bioservices
Analizar datos bioinformáticos con BioServices
El trabajo bioinformático a menudo requiere consultas repetidas en bases de datos públicas desconectadas. Esta skill guía a Claude, Codex y Claude Code a través de flujos de trabajo de BioServices para proteínas, rutas, compuestos e identificadores.
Instalar con mi Agente
Copia esta solicitud en tu Agente. Incluye la página canónica del Skill y el manifiesto.
Review the Skillstore skill "bioservices" from https://skillstore.io/skills/davila7-bioservices.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-bioservices/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.Tu Agente debe seguir mostrando su plan y solicitar cualquier confirmación exigida por la política de seguridad.
Recursos legibles por agentes
Usa estos enlaces cuando un agente de IA, crawler o script necesite contexto limpio en vez de leer la página completa.
Pruébalo
Usando "bioservices". Analyze ZAP70_HUMAN with protein, pathway, and GO workflows.
Resultado esperado:
El resultado identifica la entrada de UniProt, informa la disponibilidad de la secuencia, enumera las rutas de KEGG coincidentes y agrupa los términos GO por proceso biológico, función molecular y componente celular.
Usando "bioservices". Convert a text file of UniProt accessions to KEGG identifiers.
Resultado esperado:
El resultado describe las bases de datos de origen y destino, el total de identificadores procesados, los mapeos exitosos, los mapeos fallidos y las columnas CSV guardadas para revisión.
Usando "bioservices". Find cross-database identifiers for Geldanamycin.
Resultado esperado:
El resultado resume el compuesto de KEGG seleccionado, el identificador de ChEBI, el identificador de ChEMBL, las propiedades moleculares y cualquier referencia de ruta relacionada.
Auditoría de seguridad
SeguroAll 138 static findings are false positives caused by Markdown formatting, biological identifiers, harmless prose, and documented result exports. No dynamic execution, system reconnaissance, prompt injection, or malicious network intent was found. The workflows intentionally contact public biological services and may write user-selected output files.
Factores de riesgo
⚡ Contiene scripts (2)
📁 Acceso al sistema de archivos (10)
⚙️ Comandos externos (50)
🌐 Acceso a red (2)
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https://skillstore.io/skills/davila7-bioservices/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_reportInsignia Markdown
[](https://skillstore.io/skills/davila7-bioservices?utm_source=security_passport_badge)Insignia HTML
<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-bioservices?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-bioservices/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>Tarjeta para insertar
<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-bioservices.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>Citas académicas (APA · BibTeX · CFF)
Cita APA
davila7. (2026). bioservices security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-bioservices/audits/9Cita BibTeX
@techreport{davila7-davila7-bioservices-2026,
author = {davila7},
title = {bioservices security audit report (audit version 9)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {9},
url = {https://skillstore.io/skills/davila7-bioservices/audits/9},
note = {Author version unspecified}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "bioservices security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
- name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-bioservices/audits/9"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:davila7-bioservices:audit:9"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
Comparar variantes
2 variantes instalablesCada autor sigue siendo un skill instalable independiente. La variante recomendada se ordena según la evidencia de Skillstore.
Por qué esta variante es la primera
davila7-bioservices
2026-09-09
k-dense-ai-bioservices
2026-09-09
Puntuación de Skillstore
Por qué esta puntuación Confianza de la evidencia: AltoLo que puedes crear
Caracterizar una proteína
Encontrar una entrada de UniProt, recuperar datos de secuencia, mapear rutas y recopilar anotaciones GO para una proteína.
Mapear identificadores de investigación
Convertir lotes de identificadores de UniProt, KEGG, Ensembl, RefSeq, PDB y GO en IDs de bases de datos de destino.
Cruzar compuestos
Buscar un compuesto por nombre y recopilar información de KEGG, ChEBI, ChEMBL, fórmula, masa y rutas.
Prueba estos prompts
Use the BioServices skill to look up [protein name or UniProt ID]. Return the UniProt ID, gene name, organism, sequence availability, and key annotations.
Use the batch identifier workflow to convert my [source database] IDs to [target database]. Explain input format, chunk size, output columns, and failure handling.
Use the KEGG pathway workflow for organism code [organism code]. Summarize pathway counts, interaction types, export files, and rate-limit precautions.
Design a BioServices workflow that starts with [protein, gene, or compound], maps related database IDs, retrieves annotations, and lists validation checks before saving results.
Mejores prácticas
- Usar filtros de organismo al buscar símbolos génicos para reducir coincidencias ambiguas.
- Añadir retrasos y dividir lotes grandes en fragmentos para respetar los límites de las bases de datos públicas.
- Revisar los requisitos externos de intercambio de datos antes de enviar secuencias o correos electrónicos.
Evitar
- No enviar secuencias propietarias a BLAST sin aprobación explícita.
- No asumir que la primera coincidencia de la base de datos es correcta para nombres ambiguos.
- No sobrescribir archivos importantes con nombres de salida predeterminados.
Preguntas frecuentes
¿Qué es BioServices?
¿Qué bases de datos cubre esta skill?
¿Ejecuta el análisis solo localmente?
¿Puedo usarla con Claude Code y Codex?
¿Puede convertir muchos identificadores a la vez?
¿BLAST es opcional?
Detalles del desarrollador
Autor
davila7Licencia
MIT
Revisión de Skillstore
r2
Aviso de versión
El autor no declaró una versión.
Repositorio
https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/bioservicesRef.
c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f
Actualidad del mantenimiento
26/7/2026
Uso
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Estructura de archivos