reactome-database
Запрос путей Reactome и выполнение анализа обогащения
Également disponible depuis: K-Dense-AI
Исследование биологических путей требует поиска по нескольким базам данных и выполнения статистического анализа. Этот навык обеспечивает прямой доступ к REST API базы данных Reactome для анализа обогащения путей, сопоставления генов и путей, а также запросов молекулярных взаимодействий.
Télécharger le ZIP du skill
Importer dans Claude
Allez dans Paramètres → Capacités → Skills → Importer un skill
Activez et commencez à utiliser
Tester
Utilisation de "reactome-database". Analyze these genes: TP53, BRCA1, EGFR, MYC
Résultat attendu:
- Pathway: Cell Cycle, Mitotic (R-HSA-69278)
- Found: 15/450 entities, p-value: 0.000023, FDR: 0.00156
- Pathway: DNA Damage Response (R-HSA-69594)
- Found: 8/120 entities, p-value: 0.00045, FDR: 0.0182
- View results: https://reactome.org/PathwayBrowser#R-HSA-69278&DTAB=AN&ANALYSIS=...
Utilisation de "reactome-database". Search for pathways related to apoptosis
Résultat attendu:
- R-HSA-109581: Apoptosis (Human)
- R-HSA-937041: Intrinsic Pathway for Apoptosis
- R-HSA-75153: Extrinsic Pathway for Apoptosis
- R-HSA-418457: Regulation of Apoptosis
Audit de sécurité
Risque faibleLegitimate bioinformatics skill for querying Reactome pathway database. Network access is limited to official Reactome API endpoints (reactome.org). Filesystem access is restricted to user-specified gene list files and result outputs only. No credential or environment variable access. Static scanner detected documentation examples as code execution (false positives).
Facteurs de risque
🌐 Accès réseau (2)
📁 Accès au système de fichiers (2)
Score de qualité
Ce que vous pouvez construire
Идентификация обогащенных путей
Отправка списков генов из экспериментов дифференциальной экспрессии для поиска статистически обогащенных биологических путей.
Межвидовой анализ
Сопоставление идентификаторов генов нечеловеческого происхождения с человеческими путями с использованием проекции видов для сравнительных исследований.
Визуализация путей
Генерация URL-адресов браузера с токенами анализа для визуализации результатов в интерфейсе Pathway Browser Reactome.
Essayez ces prompts
Используйте навык reactome-database для запроса пути R-HSA-69278 и показа его описания, вида и участвующих сущностей.
Выполните анализ обогащения путей для этих генов: TP53, BRCA1, EGFR, MYC, CDK1. Покажите значимые пути со значениями FDR.
Найдите в Reactome пути, связанные с гликолизом. Перечислите топ-5 результатов с их идентификаторами и описаниями.
Проанализируйте данные экспрессии генов из моего TSV-файла. Какие пути статистически обогащены (FDR < 0,05)?
Bonnes pratiques
- Отправляйте списки генов в виде простых текстовых файлов с одним идентификатором на строку для надежной обработки
- Сохраняйте токены анализа для повторного получения результатов без повторной отправки списков генов
- Фильтруйте результаты по FDR < 0,05, чтобы сосредоточиться на статистически значимых путях
Éviter
- Отправка идентификаторов по одному вместо их объединения в пакеты
- Игнорирование видовых различий при анализе списков генов нечеловеческого происхождения
- Отсутствие проверки на сбои сопоставления, когда идентификаторы не найдены в Reactome