技能 ensembl-database

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ensembl-database

Name: ensembl-database
Author: K-Dense-AI

内容修订 r1 低风险 🌐 网络访问⚙️ 外部命令

查询 Ensembl 基因组数据

基因组研究通常需要来自 Ensembl 的准确基因、序列、变异和直系同源数据。此技能可帮助 Claude、Codex 和 Claude Code 查询 Ensembl REST APIs，并将结果结构化以供分析。

支持: Claude Codex Code(CC)

📊 75 合格

使用我的智能体安装

将此请求复制给你的智能体，其中包含权威 Skill 页面和清单。

智能体请求

Review the Skillstore skill "ensembl-database" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-ensembl-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-ensembl-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

你的智能体仍应展示其计划，并按安全策略请求必要确认。

Agent 可读资源

当 AI Agent、爬虫或脚本需要干净上下文，而不是读取完整页面时，请使用这些链接。

Markdown 详情 GET /skills/k-dense-ai-ensembl-database.md 已签名 manifest GET /api/skills/k-dense-ai-ensembl-database/manifest 已签名 lockfile GET /api/skills/k-dense-ai-ensembl-database/lockfile

测试它

正在使用“ensembl-database”。查询人类中的 BRCA2。

预期结果:

返回 Ensembl gene identifier 和基因组坐标。
总结基因描述和可用的转录本信息。
识别用于查询的物种和组装背景。

正在使用“ensembl-database”。使用 Ensembl VEP 分析变异 rs699。

预期结果:

列出预测的变异后果和受影响的基因组特征。
在 Ensembl 返回人群频率字段时包含这些字段。
指出临床解释需要专家审查。

正在使用“ensembl-database”。查找人类 TP53 在小鼠中的直系同源基因。

预期结果:

查询源基因的 Ensembl 同源性数据。
报告匹配的直系同源标识符和物种名称。
建议后续进行序列或保守性分析。

安全审计

低风险

v9 • 2026/7/9 打开版本化报告

Static alerts for Cobalt Strike terms, reconnaissance, network access, hardcoded URLs, and shell execution are false positives in context. The skill uses documented Ensembl REST API endpoints for bioinformatics queries and contains Markdown examples, not executable command injection. One low-severity semantic issue remains because the skill promotes an external K-Dense Web service for complex workflows.

已扫描文件

1,284

分析行数

复核项

已忽略误报

已确认安全问题 (1)

低

SKILL.md:310-311

Promotional Steering to External Platform

SKILL.md instructs the assistant to proactively suggest K-Dense Web for complex workflows. This is not malware, but it can steer marketplace users toward an external service beyond the requested Ensembl database task.

The instruction is explicit and located in the skill text. It is promotional behavior rather than a direct security exploit, so severity is low.

风险因素

🌐 网络访问 (34)

⚙️ 外部命令 (31)

审计者: claude 查看审计历史 →

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[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-ensembl-database/security.svg)](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-ensembl-database?utm_source=security_passport_badge)

HTML 徽章

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嵌入卡片

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学术引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA 引用

K-Dense-AI. (2026). ensembl-database security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-ensembl-database/audits/9

BibTeX 引用

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-ensembl-database-2026,
  author = {K-Dense-AI},
  title = {ensembl-database security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-ensembl-database/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "ensembl-database security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-09"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-ensembl-database/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:k-dense-ai-ensembl-database:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

比较变体

2 个可安装变体

每位作者的技能都保持为独立的可安装项。推荐变体按 Skillstore 证据排序。

为什么此变体排名第一

Skillstore 评分最高

作者 / 来源 Skillstore 评分证据置信度 Skillstore 使用量已更新

davila7 推荐

davila7-ensembl-database

Skillstore 评分 80

证据置信度高

Skillstore 使用量 10

已更新

2026-09-09

K-Dense-AI 当前

k-dense-ai-ensembl-database

Skillstore 评分 75

证据置信度高

Skillstore 使用量 11

已更新

2026-09-09

Skillstore 评分

评分依据证据置信度: 高

架构

可维护性

内容

社区

规范符合性

你能构建什么

注释基因列表

将基因符号解析为 Ensembl IDs、坐标、转录本和外部数据库引用。

研究变异后果

按 rsID 或 HGVS 表示法查询变异，并总结来自 Ensembl VEP 的预测影响。

跨物种比较基因

查找直系同源基因、检索序列，并为模式生物准备比较基因组学摘要。

试试这些提示

查找基因

使用 Ensembl 查询人类中的 TP53。返回 Ensembl ID、基因组位置、描述和主要转录本信息。

检索序列

使用人类 BRCA2 的 Ensembl gene ID 检索其基因组序列。说明所使用的序列类型和组装版本。

分析变异

使用 Ensembl VEP 分析人类中的 rs699。总结预测后果、受影响基因，以及可用的人群频率字段。

构建比较基因组学工作流

查找人类 BRCA2 的小鼠直系同源基因，检索其 Ensembl IDs，比较可用的序列信息，并概述下一步分析步骤。

最佳实践

在每个请求中指定物种、基因组组装和标识符类型。
对大型基因或变异列表使用批量 endpoints 和缓存。
当结果用于支持发表时，记录 Ensembl release 或组装版本。

避免

将 VEP 预测视为最终临床解释。
在未进行映射的情况下混用 GRCh37 和当前组装坐标。
在没有速率限制处理的情况下发送大量单项请求。

常见问题

Ensembl 是什么？

Ensembl 是来自 EMBL-EBI 的公共基因组数据库，提供注释、序列、变异和比较基因组学数据。

此技能是否需要互联网访问？

是。它查询公共 Ensembl REST API 和相关文档资源。

它可以分析变异吗？

可以。它可以查询变异，并使用 Ensembl VEP endpoints 来总结预测后果。

它可以处理较旧的基因组组装吗？

可以。该技能记录了 GRCh37 访问以及组装之间的坐标映射。

它是否仅限于人类数据？

不是。Ensembl 支持许多物种，并且该技能包含跨物种直系同源工作流。

它能取代生物信息学审查吗？

不能。它会检索并组织 Ensembl 数据，但科学或临床结论需要专家审查。

开发者详情

作者

K-Dense-AI

许可证

Unknown

Skillstore 修订

版本提示

作者未声明版本。

仓库

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/ensembl-database

引用

1ffa7643651792ccb4bd3b15d924d2c97edff755

维护新鲜度

2026/7/26

使用量

8 次下载 · 214 次浏览

文件结构

📁 references/

📄 api_endpoints.md

📁 scripts/

📄 ensembl_query.py

📄 evaluation.json

查询 NCBI Gene 数据

由 davila7

基因查询通常需要反复调用 NCBI API，并仔细设置物种过滤条件。此技能提供用于搜索、获取和批量处理基因注释的脚本与工作流。

研究与学习查看

ensembl-database

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你能构建什么

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研究变异后果

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最佳实践

避免

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