技能 gene-database

📦

gene-database

Name: gene-database
Author: davila7

內容修訂 r1 安全 🌐 網路存取🔑 環境變數📁 檔案系統存取⚙️ 外部命令

查詢 NCBI Gene 資料

基因查詢通常需要重複呼叫 NCBI API，並謹慎設定生物體篩選條件。此技能提供用於搜尋、擷取與批次處理基因註釋的腳本和工作流程。

支援: Claude Codex Code(CC)

🥉 79 銅級

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Agent 可讀資源

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Markdown 詳情 GET /skills/davila7-gene-database.md 已簽名 manifest GET /api/skills/davila7-gene-database/manifest 已簽名 lockfile GET /api/skills/davila7-gene-database/lockfile

測試它

正在使用「gene-database」。在人類中尋找 BRCA1。

預期結果:

一份精簡基因摘要，包含 Gene ID 672、符號 BRCA1、生物體 Homo sapiens、染色體 17 和圖譜位置。

正在使用「gene-database」。註釋一份人類腫瘤學基因清單。

預期結果:

一份適合製表的摘要，描述每個匹配的基因、未匹配的符號，以及任何查詢錯誤。

正在使用「gene-database」。擷取 TP53 的詳細資訊。

預期結果:

一份結構化敘述，涵蓋別名、染色體位置、基因類型和轉錄本範例。

安全審計

安全

v14 • 2026/7/9 開啟版本化報告

The executable scripts make intended outbound requests to NCBI Gene APIs and one batch workflow can write results to a user-selected file. API-key and command-execution alerts are false positives from parameter names, placeholders, and Markdown examples; no hardcoded secrets, environment access, prompt injection, or hidden system reconnaissance was found.

已掃描檔案

1,837

分析行數

複核項目

已忽略的誤報

能力複核項目 (19)

這些是真實的本機能力，對此技能而言可能是預期行為，因此需要複核，但不會按已確認的惡意行為計分。

中

scripts/batch_gene_lookup.py:287

Python file write/append

with open(args.output, 'w') as f:

batch_gene_lookup.py writes JSON results to args.output supplied on the command line. This is intended output behavior, but an unsafe path could overwrite an arbitrary local file.

低

scripts/batch_gene_lookup.py:14

Python HTTP libraries

import urllib.request

This executable script performs outbound HTTPS requests to NCBI public gene APIs using user-provided gene IDs or search terms. The behavior is intended, but it can disclose queries and optional API keys to an external service.

低

scripts/batch_gene_lookup.py:78

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

低

scripts/batch_gene_lookup.py:131

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

低

scripts/batch_gene_lookup.py:53

Hardcoded URL

base_url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/"

低

scripts/batch_gene_lookup.py:109

Hardcoded URL

base_url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/"

低

scripts/fetch_gene_data.py:13

Python HTTP libraries

import urllib.request

低

scripts/fetch_gene_data.py:74

Python HTTP libraries

req = urllib.request.Request(url, headers=headers)

低

scripts/fetch_gene_data.py:75

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(req) as response:

低

scripts/fetch_gene_data.py:112

Python HTTP libraries

req = urllib.request.Request(url, headers=headers)

低

scripts/fetch_gene_data.py:113

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(req) as response:

低

scripts/fetch_gene_data.py:146

Python HTTP libraries

req = urllib.request.Request(url, data=data, headers=headers, method='POST')

低

scripts/fetch_gene_data.py:147

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(req) as response:

低

scripts/fetch_gene_data.py:17

Hardcoded URL

DATASETS_API_BASE = "https://api.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/v2alpha/gene"

低

scripts/query_gene.py:14

Python HTTP libraries

import urllib.request

低

scripts/query_gene.py:48

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

低

scripts/query_gene.py:88

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

低

scripts/query_gene.py:123

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

低

scripts/query_gene.py:19

Hardcoded URL

BASE_URL = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/"

風險因素

🌐 網路存取 (39)

🔑 環境變數 (50)

📁 檔案系統存取 (1)

scripts/batch_gene_lookup.py:287

⚙️ 外部命令 (22)

