Навыки brenda-database
E

brenda-database

Низкий риск 🌐 Доступ к сети📁 Доступ к файловой системе⚡ Содержит скрипты

Запрос данных о ферментах из базы данных BRENDA

Также доступно от: davila7

Получите доступ к комплексным данным о кинетике ферментов из крупнейшей в мире базы данных ферментов. Найдите значения Km, уравнения реакций, параметры, специфичные для организмов, и данные о специфичности субстратов для биохимических исследований и метаболической инженерии.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)
📊 71 Адекватно
1

Скачать ZIP навыка

2

Загрузить в Claude

Перейдите в Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

Включите и начните использовать

Протестировать

Использование «brenda-database». Get Km values for alcohol dehydrogenase (EC 1.1.1.1) for human and yeast

Ожидаемый результат:

  • Alcohol Dehydrogenase (EC 1.1.1.1) Kinetic Data:
  •  
  • Homo sapiens:
  • - Average Km: 0.34 mM (ethanol)
  • - Optimal pH: 8.0-9.0
  • - Temperature: 25C (data points: 15)
  •  
  • Saccharomyces cerevisiae:
  • - Average Km: 1.2 mM (ethanol)
  • - Optimal pH: 7.0-8.0
  • - Temperature: 30C (data points: 8)
  •  
  • Cofactors: NAD+ required for both organisms

Аудит безопасности

Низкий риск
v4 • 1/17/2026

The brenda-database skill is a legitimate scientific tool for accessing enzyme data from the BRENDA database. All 436 static findings are false positives triggered by documentation formatting (backtick characters for code blocks), legitimate BRENDA API authentication (SHA-256 password hashing), and biochemical terminology (NAD+, ATP as cofactors, not C2 commands). The codebase performs authorized SOAP API queries to a public scientific database and exports research data. No malicious behavior, data exfiltration, or unauthorized access patterns were found.

7
Просканировано файлов
4,388
Проанализировано строк
3
находки
4
Всего аудитов

Факторы риска

🌐 Доступ к сети (1)
references/api_reference.md:10-12
📁 Доступ к файловой системе (1)
scripts/brenda_queries.py:756-766
⚡ Содержит скрипты (1)
scripts/brenda_queries.py:33-64
Проверено: claude Посмотреть историю аудитов →

Оценка качества

64
Архитектура
100
Сопровождаемость
81
Контент
21
Сообщество
90
Безопасность
74
Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Анализ кинетики ферментов

Получить значения Km и kcat для характеристики поведения ферментов и сравнения между организмами.

Проектирование метаболических путей

Найти ферменты для конкретных реакций и оптимизировать условия для построения метаболических путей.

Извлечение данных из литературы

Извлечь параметры ферментов из опубликованных данных BRENDA для вычислительного моделирования и анализа.

Попробуйте эти промпты

Базовый запрос 
Get Km values for alcohol dehydrogenase (EC 1.1.1.1) from BRENDA.
Фильтр по организму 
Find Km values for EC 1.1.1.1 in Escherichia coli and Homo sapiens.
Поиск реакций 
Find all reactions involving glucose and their enzyme EC numbers.
Построитель путей 
Find the enzymatic pathway to produce lactate from pyruvate including all required cofactors.

Лучшие практики

  • Храните учетные данные BRENDA в переменных окружения для безопасной аутентификации
  • Добавляйте задержки между вызовами API (0,5-1 секунда) для соблюдения ограничений скорости
  • Используйте конкретные номера EC и фильтры по организмам для уменьшения объема данных и улучшения времени ответа

Избегать

  • Выполнение параллельных API-запросов без задержек приведет к срабатыванию ограничения скорости
  • Использование подстановочных знаков для широких поисков без ограничения результатов может возвращать огромные наборы данных
  • Отсутствие кэширования результатов для повторных запросов тратит квоту API и замедляет производительность

Часто задаваемые вопросы

Нужна ли учетная запись BRENDA?
Да, вы должны зарегистрироваться на brenda-enzymes.org для получения учетных данных API.
Что такое номер EC?
Номера Комиссии по ферментам классифицируют ферменты (например, 1.1.1.1 для алкогольдегидрогеназы).
Что означает Km?
Константа Михаэлиса - концентрация субстрата при полумаксимальной скорости реакции.
Сколько запросов я могу сделать?
BRENDA рекомендует 1 запрос в секунду для устойчивого использования.
Какие форматы данных поддерживаются?
Экспорт в форматы CSV, JSON или Excel для последующего анализа.
Можно ли искать по организму?
Да, фильтруйте запросы по названию организма для получения данных о ферментах конкретного вида.

Сведения для разработчиков

Автор

K-Dense-AI

Лицензия

MIT

Репозиторий

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/brenda-database

Ссылка

main

Структура файлов

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 brenda_queries.py

📄 brenda_visualization.py

📄 enzyme_pathway_builder.py

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md