📦

matchms

Name: matchms
Author: davila7

مراجعة المحتوى r2 مخاطر عالية ⚡ يحتوي على سكربتات📁 الوصول إلى نظام الملفات⚙️ الأوامر الخارجية

تحليل بيانات قياس الطيف الكتلي باستخدام matchms

يمكن أن يصبح تحليل قياس الطيف الكتلي غير متسق عبر عمليات الاستيراد والمرشحات وتسجيل التشابه. توفر هذه المهارة إرشادات مركزة حول matchms لسير عمل قابل لإعادة الإنتاج في علم الأيض.

يدعم: Claude Codex Code(CC)

⚠️ 38 ضعيف

توقف واطلب التأكيد قبل التثبيت.

راجع الخطة واحصل على موافقة صريحة من المستخدم قبل تغيير الملفات.

التثبيت باستخدام Agent لدي

انسخ هذا الطلب إلى Agent لديك. يتضمن صفحة Skill المعتمدة وملف manifest.

طلب الوكيل

Review the Skillstore skill "matchms" from https://skillstore.io/skills/davila7-matchms.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-matchms/manifest. Verify the artifact. Stop and obtain explicit user consent before installing or changing files.

يجب أن يواصل Agent عرض خطته وطلب أي تأكيد تفرضه سياسة الأمان.

موارد مهيّأة لـ Agents

استخدم هذه الروابط عندما يحتاج AI Agent أو crawler أو script إلى سياق نظيف بدلًا من قراءة الصفحة كاملة.

تفاصيل Markdown GET /skills/davila7-matchms.md manifest موقَّع GET /api/skills/davila7-matchms/manifest lockfile موقَّع GET /api/skills/davila7-matchms/lockfile

اختبرها

جارٍ استخدام "matchms". يسأل باحث عن كيفية مقارنة أطياف مجهولة بمكتبة MGF.

النتيجة المتوقعة:

سير العمل الموصى به: تحميل أطياف الاستعلام والمراجع، وتطبيق المرشحات الافتراضية، وتطبيع الشدات، والتقييم باستخدام ModifiedCosine.
النتيجة المتوقعة: قائمة مطابقات مرتبة تتضمن درجات التشابه، وعدد القمم المتطابقة، وملاحظات المراجعة.

جارٍ استخدام "matchms". يحتاج كيميائي إلى تنظيف أطياف منخفضة الجودة قبل التعليق.

النتيجة المتوقعة:

سير العمل الموصى به: مواءمة البيانات الوصفية، واشتراط precursor m/z، وتطبيع القمم، وإزالة آثار precursor، وفرض حد أدنى لعدد القمم.
النتيجة المتوقعة: مجموعة أصغر من الأطياف مع أسباب رفض واضحة ومفاتيح بيانات وصفية متسقة.

جارٍ استخدام "matchms". يريد مهندس بيانات خطة معالجة قابلة لإعادة الاستخدام لملفات كثيرة.

النتيجة المتوقعة:

سير العمل الموصى به: تعريف تسلسل SpectrumProcessor، ومعالجة ملفات الإدخال دفعيًا، وحفظ المخرجات المعالجة، وتسجيل نتائج المرشحات.
النتيجة المتوقعة: صادرات قابلة لإعادة الإنتاج بالإضافة إلى ملخص معالجة لكل مجموعة بيانات.

التدقيق الأمني

مخاطر عالية

v9 • ٢٣‏/٧‏/٢٠٢٦ فتح التقرير المرتبط بالإصدار

All 49 static findings were reviewed and dismissed as scanner false positives from Python imports, scientific terminology, local file examples, or Markdown backticks. No shell execution, dynamic import, or reconnaissance behavior appears at the cited locations. However, the documentation recommends pickle loading without warning that untrusted pickle files can execute arbitrary code.

الملفات التي تم فحصها

1,933

الأسطر التي تم تحليلها

عناصر المراجعة

تم تجاهل الإيجابيات الكاذبة

مخاوف أمنية مؤكدة (1)

مرتفع

references/importing_exporting.md:138-154

Unsafe Pickle Deserialization Guidance

The skill recommends load_from_pickle without warning that Python pickle may execute code during deserialization. Untrusted pickle files can cause arbitrary code execution.

