как сигналы для приоритизации, а не как доказательство биологической активности.
  • Передайте лучших кандидатов на экспертную проверку и экспериментальную валидацию.

Аудит безопасности

Безопасно

The static findings are false positives caused by markdown backticks, documentation URLs, scientific names, dictionary key access, and TDC dataset split examples. I found no evidence of command execution, credential handling, malicious network behavior, prompt injection, or reconnaissance intent in the cited files.

8
Просканировано файлов
2,919
Проанализировано строк
0
Пункты проверки
0
Ложные срабатывания проигнорированы
Последний завершенный статический и семантический аудит не обнаружил подтвержденных проблем безопасности. Это не доказывает отсутствие побочных эффектов у навыка.
Поделиться и цитировать этот отчет

Делитесь версионным отчетом об оценке, нейтральным значком, встраиваемой карточкой и цитатами. Skillstore публикует доказательства, не решая, безопасен ли этот Skill.

Открыть версионный отчет
Оценка безопасности

Копировать ссылку на отчёт

https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pytdc/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Значок Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-pytdc/security.svg)](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pytdc?utm_source=security_passport_badge)

Значок HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pytdc?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-pytdc/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

Встраиваемая карточка

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-pytdc.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>
Академические ссылки (APA · BibTeX · CFF)

Цитата APA

K-Dense-AI. (2026). pytdc security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pytdc/audits/9

Цитата BibTeX

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-pytdc-2026, author = {K-Dense-AI}, title = {pytdc security audit report (audit version 9)}, institution = {Skillstore}, year = {2026}, number = {9}, url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pytdc/audits/9}, note = {Author version unspecified} }

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0 message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report." title: "pytdc security audit report (audit version 9)" version: "unspecified" type: report authors: - name: "K-Dense-AI" date-released: "2026-07-09" url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pytdc/audits/9" identifiers: - type: other value: "skillstore:k-dense-ai-pytdc:audit:9" description: "Skillstore immutable audit report identifier"

Сравнить варианты

2 устанавливаемых вариантов

Навык каждого автора остаётся отдельным устанавливаемым вариантом. Рекомендуемый вариант ранжируется по данным Skillstore.

Почему этот вариант первый

Больше использования в Skillstore
K-Dense-AI Рекомендуется Текущий

k-dense-ai-pytdc

Оценка Skillstore 82
Достоверность доказательств Высокий
Использование в Skillstore 18
Обновлено

2026-09-09

davila7-pytdc

Оценка Skillstore 82
Достоверность доказательств Высокий
Использование в Skillstore 17
Обновлено

2026-09-09

Оценка Skillstore

Почему такая оценка Достоверность доказательств: Высокий
68
Архитектура
85
Сопровождаемость
87
Контент
75
Сообщество
83
Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Подготовка наборов данных для ADME-моделей

Загружайте курируемые фармакокинетические наборы данных, выбирайте scaffold-разбиения и подбирайте метрики оценки для предсказания молекулярных свойств.

Benchmark-оценка терапевтических ML-моделей

Запускайте multi-seed benchmark-процессы для задач разработки лекарств и суммируйте результаты в виде среднего значения и стандартного отклонения.

Оценка сгенерированных молекул

Оценивайте молекулы-кандидаты с помощью TDC-оракулов по drug-likeness, синтетической доступности и свойствам, связанным с мишенью.

Попробуйте эти промпты

Загрузить набор данных для начинающих
Используй PyTDC, чтобы загрузить ADME-набор данных Caco2_Wang, создать scaffold split и объяснить столбцы train, validation и test.
Выбрать стратегию разбиения
Сравни random, scaffold, cold drug и cold target splits для моей задачи drug-target interaction, затем порекомендуй один вариант для реалистичной оценки.
Спланировать benchmark-запуск
Помоги мне структурировать five-seed ADMET benchmark evaluation для моей модели и перечисли метрики и сводку результатов, которые мне следует сообщить.
Спроектировать генерацию под управлением оракулов
Спроектируй рабочий процесс PyTDC, который оценивает сгенерированные молекулы с помощью оракулов QED, SA, LogP и GSK3B, а затем ранжирует кандидатов с использованием сбалансированной целевой функции.

Лучшие практики

  • Используйте scaffold или cold splits при проверке обобщения на новые химические структуры или сущности.
  • Запускайте все обязательные benchmark seeds и сообщайте среднее значение плюс стандартное отклонение.
  • Рассматривайте оценки оракулов как скрининговые сигналы и валидируйте важных кандидатов независимыми методами.

Избегать

  • Не настраивайте модели на test split и не меняйте benchmark partitions после просмотра результатов.
  • Не сравнивайте производительность random split с результатами scaffold или cold split leaderboard.
  • Не оптимизируйте одну оценку оракула, игнорируя синтетическую доступность, валидность и ограничения предметной области.

