gget
遺伝子情報と配列のためのゲノムデータベース検索
Auch verfügbar von: davila7
gget は、シンプルな CLI または Python インターフェースを通じて 20 以上のゲノムデータベースに統一的にアクセスできます。複数の API 接続を管理することなく、遺伝子情報の検索、配列の取得、BLAST 検索、エンリッチメント解析を実行できます。
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Einschalten und loslegen
Teste es
Verwendung von "gget". Search for BRCA1 gene in human
Erwartetes Ergebnis:
- Found: ENSG00000012048 (BRCA1)
- Description: BRCA1 DNA repair associated
- UniProt ID: P38398
- Chromosome: 17q21.31
- Biotype: protein coding
Verwendung von "gget". Get tissue expression for ACE2
Erwartetes Ergebnis:
- Kidney: median expression 245.3
- Testis: median expression 189.7
- Small intestine: median expression 156.2
- Bladder: median expression 98.4
Sicherheitsaudit
SicherThis is legitimate bioinformatics software. All 614 static findings are false positives: markdown code fences were misidentified as Ruby shell execution, hardcoded URLs are public genomic databases (Ensembl, UniProt, NCBI), cryptographic patterns are data integrity checksums, and the critical heuristic is standard bioinformatics behavior (network queries to public APIs + local file operations for results).
Risikofaktoren
🌐 Netzwerkzugriff (2)
📁 Dateisystemzugriff (3)
Qualitätsbewertung
Was du bauen kannst
迅速な遺伝子検索
研究探索中に Ensembl、UniProt、NCBI から遺伝子情報、配列、注釈を迅速に取得します。
エンリッチメント解析
遺伝子リストに対して遺伝子オントロジーと経路のエンリッチメントを実行し、生物学的パターンと機能的関連を特定します。
配列比較
BLAST 検索を実行し、配列解析と比較タスクのためにタンパク質構造を取得します。
Probiere diese Prompts
Use gget to search for the gene TP53 in human and return its Ensembl ID, description, and UniProt ID.
Retrieve the nucleotide and protein sequences for Ensembl gene ENSG00000139618 in FASTA format using gget.
Run a BLAST search using gget to find similar sequences to 'MSEQWKAVLFPLLLAAATSL...'. Use the nr database and return top 5 hits.
Run gget enrichr on the gene list ['TP53', 'BRCA1', 'MDM2', 'CDKN1A'] against KEGG Pathways database and show top 10 enriched terms.
Bewährte Verfahren
- データベース構造の変更に合わせて gget を最新に保つ
- CLI 出力の解析を簡単にするために -csv フラグを使用する
- サーバーのタイムアウトエラーを避けるために大規模クエリは制限する
Vermeiden
- レート制限なしで数千件のクエリを実行する
- 再現可能なワークフローで未公開のデータベース版を使用する
- 下流の解析がデータ品質に依存する場合に結果検証を省略する