Habilidades reactome-database
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reactome-database

Seguro ⚡ Contiene scripts🌐 Acceso a red

Consultar la base de datos de rutas de Reactome

También disponible en: davila7

Analiza rutas biológicas y listas de genes usando la base de datos Reactome. Realiza análisis de enriquecimiento de rutas, mapea genes a rutas y explora interacciones moleculares para investigación en biología de sistemas.

Soporta: Claude Codex Code(CC)
🥉 76 Bronce
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3

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Pruébalo

Usando "reactome-database". Analyze genes for pathway enrichment: TP53, BRCA1, EGFR

Resultado esperado:

  • Resultados del análisis:
  • • 3 genes enviados
  • • Token: XXXXXX (válido 7 días)
  • • Ruta principal: Cell Cycle, Mitotic (R-HSA-69278)
  • • p-value: 0.000023, FDR: 0.00156
  • • Ver en navegador: https://reactome.org/PathwayBrowser/...

Usando "reactome-database". Query pathway R-HSA-69278

Resultado esperado:

  • Ruta: Cell Cycle, Mitotic
  • • ID: R-HSA-69278
  • • Tipo: Pathway
  • • Especie: Homo sapiens
  • • Descripción: Cell division cycle consisting of interphase and mitotic phases...

Usando "reactome-database". Search for apoptosis pathways

Resultado esperado:

  • Resultados de búsqueda para 'apoptosis':
  • • R-HSA-109606: Extrinsic Pathway of Apoptosis
  • • R-HSA-111885: Intrinsic Pathway of Apoptosis
  • • R-HSA-1234154: Regulation of Apoptosis
  • • R-HSA-1388673: Apoptotic Nuclear Fragmentation

Auditoría de seguridad

Seguro
v4 • 1/17/2026

Legitimate bioinformatics skill querying Reactome pathway database. All 217 static findings are false positives: markdown backticks misidentified as shell commands, HTTP calls to known scientific API (reactome.org) are standard data retrieval, and documentation references flagged as crypto issues are harmless text. No malicious patterns confirmed.

4
Archivos escaneados
1,257
Líneas analizadas
2
hallazgos
4
Auditorías totales

Factores de riesgo

⚡ Contiene scripts (1)
scripts/reactome_query.py:1-287
🌐 Acceso a red (1)
scripts/reactome_query.py:31-32
Auditado por: claude Ver historial de auditorías →

Puntuación de calidad

64
Arquitectura
100
Mantenibilidad
85
Contenido
30
Comunidad
100
Seguridad
83
Cumplimiento de la especificación

Lo que puedes crear

Análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes

Envía listas de genes de RNA-seq o proteómica para identificar rutas biológicas enriquecidas

Mapeo de rutas entre especies

Mapea genes de ratón u otros organismos modelo a rutas humanas para análisis comparativos

Exploración de rutas

Consulta rutas específicas para comprender mecanismos moleculares y asociaciones con enfermedades

Prueba estos prompts

Consulta básica de rutas 
Query the Reactome database for pathway R-HSA-69278 and show me the pathway name, species, and description
Enriquecimiento de genes 
Analyze these genes for pathway enrichment: TP53, BRCA1, EGFR, MYC, CDK1. Show significant pathways with FDR values
Búsqueda de rutas 
Search Reactome for pathways related to apoptosis and show me the top 10 results with their pathway IDs
Búsqueda de entidades 
List all participating proteins and molecules in the Cell Cycle pathway (R-HSA-69278)

Mejores prácticas

  • Guarda los tokens de análisis para recuperar resultados más tarde sin volver a enviar los genes
  • Filtra resultados por umbral de FDR (por defecto 0.05) para centrarte en rutas significativas
  • Usa el endpoint de proyección para especies no humanas y mapear genes a rutas humanas

Evitar

  • Enviar genes uno a uno en lugar de un envío por lotes
  • Ignorar la validez de 7 días del token para recuperar resultados
  • No comprobar la compatibilidad de especies al analizar datos entre especies

Preguntas frecuentes

¿Qué formatos de identificadores acepta Reactome?
Accesiones UniProt, símbolos de genes, IDs de Ensembl, IDs de EntrezGene, ChEBI para moléculas pequeñas.
¿Cuánto tiempo son válidos los tokens de análisis?
Los tokens de análisis son válidos por 7 días. Guárdalos para recuperar resultados sin reenviar.
¿Puedo analizar genes no humanos?
Sí, usa el endpoint de proyección para mapear ratón, rata u otras especies a rutas humanas.
¿Cuál es el formato de salida?
JSON con rutas, p-values, FDR, recuentos de entidades y tokens para visualización en el navegador.
¿Esta habilidad funciona sin conexión?
No, esta habilidad requiere acceso a internet para consultar la API REST de Reactome.
¿Cuántas rutas hay en Reactome?
Reactome contiene 2,825+ rutas humanas con 16,000+ reacciones y 11,000+ proteínas.

Detalles del desarrollador

Licencia

MIT

Repositorio

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/reactome-database

Ref.

main

Estructura de archivos

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 reactome_query.py

📄 SKILL.md