The cited example directly loads a pickle file and presents it as a normal import path. The documented disadvantages omit trust and code-execution risks.

عوامل الخطر

⚡ يحتوي على سكربتات (10)

references/filtering.md:237-239 references/filtering.md:249-250 references/filtering.md:262-263 references/filtering.md:273-274 references/workflows.md:75-78 references/workflows.md:128-129 references/workflows.md:131-132 references/workflows.md:263-267 references/workflows.md:386-389 references/workflows.md:502-503

📁 الوصول إلى نظام الملفات (2)

references/importing_exporting.md:344 references/importing_exporting.md:323

⚙️ الأوامر الخارجية (25)

دقّقه: codex عرض سجل التدقيق →

شارك واستشهد بهذا التقرير

شارك تقرير التقييم المرتبط بالإصدار والشارة المحايدة وبطاقة التضمين والاستشهادات. تعرض Skillstore الأدلة من دون أن تقرر ما إذا كانت هذه المهارة آمنة.

فتح التقرير المرتبط بالإصدار

نسخ رابط التقرير

https://skillstore.io/skills/davila7-matchms/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

شارة Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-matchms/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-matchms?utm_source=security_passport_badge)

شارة HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-matchms?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-matchms/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

بطاقة قابلة للتضمين

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-matchms.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

الاستشهادات الأكاديمية (APA · BibTeX · CFF)

اقتباس APA

davila7. (2026). matchms security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-matchms/audits/9

اقتباس BibTeX

@techreport{davila7-davila7-matchms-2026,
  author = {davila7},
  title = {matchms security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-matchms/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "matchms security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-matchms/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-matchms:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

مقارنة المتغيرات

2 متغيرات قابلة للتثبيت

تبقى مهارة كل مؤلف عنصراً مستقلاً قابلاً للتثبيت. يُرتب المتغير الموصى به وفق أدلة Skillstore.

سبب تصدر هذا المتغير

أعلى تقييم في Skillstore

المؤلف / المصدر تقييم Skillstore موثوقية الأدلة استخدام Skillstore تم التحديث

K-Dense-AI موصى به

k-dense-ai-matchms

تقييم Skillstore 73

موثوقية الأدلة مرتفع

استخدام Skillstore 9

تم التحديث

2026-09-09

davila7 الحالي

davila7-matchms

تقييم Skillstore 38

موثوقية الأدلة متوسط

استخدام Skillstore 11

تم التحديث

2026-09-09

تقييم Skillstore

سبب هذا التقييم موثوقية الأدلة: متوسط

الهندسة المعمارية

قابلية الصيانة

المحتوى

المجتمع

الامتثال للمواصفات

ما الذي يمكنك بناؤه

إعداد المكتبات الطيفية

تنظيف الأطياف الخام، وتوحيد البيانات الوصفية، وتصدير مكتبات منسقة للتحليل اللاحق.

تحديد المركبات المجهولة

مقارنة أطياف الاستعلام بالمراجع باستخدام مقاييس تشابه وفحوصات جودة مناسبة.

بناء مسارات عمل قابلة لإعادة الإنتاج

تصميم مسارات عمل دفعية تستورد الملفات، وتطبق المرشحات، وتقيّم الأطياف، وتسجل القرارات.

جرّب هذه الموجّهات

استيراد الأطياف

Show me how to load an MGF file with matchms and inspect basic spectrum metadata. Include the key decisions I should verify.

تنظيف الأطياف

Help me design a matchms filtering workflow for noisy LC-MS/MS spectra. Explain the order of filters and quality checks.

مقارنة المكتبات

Plan a workflow to compare unknown spectra against a reference library using cosine and modified cosine scoring. Include validation steps for top matches.

بناء مسار دفعي

Design a reproducible matchms pipeline for batch imports, metadata repair, similarity scoring, and export. Include checkpoints for failed spectra and reporting.

أفضل الممارسات

طبّع الأطياف ورشحها قبل تسجيل التشابه حتى تقارن الدرجات مجموعات قمم متسقة.
سجل قيم التفاوت، وترتيب المرشحات، وعدد الأطياف المرفوضة لضمان قابلية إعادة الإنتاج.
تحقق من التعليقات الكيميائية قبل المقارنات المعتمدة على fingerprint أو البنية.

