gget は、シンプルな CLI または Python インターフェースを通じて 20 以上のゲノムデータベースに統一的にアクセスできます。複数の API 接続を管理することなく、遺伝子情報の検索、配列の取得、BLAST 検索、エンリッチメント解析を実行できます。
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オンにして利用開始
テストする
「gget」を使用しています。 Search for BRCA1 gene in human
期待される結果:
- Found: ENSG00000012048 (BRCA1)
- Description: BRCA1 DNA repair associated
- UniProt ID: P38398
- Chromosome: 17q21.31
- Biotype: protein coding
「gget」を使用しています。 Get tissue expression for ACE2
期待される結果:
- Kidney: median expression 245.3
- Testis: median expression 189.7
- Small intestine: median expression 156.2
- Bladder: median expression 98.4
セキュリティ監査
安全This is legitimate bioinformatics software. All 614 static findings are false positives: markdown code fences were misidentified as Ruby shell execution, hardcoded URLs are public genomic databases (Ensembl, UniProt, NCBI), cryptographic patterns are data integrity checksums, and the critical heuristic is standard bioinformatics behavior (network queries to public APIs + local file operations for results).
リスク要因
🌐 ネットワークアクセス (2)
品質スコア
作れるもの
迅速な遺伝子検索
研究探索中に Ensembl、UniProt、NCBI から遺伝子情報、配列、注釈を迅速に取得します。
エンリッチメント解析
遺伝子リストに対して遺伝子オントロジーと経路のエンリッチメントを実行し、生物学的パターンと機能的関連を特定します。
配列比較
BLAST 検索を実行し、配列解析と比較タスクのためにタンパク質構造を取得します。
これらのプロンプトを試す
Use gget to search for the gene TP53 in human and return its Ensembl ID, description, and UniProt ID.
Retrieve the nucleotide and protein sequences for Ensembl gene ENSG00000139618 in FASTA format using gget.
Run a BLAST search using gget to find similar sequences to 'MSEQWKAVLFPLLLAAATSL...'. Use the nr database and return top 5 hits.
Run gget enrichr on the gene list ['TP53', 'BRCA1', 'MDM2', 'CDKN1A'] against KEGG Pathways database and show top 10 enriched terms.
ベストプラクティス
- データベース構造の変更に合わせて gget を最新に保つ
- CLI 出力の解析を簡単にするために -csv フラグを使用する
- サーバーのタイムアウトエラーを避けるために大規模クエリは制限する
回避
- レート制限なしで数千件のクエリを実行する
- 再現可能なワークフローで未公開のデータベース版を使用する
- 下流の解析がデータ品質に依存する場合に結果検証を省略する