技能 gene-database

📦

gene-database

Name: gene-database
Author: davila7

内容修订 r1 安全 🌐 网络访问🔑 环境变量📁 文件系统访问⚙️ 外部命令

查询 NCBI Gene 数据

基因查询通常需要反复调用 NCBI API，并仔细设置物种过滤条件。此技能提供用于搜索、获取和批量处理基因注释的脚本与工作流。

支持: Claude Codex Code(CC)

🥉 79 青铜

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智能体请求

Review the Skillstore skill "gene-database" from https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-gene-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

你的智能体仍应展示其计划，并按安全策略请求必要确认。

Agent 可读资源

当 AI Agent、爬虫或脚本需要干净上下文，而不是读取完整页面时，请使用这些链接。

Markdown 详情 GET /skills/davila7-gene-database.md 已签名 manifest GET /api/skills/davila7-gene-database/manifest 已签名 lockfile GET /api/skills/davila7-gene-database/lockfile

测试它

正在使用“gene-database”。在人类中查找 BRCA1。

预期结果:

一份简洁的基因摘要，包含 Gene ID 672、符号 BRCA1、物种 Homo sapiens、染色体 17 和图谱位置。

正在使用“gene-database”。注释一组人类肿瘤学基因。

预期结果:

一份可直接制表的摘要，描述每个匹配的基因、未匹配的符号以及任何查询错误。

正在使用“gene-database”。获取 TP53 的详细信息。

预期结果:

一段结构化叙述，涵盖别名、染色体位置、基因类型和转录本示例。

安全审计

安全

v14 • 2026/7/9 打开版本化报告

The executable scripts make intended outbound requests to NCBI Gene APIs and one batch workflow can write results to a user-selected file. API-key and command-execution alerts are false positives from parameter names, placeholders, and Markdown examples; no hardcoded secrets, environment access, prompt injection, or hidden system reconnaissance was found.

已扫描文件

1,837

分析行数

复核项

已忽略误报

能力复核项 (19)

这些是真实的本地能力，对此技能可能是预期行为，因此需要复核，但不会按已确认恶意行为计分。

中

scripts/batch_gene_lookup.py:287

Python file write/append

with open(args.output, 'w') as f:

batch_gene_lookup.py writes JSON results to args.output supplied on the command line. This is intended output behavior, but an unsafe path could overwrite an arbitrary local file.

低

scripts/batch_gene_lookup.py:14

Python HTTP libraries

import urllib.request

This executable script performs outbound HTTPS requests to NCBI public gene APIs using user-provided gene IDs or search terms. The behavior is intended, but it can disclose queries and optional API keys to an external service.

低

scripts/batch_gene_lookup.py:78

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

低

scripts/batch_gene_lookup.py:131

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

低

scripts/batch_gene_lookup.py:53

Hardcoded URL

base_url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/"

低

scripts/batch_gene_lookup.py:109

Hardcoded URL

base_url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/"

低

scripts/fetch_gene_data.py:13

Python HTTP libraries

import urllib.request

低

scripts/fetch_gene_data.py:74

Python HTTP libraries

req = urllib.request.Request(url, headers=headers)

低

scripts/fetch_gene_data.py:75

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(req) as response:

低

scripts/fetch_gene_data.py:112

Python HTTP libraries

req = urllib.request.Request(url, headers=headers)

低

scripts/fetch_gene_data.py:113

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(req) as response:

低

scripts/fetch_gene_data.py:146

Python HTTP libraries

req = urllib.request.Request(url, data=data, headers=headers, method='POST')

低

scripts/fetch_gene_data.py:147

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(req) as response:

低

scripts/fetch_gene_data.py:17

Hardcoded URL

DATASETS_API_BASE = "https://api.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/v2alpha/gene"

低

scripts/query_gene.py:14

Python HTTP libraries

import urllib.request

低

scripts/query_gene.py:48

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

低

scripts/query_gene.py:88

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

低

scripts/query_gene.py:123

Python HTTP libraries

with urllib.request.urlopen(url) as response:

低

scripts/query_gene.py:19

Hardcoded URL

BASE_URL = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/"

风险因素

🌐 网络访问 (39)

🔑 环境变量 (50)

📁 文件系统访问 (1)

scripts/batch_gene_lookup.py:287

⚙️ 外部命令 (22)

审计者: codex 查看审计历史 →

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HTML 徽章

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嵌入卡片

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-gene-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

学术引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA 引用

davila7. (2026). gene-database security audit report (audit version 14) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database/audits/14

BibTeX 引用

@techreport{davila7-davila7-gene-database-2026,
  author = {davila7},
  title = {gene-database security audit report (audit version 14)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {14},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database/audits/14},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "gene-database security audit report (audit version 14)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-09"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-gene-database/audits/14"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-gene-database:audit:14"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

比较变体

2 个可安装变体

每位作者的技能都保持为独立的可安装项。推荐变体按 Skillstore 证据排序。

为什么此变体排名第一

Skillstore 评分最高

作者 / 来源 Skillstore 评分证据置信度 Skillstore 使用量已更新

davila7 推荐当前

davila7-gene-database

Skillstore 评分 79

证据置信度高

Skillstore 使用量 11

已更新

2026-09-09

K-Dense-AI

k-dense-ai-gene-database

Skillstore 评分 38

证据置信度中

Skillstore 使用量 10

已更新

2026-09-09

Skillstore 评分

评分依据证据置信度: 高

架构

可维护性

内容

社区

规范符合性

你能构建什么

注释疾病基因列表

搜索疾病术语并检索基因标识符、描述、物种、染色体和图谱位置。

验证基因面板

在流程分析、报告或发表用表格之前，批量检查基因符号或 ID。

比较模式生物

在受支持的分类单元中查询同一基因，并比较标识符、别名和基因组位置。

试试这些提示

搜索单个基因

使用 gene-database skill 在人类中搜索 BRCA1。总结 Gene ID、符号、描述、物种和染色体。

按 Gene ID 获取

使用 NCBI Datasets workflow 获取 Gene ID 672。返回包含别名、位置和转录本的可读摘要。

注释一个面板

对人类中的 BRCA1、TP53、EGFR 和 KRAS 使用批量查询。包括状态、Gene ID、符号、物种和图谱位置。

设计通路查询

规划一次针对小鼠凋亡基因的 NCBI Gene 搜索。包括查询术语、速率限制和用于下游分析的输出字段。

最佳实践

为每次符号搜索指定物种。
在精确性很重要时使用 Gene ID。
缓存重复结果并遵循 NCBI 速率限制。

避免

不要将基因注释视为临床指导。
不要在没有限速控制的情况下批量处理大型列表。
不要将私有 API key 粘贴到共享对话记录或日志中。

常见问题

此技能需要 API key 吗？

不需要。NCBI API keys 是可选的，但它们可以提高较大工作负载的请求限制。

它使用哪些 API？

它记录并提供了 NCBI E-utilities 和 NCBI Datasets Gene API 的脚本。

它可以一次处理多个基因吗？

可以。批处理脚本接受逗号分隔的 Gene ID 或包含基因符号的文件。

它提供医学解读吗？

不可以。它检索参考基因数据，不应作为医疗建议使用。

支持哪些输出格式？

脚本可以打印可读摘要或用于下游工具的 JSON 输出。

哪些 AI 工具可以使用它？

技能元数据列出了对 Claude、Codex 和 Claude Code 的支持。

开发者详情

作者

davila7

许可证

MIT

Skillstore 修订

版本提示

作者未声明版本。

仓库

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/gene-database

引用

b959ebfd1043a07c0c4378ab94ca4342cb0259f5

维护新鲜度

2026/7/21

使用量

7 次下载 · 213 次浏览

文件结构

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 common_workflows.md

📁 scripts/

📄 batch_gene_lookup.py

📄 fetch_gene_data.py

📄 query_gene.py

📄 SKILL.md