Часто задаваемые вопросы

Для чего используется PyTDC?
PyTDC предоставляет курируемые наборы данных, разбиения, метрики и benchmarks для терапевтического машинного обучения и исследований в области разработки лекарств.
Какие задачи покрывает этот навык?
Он охватывает single prediction, multi-instance prediction, molecular generation, benchmark evaluation, data utilities и oracle scoring.
Обучает ли навык модели за меня?
Нет. Он предоставляет рекомендации по рабочим процессам и примеры. Вам нужно предоставить или реализовать код обучения модели.
Когда следует использовать scaffold splits?
Используйте scaffold splits для молекулярных наборов данных, когда вам нужна более реалистичная проверка обобщения на новые химические scaffolds.
Являются ли оценки молекулярных оракулов экспериментальными результатами?
Нет. Оценки оракулов являются вычислительными оценками или benchmark-функциями. Валидируйте перспективные молекулы с помощью соответствующей экспериментальной или экспертной проверки.
Может ли Claude Code использовать этот навык с локальными скриптами?
Да. Навык включает примеры скриптов для загрузки данных, запуска benchmark evaluation и использования оракулов molecular generation.

Сведения для разработчиков

Автор

K-Dense-AI

Лицензия

MIT license

Ревизия Skillstore

r1

Примечание о версии

Автор не указал версию.

Ссылка

1ffa7643651792ccb4bd3b15d924d2c97edff755

Актуальность поддержки

18.07.2026

Использование

6 загрузок · 515 просмотров

Больше от K-Dense-AI

Показать все
📦

venue-templates

85

Подготовка материалов для академических площадок

Академические материалы часто не проходят проверку, потому что правила оформления различаются в зависимости от площадки. Этот навык предоставляет шаблоны, требования и примеры для более быстрой подготовки.

Исследования и обучение Просмотр
📦

iso-13485-certification

85

Подготовка документов для сертификации ISO 13485

Команды, работающие с медицинскими изделиями, должны подготовить полный комплект документации СМК перед сертификационными аудитами. Этот навык предоставляет шаблоны, чек-листы и рекомендации по анализу пробелов для готовности к ISO 13485.

Документация Просмотр
📦

hypothesis-generation

80

Формирование проверяемых научных гипотез

Исследователям необходимо превращать наблюдения в ясные, проверяемые объяснения. Этот навык структурирует обзор доказательств, конкурирующие гипотезы, прогнозы и планы экспериментов.

Исследования и обучение Просмотр
📦

statistical-analysis

80

Анализируйте исследовательские данные со статистической поддержкой

Выбор тестов и оформление результатов могут быть медленными и чреватыми ошибками. Этот skill помогает с выбором тестов, проверкой предпосылок, размерами эффекта, анализом мощности, байесовскими вариантами и оформлением по APA.

Данные и аналитика Просмотр
📦

scanpy

80

Анализ Single-Cell RNA-seq с помощью Scanpy

Анализ single-cell RNA-seq требует множества взаимосвязанных решений по QC, нормализации, кластеризации и построению графиков. Этот навык предоставляет Claude, Codex и Claude Code структурированные рабочие процессы Scanpy, справочные рекомендации и переиспользуемые скрипты анализа.

Данные и аналитика Просмотр
Показать все
📦

opentargets-database

81

Исследование данных Open Targets для разработки лекарственных препаратов

от davila7

Командам, занимающимся разработкой лекарственных препаратов, нужны надежные способы связывать гены, заболевания, доказательные данные и известные препараты. Этот навык помогает Claude, Codex и Claude Code выполнять запросы к Open Targets и интерпретировать доказательные данные.

Данные и аналитика Просмотр
📦

exploratory-data-analysis

85

Анализ файлов научных данных

от davila7

Файлы научных данных сложно исследовать, поскольку каждый формат по-разному хранит структуру и метаданные. Этот навык определяет форматы, оценивает качество данных и создает практические отчеты по разведочному анализу данных в формате markdown.

Данные и аналитика Просмотр
📦

senior-data-scientist

81

Проектирование экспериментов и моделей в науке о данных

от alirezarezvani

Проекты в области науки о данных часто терпят неудачу, когда эксперименты, признаки и модели не имеют четкой статистической структуры. Этот навык дает Claude, Codex и Claude Code пошаговые рабочие процессы для экспериментов, инженерии признаков и анализа моделей.

Данные и аналитика Просмотр
📦

ml-antipattern-validator

81

Проверка ML-процессов на скрытые антипаттерны

от Doyajin174

ML-проекты могут выглядеть точными, пока утечка данных или слабая оценка скрывают серьезные недостатки. Этот навык помогает проводить структурированные проверки разбиений, метрик, обучения и готовности к развертыванию.

Данные и аналитика Просмотр
📦

etetoolkit

81

Анализ филогенетических деревьев с помощью ETE

от davila7

Филогенетический анализ часто требует специализированного разбора деревьев, поиска таксономических данных и создания графических материалов. Этот навык помогает Claude, Codex и Claude Code выполнять рабочие процессы ETE для анализа и визуализации.

Данные и аналитика Просмотр