المهارات metabolomics-workbench-database
🧬

metabolomics-workbench-database

آمن 🌐 الوصول إلى الشبكة⚙️ الأوامر الخارجية📁 الوصول إلى نظام الملفات

الاستعلام عن قاعدة بيانات Metabolomics Workbench

متاح أيضًا من: davila7

ابحث واسترجع بيانات الميتابولوميكس من قاعدة بيانات NIH Metabolomics Workbench التي تضم أكثر من 4,200 دراسة. يمكنك الوصول إلى بنى المستقلبات وبيانات الدراسة الوصفية وتسمية RefMet وإجراء عمليات بحث مطيافية الكتلة.

يدعم: Claude Codex Code(CC)
📊 69 كافٍ
1

تنزيل ZIP المهارة

2

رفع في Claude

اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

فعّل وابدأ الاستخدام

اختبرها

استخدام "metabolomics-workbench-database". Find all studies containing tyrosine

النتيجة المتوقعة:

  • Found 47 studies containing tyrosine:
  • ST000001 - Comprehensive metabolomics analysis of amino acid metabolism
  • ST000015 - Tyrosine metabolic pathways in liver tissue
  • ST000042 - Serum amino acid profiling in metabolic disorders
  • Study summary: The Metabolomics Workbench contains 47 studies measuring tyrosine across various tissues, species, and disease states.

استخدام "metabolomics-workbench-database". Search for compounds with m/z 180.06 using M+H adduct

النتيجة المتوقعة:

  • Top matches for m/z 180.06 (M+H, 0.5 Da tolerance):
  • Registry 11: Glucose (C6H12O6) - exact mass 179.058
  • Registry 156: Fructose (C6H12O6) - exact mass 179.058
  • Registry 203: Mannose (C6H12O6) - exact mass 179.058
  • Note: These monosaccharides share the same molecular formula

التدقيق الأمني

آمن
v4 • 1/17/2026

All 344 static findings are FALSE POSITIVES. The analyzer misidentified markdown documentation code blocks as shell commands, mass spectrometry ion adduct notation (M+H, M-H) as weak cryptographic algorithms, and legitimate database API calls as suspicious network activity. This is a documentation-only skill for the NIH Metabolomics Workbench - a legitimate scientific research database. No executable code exists.

4
الملفات التي تم فحصها
2,651
الأسطر التي تم تحليلها
3
النتائج
4
إجمالي عمليات التدقيق

عوامل الخطر

🌐 الوصول إلى الشبكة (2)
SKILL.md:36-220 references/api_reference.md:1-495
⚙️ الأوامر الخارجية (2)
SKILL.md:32-229 references/api_reference.md:6-466
📁 الوصول إلى نظام الملفات (1)
references/api_reference.md:492-494
تم تدقيقه بواسطة: claude عرض سجل التدقيق →

درجة الجودة

41
الهندسة المعمارية
100
قابلية الصيانة
87
المحتوى
20
المجتمع
100
الأمان
83
الامتثال للمواصفات

ماذا يمكنك بناءه

العثور على دراسات لمستقلب

ابحث في جميع دراسات الميتابولوميكس التي تحتوي على قياسات لمستقلب محدد مثل الغلوكوز أو السيترات.

تحديد المركبات من بيانات MS

أدخل قيم m/z من مطيافية الكتلة لتحديد المرشحين المحتملين من المستقلبات المطابقة لبياناتك.

تصفية الدراسات حسب المرض

اعثر على دراسات الميتابولوميكس لأمراض محددة مثل السكري أو السرطان باستخدام منصات تحليلية محددة.

جرّب هذه الموجهات

البحث عن دراسات المستقلبات 
Find all studies in the Metabolomics Workbench that contain measurements of [metabolite_name]. Return study IDs and brief descriptions.
تحديد مركب من m/z 
Search the Metabolomics Workbench for compounds matching m/z [value] with [M+H] adduct and 0.5 Da tolerance. List the top matches.
توحيد اسم المستقلب 
Use RefMet to standardize the metabolite name [common_name]. Return the standardized name and classification hierarchy.
التصفية حسب المرض والمنصة 
Find human blood metabolomics studies on [disease_name] using [LCMS or GCMS or NMR] analytical method.

أفضل الممارسات

  • استخدم RefMet لتوحيد أسماء المستقلبات قبل البحث عن الدراسات لضمان نتائج متسقة
  • اضبط حد الكتلة المناسب بناءً على دقة الجهاز لديك (0.5 Da للأجهزة منخفضة الدقة، 0.01 Da لـ MS عالية الدقة)
  • Cache Ref making many queries toMet database locally when reduce API calls

تجنب

  • قد يؤدي البحث عن المستقلبات دون استخدام توحيد RefMet إلى تفويت دراسات ذات صلة
  • استخدام حد كتلي مفرط يعيد عددًا كبيرًا من التطابقات الإيجابية الكاذبة
  • إجراء طلبات متسلسلة بسرعة دون تأخير قد يؤدي إلى تقييد المعدل

الأسئلة المتكررة

ما هو Metabolomics Workbench؟
مستودع ممول من NIH Common Fund في UCSD يستضيف أكثر من 4,200 دراسة ميتابولوميكس ببيانات موحدة.
ما هو RefMet؟
قاعدة بيانات لتسمية المستقلبات المعيارية مع تصنيف هرمي من الفئة العامة إلى المركب المحدد.
ما الأيونات المترافقة التي يجب أن أستخدمها؟
M+H لوضع ESI الموجب، و M-H لوضع ESI السالب. استخدم M+Na إذا كانت أيونات الصوديوم المترافقة شائعة في عيناتك.
كيف أنزل بنى المستقلبات؟
استخدم سياق المركب مع تنسيق إخراج PNG لتنزيل صور البنية، أو MOL لملفات التنسيق الجزيئي.
ما معلمات الدراسة التي يمكنني التصفية بها؟
قم بالتصفية حسب نوع التحليل والقطبية والكروماتوغرافيا والنوع ومصدر العينة والمرض والمستقلبات المحددة عبر MetStat.
هل تتطلب هذه المهارة مصادقة API؟
لا، إن واجهة NIH Metabolomics Workbench REST API متاحة مجانًا دون مصادقة للبيانات العامة.

تفاصيل المطور

المؤلف

K-Dense-AI

الترخيص

MIT

المستودع

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/metabolomics-workbench-database

مرجع

main

بنية الملفات

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md