Habilidades latchbio-integration
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latchbio-integration
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Acesso à rede
Latch上でバイオインフォマティクスワークフローを構築
Também disponível em: K-Dense-AI
バイオインフォマティクスパイプラインの構築には、プラットフォーム固有のツールとクラウドインフラストラクチャの学習が必要です。このスキルは、デコレーター、データ抽象化、検証済みバイオインフォマティクスツールを使用してLatch SDKでサーバーレスワークフローを作成するための段階的なガイダンスを提供します。
Suporta: Claude Codex Code(CC)
1
Baixar o ZIP da skill
2
Upload no Claude
Vá em Configurações → Capacidades → Skills → Upload skill
3
Ative e comece a usar
Testar
A utilizar "latchbio-integration". 品質管理とアライメントを含むRNA-seq解析用のLatchワークフローを作成
Resultado esperado:
- 品質管理(FastQC)用の@small_taskを定義
- アライメント(STAR/HISAT2)用の@large_taskを定義
- 定量化(featureCounts)用の@small_taskを定義
- LatchFile入力ですべてのタスクを組み合わせた@workflowを作成
- latch registerコマンドでワークフローを登録
A utilizar "latchbio-integration". AlphaFoldを使用したタンパク質フォールディング用のGPUリソースをセットアップ
Resultado esperado:
- V100またはA100 GPUタイプで@large_gpu_taskデコレーターを使用
- タンパク質配列長に基づいてメモリ割り当てを設定
- 大規模なタンパク質構造予測に適切なタイムアウトを設定
- 結果用にLatchDirで出力ディレクトリを設定
A utilizar "latchbio-integration". Latch Registryでシーケンシングサンプルを整理
Resultado esperado:
- sample_id、condition、ファイル参照の列を持つTableを作成
- Recordクラスを使用してメタデータ付きサンプルを追加
- サンプル関係のために関連レコードをリンク
- ワークフロー内でフィルター基準を使用してサンプルをクエリ
Auditoria de Segurança
Segurov5 • 1/17/2026
Pure documentation skill containing only markdown reference guides. No executable code detected - only code examples in markdown code blocks. All static findings are false positives from scanner misinterpreting documentation examples as executable commands.
6
Arquivos analisados
2,154
Linhas analisadas
5
achados
5
Total de auditorias
Fatores de risco
⚙️ Comandos externos (201)
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📁 Acesso ao sistema de arquivos (2)
🔑 Variáveis de ambiente (2)
⚡ Contém scripts (1)
Auditado por: claude Ver Histórico de Auditoria →
Pontuação de qualidade
45
Arquitetura
100
Manutenibilidade
87
Conteúdo
21
Comunidade
100
Segurança
83
Conformidade com especificações
O Que Você Pode Construir
RNA-seq解析パイプラインのデプロイ
検証済みワークフローを使用して、品質管理、アライメント、定量化を含む再現可能なRNA-seqパイプラインを構築
タンパク質構造予測の実行
GPUリソース上でAlphaFoldとColabFoldの予測を実行し、結果を自動的に整理
既存パイプラインの統合
最小限のコード変更で既存のNextflowまたはSnakemakeワークフローをクラウドに移植
Tente Estes Prompts
基本的なワークフローの作成
@small_taskと@workflowデコレーターを使用してFASTQファイルを処理するLatchワークフローを作成
GPUリソースの設定
@large_gpu_taskまたはA100 GPUを使用したcustom_taskでタンパク質構造予測用のGPUリソースを設定
Nextflowパイプラインのインポート
latch register --nextflowコマンドを使用して既存のNextflowパイプラインをLatchにインポート
検証済みワークフローの使用
サンプルメタデータを使用してlatch.verified.bulk_rnaseqワークフローでバルクRNA-seq解析を実行
Melhores Práticas
- 自動UI生成を有効にするため、すべてのワークフローパラメータに型アノテーションを使用
- 標準タスクデコレーター(@small_task、@large_task)から始め、プロファイリングで必要性が示された場合のみリソースをスケール
- より良いデバッグと並列実行のために、複雑なワークフローをモジュール式タスクに分割
Evitar
- GPUアクセラレーションを必要としないタスクに@large_gpu_taskを使用
- 自動UI生成を無効にする型アノテーションの省略
- 実際の要件をプロファイリングせずにCPUとメモリを過剰に割り当て
Perguntas Frequentes
Latchはワークフローにどのプログラミング言語をサポートしていますか?
LatchはSDKを使用したネイティブPythonワークフローと、NextflowおよびSnakemakeパイプラインをサポートしています。すべてのワークフローはDockerコンテナで実行されます。
タスクで利用可能な計算リソースは何ですか?
タスクは最大96のCPUコア、最大768GBのメモリ、およびK80、V100、A100を含むGPUを使用できます。標準サイズにはデコレーターを、特定の設定にはcustom_taskを使用します。
Latchワークフローを外部ツールと統合するにはどうすればよいですか?
LatchFileとLatchDirを使用してクラウドデータを参照します。検証済みワークフローはlatch.verifiedモジュールからインポートできます。カスタムタスクはDockerイメージ内のコマンドラインツールを呼び出すことができます。
Latchプラットフォーム上のデータは安全ですか?
Latchは暗号化されたクラウドストレージを提供します。ファイルはローカルとクラウドストレージ間で安全に転送されます。アクセス制御付きの構造化データにはRegistryを使用します。
ワークフローの登録が失敗するのはなぜですか?
一般的な問題には、Dockerが実行されていない、認証トークンの期限切れ、Dockerfileの依存関係の欠落、構文エラーなどがあります。詳細なログにはlatch register --verboseを使用します。
Latchは他のワークフロープラットフォームと比較してどうですか?
LatchはAWS BatchやGoogle Cloud Life Sciencesとは異なり、自動コンテナ化、生成されたノーコードUI、検証済みバイオインフォマティクスワークフローを提供します。