reactome-database
Consultar vías de Reactome y realizar análisis de enriquecimiento
也可從以下取得: K-Dense-AI
Investigar vías biológicas requiere buscar en múltiples bases de datos y realizar análisis estadísticos. Esta habilidad proporciona acceso directo a la API REST de la base de datos Reactome para análisis de enriquecimiento de vías, mapeo gen-vía y consultas de interacciones moleculares.
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開啟並開始使用
測試它
正在使用「reactome-database」。 Analyze these genes: TP53, BRCA1, EGFR, MYC
預期結果:
- Pathway: Cell Cycle, Mitotic (R-HSA-69278)
- Found: 15/450 entities, p-value: 0.000023, FDR: 0.00156
- Pathway: DNA Damage Response (R-HSA-69594)
- Found: 8/120 entities, p-value: 0.00045, FDR: 0.0182
- View results: https://reactome.org/PathwayBrowser#R-HSA-69278&DTAB=AN&ANALYSIS=...
正在使用「reactome-database」。 Search for pathways related to apoptosis
預期結果:
- R-HSA-109581: Apoptosis (Human)
- R-HSA-937041: Intrinsic Pathway for Apoptosis
- R-HSA-75153: Extrinsic Pathway for Apoptosis
- R-HSA-418457: Regulation of Apoptosis
安全審計
低風險Legitimate bioinformatics skill for querying Reactome pathway database. Network access is limited to official Reactome API endpoints (reactome.org). Filesystem access is restricted to user-specified gene list files and result outputs only. No credential or environment variable access. Static scanner detected documentation examples as code execution (false positives).
風險因素
品質評分
你能建構什麼
Identificar vías enriquecidas
Enviar listas de genes de experimentos de expresión diferencial para encontrar vías biológicas significativamente enriquecidas.
Análisis entre especies
Mapear identificadores de genes no humanos a vías humanas usando proyección de especies para estudios comparativos.
Visualización de vías
Generar URLs de navegador con tokens de análisis para visualizar resultados en la interfaz Reactome Pathway Browser.
試試這些提示
Use the reactome-database skill to query pathway R-HSA-69278 and show its description, species, and participating entities.
Perform pathway enrichment analysis on these genes: TP53, BRCA1, EGFR, MYC, CDK1. Show significant pathways with FDR values.
Search Reactome for pathways related to glycolysis. List the top 5 results with their identifiers and descriptions.
Analyze gene expression data from my TSV file. Which pathways are significantly enriched (FDR < 0.05)?
最佳實務
- Enviar listas de genes como archivos de texto plano con un identificador por línea para un procesamiento confiable
- Guardar tokens de análisis para recuperar resultados más tarde sin volver a enviar listas de genes
- Filtrar resultados por FDR < 0.05 para enfocarse en vías estadísticamente significativas
避免
- Enviar identificadores uno a la vez en lugar de agruparlos juntos
- Ignorar diferencias entre especies al analizar listas de genes no humanos
- No verificar fallos de mapeo cuando los identificadores no se encuentran en Reactome