技能 pdb-database

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pdb-database

Name: pdb-database
Author: K-Dense-AI

內容修訂 r1 安全 ⚙️ 外部命令🌐 網路存取📁 檔案系統存取

搜尋用於研究的 PDB 結構

結構生物學工作通常需要快速存取公開的蛋白質與核酸結構。這項技能可協助 Claude、Codex 和 Claude Code 搜尋 RCSB PDB、擷取中繼資料，並下載座標檔案。

支援: Claude Codex Code(CC)

📊 73 尚可

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智能體請求

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Agent 可讀資源

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Markdown 詳情 GET /skills/k-dense-ai-pdb-database.md 已簽名 manifest GET /api/skills/k-dense-ai-pdb-database/manifest 已簽名 lockfile GET /api/skills/k-dense-ai-pdb-database/lockfile

測試它

正在使用「pdb-database」。尋找解析度良好的人類 hemoglobin 結構。

預期結果:

合適的結果是 4HHB，人類 deoxyhemoglobin，由 X 射線繞射解析，解析度為 1.74 埃。
其他相關條目可能對配體狀態或突變比較有用。
使用 mmCIF 格式進行現代下游分析。

正在使用「pdb-database」。下載 1MBN 的座標並說明我取得了什麼。

預期結果:

這項技能可從公開 RCSB 下載服務擷取座標檔案。
結果是一個包含 myoglobin 原子座標的結構檔案。
使用 BioPython、PyMOL、ChimeraX 或類似工具進行視覺化與原子層級分析。

正在使用「pdb-database」。比較 PDB 和 mmCIF 格式。

預期結果:

PDB 是較舊的固定欄位格式。mmCIF 是現代標準，對大型結構與更豐富的中繼資料支援更佳。

安全審計

安全

v9 • 2026/7/9 開啟版本化報告

The static findings are false positives from markdown examples, public RCSB PDB API URLs, safe file-download examples, and scientific terminology. I found no prompt injection, credential access, destructive behavior, data exfiltration, or hidden execution intent in the reviewed files.

已掃描檔案

1,140

分析行數

複核項目

已忽略的誤報

風險因素

⚙️ 外部命令 (33)

🌐 網路存取 (39)

📁 檔案系統存取 (3)

references/api_reference.md:407 SKILL.md:159 SKILL.md:165

最近一次完成的靜態與語意稽核未偵測到已確認的安全發現。這並不能證明該 Skill 沒有副作用。

審計單位: claude 檢視審計紀錄 →

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Markdown 徽章

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HTML 徽章

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嵌入卡片

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學術引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA 引用

K-Dense-AI. (2026). pdb-database security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pdb-database/audits/9

BibTeX 引用

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-pdb-database-2026,
  author = {K-Dense-AI},
  title = {pdb-database security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pdb-database/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "pdb-database security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-09"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pdb-database/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:k-dense-ai-pdb-database:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

比較變體

2 個可安裝變體

每位作者的技能都保留為獨立的可安裝項目。推薦變體依 Skillstore 證據排序。

為何此變體排名第一

Skillstore 評分最高

作者 / 來源 Skillstore 評分證據置信度 Skillstore 使用量已更新

davila7 推薦

davila7-pdb-database

Skillstore 評分 74

證據置信度高

Skillstore 使用量 15

已更新

2026-09-09

K-Dense-AI 目前

k-dense-ai-pdb-database

Skillstore 評分 73

證據置信度高

Skillstore 使用量 15

已更新

2026-09-09

Skillstore 評分

評分依據證據置信度: 高

架構

可維護性

內容

社群

規範符合度

你可以打造什麼

擷取結構以供分析

尋找高品質條目、檢查實驗中繼資料，並下載座標以用於運算工作流程。

識別標靶與配體結構

搜尋蛋白質標靶、配體結合複合物及相關結構，以進行結合位點審查。

比較同源結構

使用序列與結構相似性搜尋，尋找可用於設計、建模及突變分析的範本。

試試這些提示

尋找已知蛋白質

尋找 hemoglobin 的 RCSB PDB 結構，並摘要最佳條目的解析度、生物體及實驗方法。

依序列搜尋

搜尋與此蛋白質序列相似的 PDB 結構，並依同一性與解析度排序前幾名相符項目：MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVID。

篩選高品質條目

尋找以 X 射線晶體學解析、解析度優於 2.0 埃的人類 kinase 結構，並列出有用的 PDB ID。

建立批次工作流程

針對 PDB ID 4HHB、1MBN 和 1GZX，擷取中繼資料、下載 mmCIF 檔案，並摘要方法、解析度、生物體及檔案名稱。

最佳實務

在下載座標檔案前，使用搜尋查詢縮小 PDB ID 範圍。
透過批次處理請求並為大型工作加入延遲，以遵守 API 速率限制。
現代結構生物學工作流程與大型組裝體應優先使用 mmCIF。

避免

不要在未篩選且未設定速率限制的情況下下載大量結構。
不要假設每個 PDB 條目都有高解析度或完整中繼資料。
不要在未檢查實驗方法與品質指標的情況下使用下載的座標檔案。

常見問題

這項技能使用哪些資料庫？

它使用公開 RCSB Protein Data Bank API，以及用於結構、中繼資料與序列的下載端點。

它可以依蛋白質序列搜尋嗎？

可以。它說明用於蛋白質、DNA 或 RNA 序列相似性搜尋的 SequenceQuery 工作流程。

它可以下載結構檔案嗎？

可以。它提供下載 PDB、mmCIF、structure factor 和生物組裝體檔案的指引。

PDB 和 mmCIF 有什麼差異？

PDB 是傳統文字格式。mmCIF 是現代格式，對大型結構與中繼資料有更好的支援。

它會直接分析分子幾何嗎？

它有助於擷取與準備資料。詳細的座標分析通常需要 BioPython 或分子檢視器等工具。

需要 API key 嗎？

此技能涵蓋的公開 RCSB 端點未描述需要 API key。

開發者詳細資訊

作者

K-Dense-AI

授權

Unknown

Skillstore 修訂

版本提示

作者未聲明版本。

儲存庫

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pdb-database

引用

1ffa7643651792ccb4bd3b15d924d2c97edff755

維護新鮮度

2026/7/18

使用量

7 次下載 · 484 次瀏覽

檔案結構

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 evaluation_result.json

以引用研究複雜主題

由 shubhamsaboo

當來源彼此矛盾或缺乏脈絡時，深度研究會變得困難。此技能會引導 Claude、Codex 和 Claude Code 綜合來源、比較觀點，並產出附引用的研究摘要。

研究與學習查看

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你可以打造什麼

擷取結構以供分析

識別標靶與配體結構

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試試這些提示

最佳實務

避免

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