تجنب

لا تقيّم الأطياف قبل فحص بيانات precursor الوصفية التي يتطلبها المقياس المختار.
لا تستبدل الملفات الخام الأصلية بالصادرات المعالجة.
لا تعامل درجات التشابه العالية كهويات مؤكدة دون مراجعة البيانات الوصفية.

الأسئلة المتكررة

ما استخدام matchms؟

يعالج matchms أطياف الكتلة، ويطبق المرشحات، ويوائم البيانات الوصفية، ويحسب التشابه الطيفي لسير عمل علم الأيض.

ما تنسيقات الملفات التي تغطيها هذه المهارة؟

يغطي mzML وmzXML وMGF وMSP وJSON ومراجع USI وسير عمل pickle الموضحة في ملفات المهارة.

هل يمكنها المساعدة في اختيار مقياس تشابه؟

نعم. تشرح مقاييس cosine وmodified cosine وneutral loss وfingerprint والبيانات الوصفية ومطابقة كتلة precursor وparent mass.

هل تشغل matchms تلقائيًا؟

لا. توفر إرشادات وأمثلة لـ Claude وCodex وClaude Code لمساعدة المستخدمين على العمل باستخدام matchms.

هل تحتاج ميزات التعليق الكيميائي إلى حزم إضافية؟

قد تحتاج بعض مسارات العمل المعتمدة على البنية إلى اعتماديات كيميائية اختيارية، مثل RDKit من خلال matchms chemistry extra.

كيف ينبغي التعامل مع الأطياف الفاشلة؟

تحقق من None بعد المرشحات، وسجل أسباب الرفض، وراجع جودة البيانات الوصفية قبل التقييم أو التصدير.

تفاصيل المطور

المؤلف

davila7

الترخيص

MIT

مراجعة Skillstore

تنبيه الإصدار

لم يعلن المؤلف عن إصدار.

المستودع

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/matchms

مرجع

c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f

حداثة الصيانة

٢٤‏/٧‏/٢٠٢٦

الاستخدام

7 تنزيلات · 457 مشاهدات

بنية الملفات

📁 references/

📄 filtering.md

📄 importing_exporting.md

📄 similarity.md

📄 workflows.md

📄 SKILL.md

matchms

التثبيت باستخدام Agent لدي

موارد مهيّأة لـ Agents

اختبرها

التدقيق الأمني

مخاوف أمنية مؤكدة (1)

عوامل الخطر

نسخ رابط التقرير

شارة Markdown

شارة HTML

بطاقة قابلة للتضمين

اقتباس APA

اقتباس BibTeX

CITATION.cff

مقارنة المتغيرات

تقييم Skillstore

ما الذي يمكنك بناؤه

إعداد المكتبات الطيفية

تحديد المركبات المجهولة

بناء مسارات عمل قابلة لإعادة الإنتاج

جرّب هذه الموجّهات

أفضل الممارسات

تجنب

الأسئلة المتكررة

تفاصيل المطور

المزيد من davila7

latex-posters

content-creator

treatment-plans

clinical-reports

exploratory-data-analysis

diffdock

data-processor

calculator

azure-ai-vision-imageanalysis-py

python-web-app-security-audit

python-async-patterns

python-fastapi-patterns

matchms

التثبيت باستخدام Agent لدي

موارد مهيّأة لـ Agents

اختبرها

التدقيق الأمني

مخاوف أمنية مؤكدة (1)

عوامل الخطر

نسخ رابط التقرير

شارة Markdown

شارة HTML

بطاقة قابلة للتضمين

اقتباس APA

اقتباس BibTeX

CITATION.cff

مقارنة المتغيرات

تقييم Skillstore

ما الذي يمكنك بناؤه

إعداد المكتبات الطيفية

تحديد المركبات المجهولة

بناء مسارات عمل قابلة لإعادة الإنتاج

جرّب هذه الموجّهات

أفضل الممارسات

تجنب

الأسئلة المتكررة

تفاصيل المطور

المزيد من davila7

latex-posters

content-creator

treatment-plans

clinical-reports

exploratory-data-analysis

diffdock

مهارات ذات صلة

data-processor

calculator

azure-ai-vision-imageanalysis-py

python-web-app-security-audit

python-async-patterns

python-fastapi-patterns