📦

arboreto

Name: arboreto
Author: davila7

Ревизия содержимого r2 Безопасно 🌐 Доступ к сети⚙️ Внешние команды

Инференция генных регуляторных сетей с помощью Arboreto

Командам, занимающимся транскриптомикой, нужны надежные способы выявления связей между транскрипционными факторами и их генами-мишенями. Этот навык помогает выстраивать рабочие процессы Arboreto для GRNBoost2, GENIE3 и масштабируемого выполнения в Dask.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)

🥈 81 Серебро

Maintain this Skill? Claim it 🥈 81 Серебро

Установить с помощью моего Агента

Скопируйте этот запрос в своего Агента. Он содержит каноническую страницу Skill и манифест.

Запрос агента

Review the Skillstore skill "arboreto" from https://skillstore.io/skills/davila7-arboreto.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-arboreto/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

Ваш Агент по-прежнему должен показать план и запросить все подтверждения, требуемые политикой безопасности.

Ресурсы для AI-агентов

Используйте эти ссылки, когда AI-агенту, crawler или script нужен чистый контекст вместо полной страницы.

Markdown-детали GET /skills/davila7-arboreto.md Подписанный manifest GET /api/skills/davila7-arboreto/manifest Подписанный lockfile GET /api/skills/davila7-arboreto/lockfile

Протестировать

Использование «arboreto». Пользователь спрашивает, как вывести регуляторную сеть из матрицы экспрессии single-cell.

Ожидаемый результат:

Краткий рабочий процесс, охватывающий форму входных данных, варианты списка TF, выполнение GRNBoost2, выбор seed и интерпретацию результатов.

Использование «arboreto». Исследователь спрашивает, использовать ли GRNBoost2 или GENIE3.

Ожидаемый результат:

Сравнение, которое рекомендует GRNBoost2 для более крупных наборов данных и GENIE3 для сравнительных или валидационных исследований.

Использование «arboreto». Инженеру нужно запустить Arboreto на вычислительном кластере.

Ожидаемый результат:

План настройки Dask с рекомендациями по подключению к scheduler, конфигурации workers, мониторингу и шагам очистки.

Аудит безопасности

Безопасно

v9 • 23.07.2026 Открыть версионный отчет

All 43 static findings are false positives caused by Markdown code fences, inline code, private example addresses, and ordinary Dask configuration guidance. No malicious commands, reconnaissance behavior, data exfiltration intent, or prompt injection was found.

Просканировано файлов

870

Проанализировано строк

Пункты проверки

Ложные срабатывания проигнорированы

Факторы риска

🌐 Доступ к сети (4)

references/distributed_computing.md:162 references/distributed_computing.md:109 references/distributed_computing.md:114 references/distributed_computing.md:124

⚙️ Внешние команды (36)

Последний завершенный статический и семантический аудит не обнаружил подтвержденных проблем безопасности. Это не доказывает отсутствие побочных эффектов у навыка.

Аудитор:: codex Посмотреть историю аудитов →

Поделиться и цитировать этот отчет

Делитесь версионным отчетом об оценке, нейтральным значком, встраиваемой карточкой и цитатами. Skillstore публикует доказательства, не решая, безопасен ли этот Skill.

Открыть версионный отчет

Копировать ссылку на отчёт

https://skillstore.io/skills/davila7-arboreto/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Значок Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-arboreto/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-arboreto?utm_source=security_passport_badge)

Значок HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-arboreto?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-arboreto/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

Встраиваемая карточка

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-arboreto.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

Академические ссылки (APA · BibTeX · CFF)

Цитата APA

davila7. (2026). arboreto security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-arboreto/audits/9

Цитата BibTeX

@techreport{davila7-davila7-arboreto-2026,
  author = {davila7},
  title = {arboreto security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-arboreto/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "arboreto security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-arboreto/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-arboreto:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

Сравнить варианты

2 устанавливаемых вариантов

Навык каждого автора остаётся отдельным устанавливаемым вариантом. Рекомендуемый вариант ранжируется по данным Skillstore.

Почему этот вариант первый

Самая высокая оценка Skillstore

Автор / источник Оценка Skillstore Достоверность доказательств Использование в Skillstore Обновлено

davila7 Рекомендуется Текущий

davila7-arboreto

Оценка Skillstore 81

Достоверность доказательств Высокий

Использование в Skillstore 12

Обновлено

2026-09-09

K-Dense-AI

k-dense-ai-arboreto

Оценка Skillstore 74

Достоверность доказательств Высокий

Использование в Skillstore 19

Обновлено

2026-09-09

Оценка Skillstore

Почему такая оценка Достоверность доказательств: Высокий

Архитектура

Сопровождаемость

Контент

Сообщество

Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Запустить первичную инференцию GRN

Подготовить матрицу экспрессии, выбрать GRNBoost2 и получить ранжированную сеть целей TF.

Сравнить алгоритмы инференции

Выбрать GRNBoost2 или GENIE3 на основе размера набора данных, требований ко времени выполнения и целей валидации.

Масштабировать анализ в Dask

Спланировать локальное или кластерное выполнение для инференции регуляторных сетей по крупным данным single-cell RNA-seq.

Попробуйте эти промпты

Подготовить мои входные данные

Помоги мне проверить, готова ли моя матрица экспрессии для Arboreto. Объясни требуемые строки, столбцы и формат файла.

Запустить рабочий процесс GRNBoost2

Создай пошаговый рабочий процесс Arboreto GRNBoost2 для моего TSV-файла экспрессии и необязательного списка транскрипционных факторов.

Выбрать алгоритм

Сравни GRNBoost2 и GENIE3 для моего набора данных транскриптомики. Порекомендуй один из них с учетом масштаба, скорости и потребностей в валидации.

Спроектировать распределенный запуск

Спланируй распределенный запуск Arboreto с Dask для крупного набора данных single-cell RNA-seq. Включи настройки ресурсов и проверки воспроизводимости.

Лучшие практики

Используйте имена генов как столбцы, а наблюдения как строки перед запуском инференции.
Задавайте random seed, когда результаты должны быть воспроизводимыми.
Начинайте с GRNBoost2, затем используйте GENIE3, когда это требуется для валидации или сравнения.

Избегать

Не рассматривайте высокие значения importance как прямое доказательство биологической причинности.
Не запускайте крупные наборы данных без проверки памяти и лимитов Dask workers.
Не пропускайте фильтрацию транскрипционных факторов, когда доступен курируемый список TF.