Навыки reactome-database
📦

reactome-database

Ревизия содержимого r1 Безопасно 🌐 Доступ к сети📁 Доступ к файловой системе⚙️ Внешние команды

Анализ путей Reactome

Анализ путей требует точных endpoints Reactome и допустимых форматов данных. Этот навык помогает Claude, Codex и Claude Code выполнять запросы, обогащение и интерпретацию результатов.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)
🥉 79 Бронза

Установить с помощью моего Агента

Скопируйте этот запрос в своего Агента. Он содержит каноническую страницу Skill и манифест.

Запрос агента
Review the Skillstore skill "reactome-database" from https://skillstore.io/skills/davila7-reactome-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-reactome-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

Ваш Агент по-прежнему должен показать план и запросить все подтверждения, требуемые политикой безопасности.

Ресурсы для AI-агентов

Используйте эти ссылки, когда AI-агенту, crawler или script нужен чистый контекст вместо полной страницы.

Протестировать

Использование «reactome-database». Список символов генов, связанных с раком, для анализа обогащения.

Ожидаемый результат:

Ранжированное обобщение путей с названиями путей, идентификаторами, значениями p-value, значениями FDR, совпавшими сущностями и ссылкой браузера.

Использование «reactome-database». Стабильный идентификатор Reactome, такой как R-HSA-69278.

Ожидаемый результат:

Профиль пути на естественном языке с названием, видом, schema class, участвующими молекулами и связанными реакциями.

Использование «reactome-database». Идентификаторы генов мыши, для которых требуется проекция на человеческие пути.

Ожидаемый результат:

Workflow проекции, объясняющий endpoint, формат отправляемых данных, обработку токенов и шаги интерпретации.

Аудит безопасности

Безопасно

Confirmed findings are limited to expected Reactome network access and controlled result-file writes. The high device-file alerts are false positives from Reactome documentation URLs, and the command-execution alerts are Markdown formatting matches. No prompt injection or malicious intent was found in the reviewed files.

3
Просканировано файлов
1,026
Проанализировано строк
49
Пункты проверки
0
Ложные срабатывания проигнорированы
Пункты проверки возможностей (49)

Это реальные локальные возможности, которые могут ожидаться для этого навыка, поэтому они требуют проверки, но не считаются подтверждённым вредоносным поведением.

Средний
Python file write/append
with open(output_file, "w") as f:
The API reference includes a runnable example that writes analysis results to an output file. It is legitimate documentation, but it still models filesystem write behavior.
Средний
Python file write/append
with open(output_file, 'w') as f:
The helper script writes full analysis results to a path derived from the input filename. This is intentional output, but it can overwrite files if the derived path collides.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.get("https://reactome.org/ContentService/data/database/version")
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.get("https://reactome.org/ContentService/data/query/R-HSA-69278")
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.get("https://reactome.org/ContentService/data/query/R-HSA-69278/displayName")
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.get(
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.get(
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.post(
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.get(f"https://reactome.org/AnalysisService/token/{token}")
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
result = requests.get(f"https://reactome.org/AnalysisService/token/{token}")
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.post(
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.post(
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Hardcoded URL
response = requests.get("https://reactome.org/ContentService/data/database/version")
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
response = requests.get("https://reactome.org/ContentService/data/query/R-HSA-69278")
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
response = requests.get("https://reactome.org/ContentService/data/query/R-HSA-69278/displayName")
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
"https://reactome.org/ContentService/data/event/R-HSA-69278/participatingPhysicalEntities"
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
"https://reactome.org/ContentService/data/query",
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
"https://reactome.org/AnalysisService/identifiers/",
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
response = requests.get(f"https://reactome.org/AnalysisService/token/{token}")
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
result = requests.get(f"https://reactome.org/AnalysisService/token/{token}")
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
"https://reactome.org/AnalysisService/identifiers/projection/",
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
"https://reactome.org/AnalysisService/identifiers/",
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
url = f"https://reactome.org/PathwayBrowser/#{top_pathway['stId']}&DTAB=AN&ANALYSIS={token}"
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.get(f"{self.CONTENT_BASE}/data/database/version")
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.get(f"{self.CONTENT_BASE}/data/query/{pathway_id}")
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.get(
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.get(
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.post(
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.get(f"{self.ANALYSIS_BASE}/token/{token}")
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Hardcoded URL
CONTENT_BASE = "https://reactome.org/ContentService"
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
ANALYSIS_BASE = "https://reactome.org/AnalysisService"
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
url = f"https://reactome.org/PathwayBrowser/#{top_pathway}&DTAB=AN&ANALYSIS={token}"
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.get("https://reactome.org/ContentService/data/database/version")
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.get(f"https://reactome.org/ContentService/data/query/{entity_id}")
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.get(
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.post(
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.get(f"https://reactome.org/AnalysisService/token/{token}")
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.post(
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Python HTTP libraries
response = requests.post(
This is intentional Reactome API access for pathway lookup or analysis. It is a real low-severity network risk because identifiers or analysis data may leave the workspace for reactome.org.
Низкий
Hardcoded URL
**API Base URL:** `https://reactome.org/ContentService`
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
**API Base URL:** `https://reactome.org/AnalysisService`
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
response = requests.get("https://reactome.org/ContentService/data/database/version")
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
response = requests.get(f"https://reactome.org/ContentService/data/query/{entity_id}")
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
f"https://reactome.org/ContentService/data/event/{event_id}/participatingPhysicalEntities"
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
"https://reactome.org/AnalysisService/identifiers/",
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
response = requests.get(f"https://reactome.org/AnalysisService/token/{token}")
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
"https://reactome.org/AnalysisService/identifiers/",
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
"https://reactome.org/AnalysisService/identifiers/projection/",
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.
Низкий
Hardcoded URL
url = f"https://reactome.org/PathwayBrowser/#{pathway_id}&DTAB=AN&ANALYSIS={token}"
This hardcoded URL points to Reactome API or Pathway Browser services used by the skill. It is expected behavior, but still confirms an external network dependency.

