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pymatgen

Name: pymatgen
Author: K-Dense-AI

Seguro ⚡ Contiene scripts⚙️ Comandos externos📁 Acceso al sistema de archivos🌐 Acceso a red🔑 Variables de entorno

Analiza estructuras cristalinas con pymatgen

También disponible en: davila7

Trabaja con estructuras cristalinas y datos de materiales. Convierte formatos de archivo, calcula diagramas de fase, analiza la simetría y accede a la base de datos de Materials Project para investigación en ciencia de materiales computacional.

Soporta: Claude Codex Code(CC)

🥉 75 Bronce

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Ve a Configuración → Capacidades → Skills → Subir skill

Activa y empieza a usar

Pruébalo

Usando "pymatgen". Read structure from POSCAR and show its properties

Resultado esperado:

Formula: Fe2O3 (hematite)
Lattice: a=5.04 Å, b=5.04 Å, c=13.77 Å
Space group: R-3c (#167)
Crystal system: trigonal
Density: 5.27 g/cm³
Number of sites: 10

Usando "pymatgen". Convert CIF to POSCAR format

Resultado esperado:

Successfully converted structure.cif to converted.POSCAR
Structure contains 10 atoms (Fe4 O6)
Format: POSCAR (VASP format)

Usando "pymatgen". Query Materials Project for perovskites

Resultado esperado:

Found 23 stable perovskite structures
Example: SrTiO3 (mp-5229) - band gap 3.2 eV
Example: BaTiO3 (mp-2987) - band gap 2.8 eV
Energy above hull: all < 0.01 eV/atom

Auditoría de seguridad

Seguro

v4 • 1/17/2026

All 537 static findings are false positives. The static analyzer incorrectly flagged markdown documentation syntax (code blocks, inline code formatting) as shell commands and cryptographic terms in documentation text as weak algorithms. The actual Python code uses secure patterns for API key management (environment variables) and performs legitimate materials science file I/O operations. No malicious code, data exfiltration, or security risks found.

Archivos escaneados

4,081

Líneas analizadas

hallazgos

Auditorías totales

Factores de riesgo

⚡ Contiene scripts (6)

references/analysis_modules.md:139-144 references/io_formats.md:185-188 references/io_formats.md:400-403 references/transformations_workflows.md:212-215 references/transformations_workflows.md:434-437 SKILL.md:122-126

⚙️ Comandos externos (447)

📁 Acceso al sistema de archivos (10)

references/core_classes.md:269 references/io_formats.md:115 references/io_formats.md:122 references/materials_project_api.md:29 references/materials_project_api.md:29 references/materials_project_api.md:29 references/materials_project_api.md:29 references/materials_project_api.md:414 scripts/structure_analyzer.py:251 scripts/structure_analyzer.py:258

🌐 Acceso a red (14)

references/materials_project_api.md:19 references/materials_project_api.md:504 references/materials_project_api.md:505 references/materials_project_api.md:506 references/materials_project_api.md:507 scripts/phase_diagram_generator.py:42 skill-report.json:6 skill-report.json:207 SKILL.md:370 SKILL.md:675 SKILL.md:676 SKILL.md:677 SKILL.md:678 SKILL.md:679

🔑 Variables de entorno (23)

Auditado por: claude Ver historial de auditorías →

Puntuación de calidad

Arquitectura

100

Mantenibilidad

Contenido

Comunidad

100

Seguridad

Cumplimiento de la especificación

Lo que puedes crear

Investigar compuestos estables

Construye diagramas de fase e identifica materiales estables usando datos de la base de datos de Materials Project.

Convertir formatos de estructura

Convierte archivos de estructuras cristalinas entre CIF, POSCAR, XYZ y otros formatos para diferentes códigos de simulación.

Analizar la simetría cristalina

Determina grupos espaciales, operaciones de simetría y entornos de coordinación a partir de archivos de estructura.

Prueba estos prompts

Leer archivo de estructura

Lee la estructura del archivo 'POSCAR' y muestra su composición, parámetros de red y grupo espacial.

Convertir formato

Convierte 'structure.cif' a formato POSCAR y guarda como 'converted.POSCAR'.

Diagrama de fase

Construye un diagrama de fase para el sistema Li-Fe-O e identifica compuestos estables.

Materials Project

Busca en Materials Project estructuras perovskitas estables con band gap entre 1.5 y 3.0 eV.

Mejores prácticas

Usa siempre variables de entorno (MP_API_KEY) para credenciales de API, nunca claves codificadas
Valida las estructuras después de leerlas para comprobar átomos superpuestos o longitudes de enlace irreales
Usa SpacegroupAnalyzer para reducir estructuras a celdas primitivas antes del análisis

Evitar

No codifiques claves de API en scripts: usa variables de entorno en su lugar
No omitas el análisis de simetría al comparar estructuras: distintos grupos espaciales pueden parecer similares
No asumas que la detección automática de formato siempre funciona: especifica el formato cuando tengas dudas

Preguntas frecuentes

¿Qué formatos de archivo admite pymatgen?

Pymatgen admite más de 100 formatos, incluidos CIF, POSCAR, XYZ, PDB, JSON, YAML, y entradas/salidas para VASP, Gaussian, Quantum ESPRESSO, LAMMPS y más.

¿Cómo obtengo una clave de API de Materials Project?

Crea una cuenta en https://next-gen.materialsproject.org/ y genera una clave de API desde tu panel. Configúrala como la variable de entorno MP_API_KEY.

¿Puede pymatgen analizar trayectorias de dinámica molecular?

Sí, usa Xdatcar para leer trayectorias de MD de VASP y DiffusionAnalyzer para calcular difusividad y conductividad a partir de datos AIMD.

¿Cómo genero una supercelda?

Usa SupercellTransformation con una matriz de escalado, por ejemplo: [[2,0,0],[0,2,0],[0,0,2]] para una supercelda 2x2x2.

¿Pymatgen funciona con otros códigos de simulación?

Sí, pymatgen se integra con VASP, Gaussian, Quantum ESPRESSO, LAMMPS, CP2K, ABINIT y puede convertir a/desde el formato ASE.

¿Cómo analizo los entornos de coordinación?

Usa CrystalNN de pymatgen.analysis.local_env para casos generales, o VoronoiNN para la búsqueda de vecinos basada en Voronoi.