スキル pdb-database
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pdb-database

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搜尋用於研究的 PDB 結構

結構生物學工作通常需要快速存取公開的蛋白質與核酸結構。這項技能可協助 Claude、Codex 和 Claude Code 搜尋 RCSB PDB、擷取中繼資料，並下載座標檔案。

対応: Claude Codex Code(CC)
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エージェントリクエスト
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Markdown詳細 GET /skills/k-dense-ai-pdb-database.md 署名済み manifest GET /api/skills/k-dense-ai-pdb-database/manifest 署名済み lockfile GET /api/skills/k-dense-ai-pdb-database/lockfile

テストする

「pdb-database」を使用しています。 尋找解析度良好的人類 hemoglobin 結構。

期待される結果:

  • 合適的結果是 4HHB，人類 deoxyhemoglobin，由 X 射線繞射解析，解析度為 1.74 埃。
  • 其他相關條目可能對配體狀態或突變比較有用。
  • 使用 mmCIF 格式進行現代下游分析。

「pdb-database」を使用しています。 下載 1MBN 的座標並說明我取得了什麼。

期待される結果:

  • 這項技能可從公開 RCSB 下載服務擷取座標檔案。
  • 結果是一個包含 myoglobin 原子座標的結構檔案。
  • 使用 BioPython、PyMOL、ChimeraX 或類似工具進行視覺化與原子層級分析。

「pdb-database」を使用しています。 比較 PDB 和 mmCIF 格式。

期待される結果:

PDB 是較舊的固定欄位格式。mmCIF 是現代標準，對大型結構與更豐富的中繼資料支援更佳。

セキュリティ監査

安全
v9 • 2026/7/9 バージョン別レポートを開く

The static findings are false positives from markdown examples, public RCSB PDB API URLs, safe file-download examples, and scientific terminology. I found no prompt injection, credential access, destructive behavior, data exfiltration, or hidden execution intent in the reviewed files.

3
スキャンされたファイル
1,140
解析済み行数
0
レビュー項目
0
誤検知を無視

リスク要因

⚙️ 外部コマンド (33)
evaluation_result.json:21 evaluation_result.json:30 references/api_reference.md:602 SKILL.md:31-36 SKILL.md:36-39 SKILL.md:39-50 SKILL.md:50-53 SKILL.md:53-62 SKILL.md:62-65 SKILL.md:65-73 SKILL.md:73-76 SKILL.md:76-93 SKILL.md:93-100 SKILL.md:100-107 SKILL.md:107-110 SKILL.md:110-114 SKILL.md:114-117 SKILL.md:117-138 SKILL.md:138-145 SKILL.md:145-146 SKILL.md:146-148 SKILL.md:148-151 SKILL.md:151-167 SKILL.md:167-175 SKILL.md:175-187 SKILL.md:187-190 SKILL.md:190-203 SKILL.md:203-209 SKILL.md:209-231 SKILL.md:231-237 SKILL.md:237-243 SKILL.md:243-245 SKILL.md:245
🌐 ネットワークアクセス (39)
evaluation_result.json:178 evaluation_result.json:42 references/api_reference.md:490 references/api_reference.md:113 references/api_reference.md:404 references/api_reference.md:447 references/api_reference.md:36 references/api_reference.md:41 references/api_reference.md:46 references/api_reference.md:52 references/api_reference.md:55 references/api_reference.md:58 references/api_reference.md:114 references/api_reference.md:363 references/api_reference.md:368 references/api_reference.md:373 references/api_reference.md:378 references/api_reference.md:379 references/api_reference.md:384 references/api_reference.md:401 references/api_reference.md:603 SKILL.md:104 SKILL.md:112 SKILL.md:137 SKILL.md:194 SKILL.md:217 SKILL.md:158 SKILL.md:164 SKILL.md:145 SKILL.md:146 SKILL.md:148 SKILL.md:157 SKILL.md:163 SKILL.md:301 SKILL.md:302 SKILL.md:303 SKILL.md:304 SKILL.md:305 SKILL.md:306
📁 ファイルシステムへのアクセス (3)
references/api_reference.md:407 SKILL.md:159 SKILL.md:165
最新の完了済み静的・セマンティック監査では、確認済みのセキュリティ検出事項は見つかりませんでした。これは、スキルに副作用がないことを証明するものではありません。
監査者: claude 監査履歴を表示 →
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[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-pdb-database/security.svg)](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pdb-database?utm_source=security_passport_badge)

HTMLバッジ

<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pdb-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-pdb-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