Факторы риска

🌐 Доступ к сети (50)
📁 Доступ к файловой системе (4)
⚙️ Внешние команды (33)
Поделиться и цитировать этот отчет

Делитесь версионным отчетом об оценке, нейтральным значком, встраиваемой карточкой и цитатами. Skillstore публикует доказательства, не решая, безопасен ли этот Skill.

Открыть версионный отчет
Оценка безопасности

Копировать ссылку на отчёт

https://skillstore.io/skills/davila7-reactome-database/audits/14?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Значок Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-reactome-database/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-reactome-database?utm_source=security_passport_badge)

Значок HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-reactome-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-reactome-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

Встраиваемая карточка

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-reactome-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>
Академические ссылки (APA · BibTeX · CFF)

Цитата APA

davila7. (2026). reactome-database security audit report (audit version 14) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-reactome-database/audits/14

Цитата BibTeX

@techreport{davila7-davila7-reactome-database-2026, author = {davila7}, title = {reactome-database security audit report (audit version 14)}, institution = {Skillstore}, year = {2026}, number = {14}, url = {https://skillstore.io/skills/davila7-reactome-database/audits/14}, note = {Author version unspecified} }

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0 message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report." title: "reactome-database security audit report (audit version 14)" version: "unspecified" type: report authors: - name: "davila7" date-released: "2026-07-09" url: "https://skillstore.io/skills/davila7-reactome-database/audits/14" identifiers: - type: other value: "skillstore:davila7-reactome-database:audit:14" description: "Skillstore immutable audit report identifier"

Сравнить варианты

2 устанавливаемых вариантов

Навык каждого автора остаётся отдельным устанавливаемым вариантом. Рекомендуемый вариант ранжируется по данным Skillstore.

Почему этот вариант первый

Самая высокая оценка Skillstore
davila7 Рекомендуется Текущий

davila7-reactome-database

Оценка Skillstore 79
Достоверность доказательств Высокий
Использование в Skillstore 10
Обновлено

2026-09-09

k-dense-ai-reactome-database

Оценка Skillstore 50
Достоверность доказательств Высокий
Использование в Skillstore 13
Обновлено

2026-09-09

Оценка Skillstore

Почему такая оценка Достоверность доказательств: Высокий
64
Архитектура
85
Сопровождаемость
87
Контент
70
Сообщество
83
Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Интерпретация обогащения списка генов

Запустите workflow анализа сверхпредставленности Reactome и обобщите значимые пути со значениями p-value и FDR.

Изучение состава пути

Найдите путь Reactome и обобщите участвующие белки, комплексы, реакции и контекст вида.

Создание воспроизводимых API workflow

Создайте повторяемые шаги REST API для запросов путей, проекции видов, повторного использования токенов и ссылок браузера.

Попробуйте эти промпты

Проверка версии базы данных
Используй навык базы данных Reactome, чтобы найти endpoint версии базы данных и объяснить ожидаемый результат.
Обобщение пути
Выполни запрос пути R-HSA-69278, используя рекомендации Reactome, и обобщи его название, вид, типы сущностей и релевантные молекулы.
Анализ обогащения генов
Проанализируй эти идентификаторы с помощью рекомендаций Reactome по анализу сверхпредставленности: TP53, BRCA1, EGFR, MYC, CDK1. Верни значимые пути и значения FDR.
Проектирование workflow проекции
Создай workflow Reactome для идентификаторов мыши, который проецирует результаты на человеческие пути, безопасно хранит токены и обобщает ссылки браузера.

Лучшие практики

  • Проверяйте списки генов на наличие конфиденциальных или неопубликованных данных перед отправкой в Reactome.
  • Кэшируйте токены анализа только в утвержденном хранилище проекта и удаляйте их, когда они больше не нужны.
  • Используйте пакетную отправку и фильтруйте результаты по FDR перед интерпретацией биологической значимости.

Избегать

  • Не отправляйте данные, полученные от пациентов, или ограниченные наборы данных без разрешения.
  • Не считайте обогащение путей доказательством причинно-следственной связи без биологической валидации.
  • Не запускайте helper script для пути к файлу без четкого плана вывода.

