技能 gget
🧬
gget 透過簡單的 CLI 或 Python 介面，提供對 20 多個基因組資料庫的統一存取。查詢基因資訊、檢索序列、執行 BLAST 搜尋，以及執行富集分析，無需管理多個 API 連線。
支援: Claude Codex Code(CC)
1
下載技能 ZIP
2
在 Claude 中上傳
前往 設定 → 功能 → 技能 → 上傳技能
3
開啟並開始使用
測試它
正在使用「gget」。 搜尋人類中的 BRCA1 基因
預期結果:
- Found: ENSG00000012048 (BRCA1)
- Description: BRCA1 DNA repair associated
- UniProt ID: P38398
- Chromosome: 17q21.31
- Biotype: protein coding
正在使用「gget」。 取得 ACE2 的組織表現
預期結果:
- Kidney: median expression 245.3
- Testis: median expression 189.7
- Small intestine: median expression 156.2
- Bladder: median expression 98.4
安全審計
安全v4 • 1/17/2026
This is legitimate bioinformatics software. All 614 static findings are false positives: markdown code fences were misidentified as Ruby shell execution, hardcoded URLs are public genomic databases (Ensembl, UniProt, NCBI), cryptographic patterns are data integrity checksums, and the critical heuristic is standard bioinformatics behavior (network queries to public APIs + local file operations for results).
9
已掃描檔案
3,490
分析行數
2
發現項
4
審計總數
風險因素
審計者: claude 查看審計歷史 →
品質評分
68
架構
100
可維護性
85
內容
30
社群
100
安全
91
規範符合性
你能建構什麼
快速基因查詢
在研究探索期間，從 Ensembl、UniProt 和 NCBI 快速檢索基因資訊、序列和註釋。
富集分析
對基因清單執行基因本體論和途徑富集，以識別生物模式和功能關聯。
序列比較
執行 BLAST 搜尋並檢索蛋白質結構，以進行序列分析和比較任務。
試試這些提示
基本基因搜尋
使用 gget 搜尋人類中的 TP53 基因，並返回其 Ensembl ID、描述和 UniProt ID。
序列檢索
使用 gget 取得 Ensembl 基因 ENSG00000139618 的核苷酸和蛋白質序列，格式為 FASTA。
BLAST 搜尋
使用 gget 執行 BLAST 搜尋，找出與 'MSEQWKAVLFPLLLAAATSL...' 相似的序列。使用 nr 資料庫並返回前 5 個比對結果。
富集分析
使用 gget enrichr 對基因清單 ['TP53', 'BRCA1', 'MDM2', 'CDKN1A'] 執行 KEGG Pathways 資料庫分析，並顯示前 10 個富集的術語。
最佳實務
- 保持 gget 更新以匹配變化的資料庫結構
- 使用 -csv 標誌簡化 CLI 輸出的解析
- 限制大型查詢以避免伺服器超時錯誤
避免
- 在沒有速率限制的情況下執行數千個查詢
- 在可重現的工作流程中使用未發佈的資料庫版本
- 當下游分析依賴資料品質時跳過結果驗證
常見問題
gget 查詢哪些資料庫？
gget 查詢 20 多個資料庫，包括 Ensembl、UniProt、NCBI、PDB、KEGG、AlphaFold 和 ARCHS4。
gget 需要驗證嗎？
不需要，gget 查詢的是公開的基因組資料庫，標準使用不需要 API 金鑰。
我可以在 Python 腳本中使用 gget 嗎？
可以，gget 同時支援 CLI 工具和 Python 套件。匯入 gget 並直接呼叫 gget.module()。
gget 如何處理速率限制？
gget 內建速率限制。對於大量查詢，請考慮在請求之間添加延遲。
支援哪些物種？
gget 支援 Ensembl 中的所有物種，包括人類、小鼠、大鼠、蒼蠅、蠕蟲、酵母以及更多物種。
富集結果的準確度如何？
Enrichr 使用超幾何檢驗提供統計富集。根據您的分析需求調整 p 值截止值。