埋め込みカード

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-pdb-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>
学術引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA形式の引用

K-Dense-AI. (2026). pdb-database security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pdb-database/audits/9

BibTeX形式の引用

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-pdb-database-2026, author = {K-Dense-AI}, title = {pdb-database security audit report (audit version 9)}, institution = {Skillstore}, year = {2026}, number = {9}, url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pdb-database/audits/9}, note = {Author version unspecified} }

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0 message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report." title: "pdb-database security audit report (audit version 9)" version: "unspecified" type: report authors: - name: "K-Dense-AI" date-released: "2026-07-09" url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pdb-database/audits/9" identifiers: - type: other value: "skillstore:k-dense-ai-pdb-database:audit:9" description: "Skillstore immutable audit report identifier"

バリアントを比較

インストール可能なバリアント 2 件

各作者のスキルは個別のインストール項目として維持されます。推奨バリアントは Skillstore の証拠で順位付けされます。

このバリアントが首位の理由

Skillstore スコアが最高
davila7 推奨

davila7-pdb-database

Skillstore スコア 74
証拠の信頼度 高
Skillstore 利用状況 15
更新済み

2026-09-09

K-Dense-AI 現在

k-dense-ai-pdb-database

Skillstore スコア 73
証拠の信頼度 高
Skillstore 利用状況 15
更新済み

2026-09-09

Skillstore スコア

このスコアの理由 証拠の信頼度: 高
41
アーキテクチャ
75
保守性
87
コンテンツ
74
コミュニティ
83
仕様準拠

作成できるもの

擷取結構以供分析

尋找高品質條目、檢查實驗中繼資料，並下載座標以用於運算工作流程。

識別標靶與配體結構

搜尋蛋白質標靶、配體結合複合物及相關結構，以進行結合位點審查。

比較同源結構

使用序列與結構相似性搜尋，尋找可用於設計、建模及突變分析的範本。

これらのプロンプトを試す

尋找已知蛋白質 
尋找 hemoglobin 的 RCSB PDB 結構，並摘要最佳條目的解析度、生物體及實驗方法。
依序列搜尋 
搜尋與此蛋白質序列相似的 PDB 結構，並依同一性與解析度排序前幾名相符項目：MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVID。
篩選高品質條目 
尋找以 X 射線晶體學解析、解析度優於 2.0 埃的人類 kinase 結構，並列出有用的 PDB ID。
建立批次工作流程 
針對 PDB ID 4HHB、1MBN 和 1GZX，擷取中繼資料、下載 mmCIF 檔案，並摘要方法、解析度、生物體及檔案名稱。

ベストプラクティス

  • 在下載座標檔案前，使用搜尋查詢縮小 PDB ID 範圍。
  • 透過批次處理請求並為大型工作加入延遲，以遵守 API 速率限制。
  • 現代結構生物學工作流程與大型組裝體應優先使用 mmCIF。

回避

  • 不要在未篩選且未設定速率限制的情況下下載大量結構。
  • 不要假設每個 PDB 條目都有高解析度或完整中繼資料。
  • 不要在未檢查實驗方法與品質指標的情況下使用下載的座標檔案。

よくある質問

這項技能使用哪些資料庫？
它使用公開 RCSB Protein Data Bank API，以及用於結構、中繼資料與序列的下載端點。
它可以依蛋白質序列搜尋嗎？
可以。它說明用於蛋白質、DNA 或 RNA 序列相似性搜尋的 SequenceQuery 工作流程。
它可以下載結構檔案嗎？
可以。它提供下載 PDB、mmCIF、structure factor 和生物組裝體檔案的指引。
PDB 和 mmCIF 有什麼差異？
PDB 是傳統文字格式。mmCIF 是現代格式，對大型結構與中繼資料有更好的支援。
它會直接分析分子幾何嗎？
它有助於擷取與準備資料。詳細的座標分析通常需要 BioPython 或分子檢視器等工具。
需要 API key 嗎？
此技能涵蓋的公開 RCSB 端點未描述需要 API key。

開発者情報

作成者

K-Dense-AI

ライセンス

Unknown

Skillstore リビジョン

r1

バージョンに関する注意

作者はバージョンを宣言していません。

リポジトリ

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pdb-database

参照

1ffa7643651792ccb4bd3b15d924d2c97edff755

メンテナンスの新しさ

2026/7/18

利用状況

7 ダウンロード · 484 閲覧

ファイル構成

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 evaluation_result.json

📄 SKILL.md

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