技能 pymatgen
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pymatgen
安全 ⚡
包含腳本⚙️
外部命令📁
檔案系統存取🌐
網路存取🔑
環境變數
Analiza estructuras cristalinas con pymatgen
也可從以下取得: davila7
Trabaja con estructuras cristalinas y datos de materiales. Convierte formatos de archivo, calcula diagramas de fase, analiza la simetría y accede a la base de datos de Materials Project para investigación en ciencia de materiales computacional.
支援: Claude Codex Code(CC)
1
下載技能 ZIP
2
在 Claude 中上傳
前往 設定 → 功能 → 技能 → 上傳技能
3
開啟並開始使用
測試它
正在使用「pymatgen」。 Read structure from POSCAR and show its properties
預期結果:
- Formula: Fe2O3 (hematite)
- Lattice: a=5.04 Å, b=5.04 Å, c=13.77 Å
- Space group: R-3c (#167)
- Crystal system: trigonal
- Density: 5.27 g/cm³
- Number of sites: 10
正在使用「pymatgen」。 Convert CIF to POSCAR format
預期結果:
- Successfully converted structure.cif to converted.POSCAR
- Structure contains 10 atoms (Fe4 O6)
- Format: POSCAR (VASP format)
正在使用「pymatgen」。 Query Materials Project for perovskites
預期結果:
- Found 23 stable perovskite structures
- Example: SrTiO3 (mp-5229) - band gap 3.2 eV
- Example: BaTiO3 (mp-2987) - band gap 2.8 eV
- Energy above hull: all < 0.01 eV/atom
安全審計
安全v4 • 1/17/2026
All 537 static findings are false positives. The static analyzer incorrectly flagged markdown documentation syntax (code blocks, inline code formatting) as shell commands and cryptographic terms in documentation text as weak algorithms. The actual Python code uses secure patterns for API key management (environment variables) and performs legitimate materials science file I/O operations. No malicious code, data exfiltration, or security risks found.
10
已掃描檔案
4,081
分析行數
5
發現項
4
審計總數
風險因素
⚡ 包含腳本 (6)
⚙️ 外部命令 (447)
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📁 檔案系統存取 (10)
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🌐 網路存取 (14)
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🔑 環境變數 (23)
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審計者: claude 查看審計歷史 →
品質評分
68
架構
100
可維護性
85
內容
21
社群
100
安全
78
規範符合性
你能建構什麼
Investigar compuestos estables
Construye diagramas de fase e identifica materiales estables usando datos de la base de datos de Materials Project.
Convertir formatos de estructura
Convierte archivos de estructuras cristalinas entre CIF, POSCAR, XYZ y otros formatos para diferentes códigos de simulación.
Analizar la simetría cristalina
Determina grupos espaciales, operaciones de simetría y entornos de coordinación a partir de archivos de estructura.
試試這些提示
Leer archivo de estructura
Lee la estructura del archivo 'POSCAR' y muestra su composición, parámetros de red y grupo espacial.
Convertir formato
Convierte 'structure.cif' a formato POSCAR y guarda como 'converted.POSCAR'.
Diagrama de fase
Construye un diagrama de fase para el sistema Li-Fe-O e identifica compuestos estables.
Materials Project
Busca en Materials Project estructuras perovskitas estables con band gap entre 1.5 y 3.0 eV.
最佳實務
- Usa siempre variables de entorno (MP_API_KEY) para credenciales de API, nunca claves codificadas
- Valida las estructuras después de leerlas para comprobar átomos superpuestos o longitudes de enlace irreales
- Usa SpacegroupAnalyzer para reducir estructuras a celdas primitivas antes del análisis
避免
- No codifiques claves de API en scripts: usa variables de entorno en su lugar
- No omitas el análisis de simetría al comparar estructuras: distintos grupos espaciales pueden parecer similares
- No asumas que la detección automática de formato siempre funciona: especifica el formato cuando tengas dudas
常見問題
¿Qué formatos de archivo admite pymatgen?
Pymatgen admite más de 100 formatos, incluidos CIF, POSCAR, XYZ, PDB, JSON, YAML, y entradas/salidas para VASP, Gaussian, Quantum ESPRESSO, LAMMPS y más.
¿Cómo obtengo una clave de API de Materials Project?
Crea una cuenta en https://next-gen.materialsproject.org/ y genera una clave de API desde tu panel. Configúrala como la variable de entorno MP_API_KEY.
¿Puede pymatgen analizar trayectorias de dinámica molecular?
Sí, usa Xdatcar para leer trayectorias de MD de VASP y DiffusionAnalyzer para calcular difusividad y conductividad a partir de datos AIMD.
¿Cómo genero una supercelda?
Usa SupercellTransformation con una matriz de escalado, por ejemplo: [[2,0,0],[0,2,0],[0,0,2]] para una supercelda 2x2x2.
¿Pymatgen funciona con otros códigos de simulación?
Sí, pymatgen se integra con VASP, Gaussian, Quantum ESPRESSO, LAMMPS, CP2K, ABINIT y puede convertir a/desde el formato ASE.
¿Cómo analizo los entornos de coordinación?
Usa CrystalNN de pymatgen.analysis.local_env para casos generales, o VoronoiNN para la búsqueda de vecinos basada en Voronoi.