審計單位: codex 檢視審計紀錄 →

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HTML 徽章

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學術引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA 引用

davila7. (2026). gene-database security audit report (audit version 14) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database/audits/14

BibTeX 引用

@techreport{davila7-davila7-gene-database-2026,
  author = {davila7},
  title = {gene-database security audit report (audit version 14)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {14},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database/audits/14},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "gene-database security audit report (audit version 14)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-09"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database/audits/14"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-gene-database:audit:14"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

比較變體

2 個可安裝變體

每位作者的技能都保留為獨立的可安裝項目。推薦變體依 Skillstore 證據排序。

為何此變體排名第一

Skillstore 評分最高

作者 / 來源 Skillstore 評分證據置信度 Skillstore 使用量已更新

davila7 推薦目前

davila7-gene-database

Skillstore 評分 79

證據置信度高

Skillstore 使用量 15

已更新

2026-09-09

K-Dense-AI

k-dense-ai-gene-database

Skillstore 評分 38

證據置信度中

Skillstore 使用量 13

已更新

2026-09-09

Skillstore 評分

評分依據證據置信度: 高

架構

可維護性

內容

社群

規範符合度

你可以打造什麼

註釋疾病基因清單

搜尋疾病術語並擷取基因識別碼、描述、生物體、染色體與圖譜位置。

驗證基因面板

在管線分析、報告或發表表格之前，批次檢查基因符號或 ID。

比較模式生物

在支援的分類群中查詢相同基因，並比較識別碼、別名與基因組位置。

試試這些提示

搜尋單一基因

使用 gene-database 技能在人類中搜尋 BRCA1。摘要 Gene ID、符號、描述、生物體和染色體。

依 Gene ID 擷取

使用 NCBI Datasets 工作流程擷取 Gene ID 672。回傳包含別名、位置和轉錄本的可讀摘要。

註釋面板

對人類中的 BRCA1、TP53、EGFR 和 KRAS 使用批次查詢。包含狀態、Gene ID、符號、生物體和圖譜位置。

設計路徑查詢

規劃在小鼠中搜尋凋亡基因的 NCBI Gene 查詢。包含查詢術語、速率限制，以及供下游分析使用的輸出欄位。

最佳實務

每次符號搜尋都指定生物體。
在精確度很重要時使用 Gene ID。
快取重複結果並遵守 NCBI 速率限制。

避免

不要將基因註釋視為臨床指引。
不要在沒有速率限制的情況下批次處理大型清單。
不要將私密 API 金鑰貼到共享文字記錄或日誌中。

常見問題

此技能需要 API 金鑰嗎？

不需要。NCBI API 金鑰是選用的，但可提高較大型工作負載的請求限制。

它使用哪些 API？

它記錄並提供 NCBI E-utilities 和 NCBI Datasets Gene API 的腳本。

它可以一次處理許多基因嗎？

可以。批次腳本接受以逗號分隔的 Gene ID 或基因符號檔案。

它提供醫療解讀嗎？

不會。它會擷取參考基因資料，不應作為醫療建議使用。

支援哪些輸出格式？

腳本可以列印可讀摘要或 JSON 輸出，以供下游工具使用。

哪些 AI 工具可以使用它？

技能中繼資料列出支援 Claude、Codex 和 Claude Code。

開發者詳細資訊

作者

davila7

授權

MIT

Skillstore 修訂

版本提示

作者未聲明版本。

儲存庫

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/gene-database

引用

b959ebfd1043a07c0c4378ab94ca4342cb0259f5

維護新鮮度

2026/7/21

使用量

7 次下載 · 213 次瀏覽

檔案結構

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 common_workflows.md

📁 scripts/

📄 batch_gene_lookup.py

📄 fetch_gene_data.py

📄 query_gene.py

使用 ETE 分析系統發生樹

由 K-Dense-AI

系統發生樹相關工作通常需要格式轉換、分類查詢、事件分析與清楚的圖表。此技能會引導 Claude、Codex 和 Claude Code 完成 ETE 工作流程與輔助腳本。

研究與學習查看

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風險因素

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你可以打造什麼

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避免

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