Часто задаваемые вопросы

С чем помогает этот навык?
Он помогает выполнять запросы к путям Reactome, запускать анализ обогащения, картировать идентификаторы и интерпретировать результаты Pathway Browser.
Требуется ли доступ к интернету?
Да. Live-запросы путей и запросы анализа требуют сетевого доступа к reactome.org.
Может ли он анализировать данные экспрессии?
Да. Руководство объясняет требования Reactome к TSV-входным данным для анализа экспрессии.
Может ли он картировать идентификаторы не человека?
Да. В нем документированы projection endpoints для картирования идентификаторов на человеческие пути.
Включает ли он исполняемый код?
Да. Он включает Python helper script для распространенных команд запросов и анализа Reactome.
Какие данные пользователям следует избегать отправлять?
Пользователям не следует отправлять ограниченные, полученные от пациентов или неопубликованные биологические данные без одобрения.

Сведения для разработчиков

Автор

davila7

Лицензия

MIT

Ревизия Skillstore

r1

Примечание о версии

Автор не указал версию.

Ссылка

b959ebfd1043a07c0c4378ab94ca4342cb0259f5

Актуальность поддержки

23.07.2026

Использование

8 загрузок · 213 просмотров

Структура файлов

Больше от davila7

Показать все
📦

content-creator

87

Создавайте маркетинговый контент, готовый для SEO

Маркетинговым командам нужен понятный контент, который соответствует голосу бренда и поисковым целям. Этот навык предоставляет шаблоны, скрипты анализа и рекомендации по платформам для повторяемого производства контента.

Письмо и контент Просмотр
📦

treatment-plans

86

Создание структурированных планов медицинского лечения

Клинические планы лечения часто оказываются непоследовательными, слишком объемными или сложными для проверки. Этот навык предоставляет специализированные шаблоны, измеримые цели, временные рамки и локальные средства контроля качества.

Документация Просмотр
📦

clinical-reports

86

Создание структурированных клинических отчетов

Клиническим командам нужны понятные отчеты, соответствующие медицинским и регуляторным стандартам. Этот навык предоставляет шаблоны, чек-листы и рекомендации по валидации для описаний клинических случаев, диагностических отчетов, исследований и заметок о пациентах.

Документация Просмотр
📦

exploratory-data-analysis

85

Анализ файлов научных данных

Файлы научных данных сложно исследовать, поскольку каждый формат по-разному хранит структуру и метаданные. Этот навык определяет форматы, оценивает качество данных и создает практические отчеты по разведочному анализу данных в формате markdown.

Данные и аналитика Просмотр
📦

diffdock

85

Запуск рабочих процессов молекулярного докинга DiffDock

Настройка молекулярного докинга часто завершается неудачей, поскольку сложно согласовать входные данные, параметры и оценки уверенности. Этот навык помогает выполнять рабочие процессы DiffDock от подготовки до анализа результатов.

Исследования и обучение Просмотр
Показать все
📦

bioservices

79

Запросы к биоинформационным сервисам с помощью BioServices

от K-Dense-AI

Биоинформационная работа часто требует отдельных API для белков, путей, соединений и идентификаторов. Этот навык помогает Claude, Codex и Claude Code планировать рабочие процессы BioServices в основных публичных базах данных.

Исследования и обучение Просмотр
📦

opentargets-database

76

Анализ доказательных данных Open Targets

от K-Dense-AI

Командам по разработке лекарств нужен быстрый доступ к данным о мишенях и заболеваниях. Этот skill выполняет запросы к Open Targets и помогает интерпретировать доказательные данные для исследовательских решений.

Исследования и обучение Просмотр
📦

openclaw-medical-skills

74

Маршрутизация рабочих процессов биомедицинских исследований

от Yuan1z0825

Биомедицинские и клинические задачи часто требуют правильной базы данных, рабочего процесса и границ безопасности. Этот навык направляет запросы через крупный индекс медицинских возможностей и добавляет стандарты доказательности, конфиденциальности и воспроизводимости.

Исследования и обучение Просмотр
📦

pdb-database

73

Поиск структур PDB для исследований

от K-Dense-AI

Работа в структурной биологии часто требует быстрого доступа к публичным структурам белков и нуклеиновых кислот. Этот skill помогает Claude, Codex и Claude Code выполнять поиск в RCSB PDB, получать метаданные и загружать координатные файлы.

Исследования и обучение Просмотр
📦

etetoolkit

72

Анализ филогенетических деревьев с ETE

от K-Dense-AI

Работа с филогенетическими деревьями часто требует преобразования форматов, поиска по таксономии, анализа событий и понятных рисунков. Этот навык направляет Claude, Codex и Claude Code в рабочих процессах ETE и вспомогательных скриптах.

Исследования и обучение Просмотр
📦

drugbank-database

71

Анализ исследовательских данных DrugBank

от K-Dense-AI

Данные DrugBank сложно загружать, разбирать и использовать в исследовательских рабочих процессах. Этот навык помогает выполнять структурированные запросы, проверки взаимодействий, анализ мишеней и рабочие процессы с химическими свойствами.

Исследования и обучение Просмотр