Навыки etetoolkit
🧬

etetoolkit

Безопасно 📁 Доступ к файловой системе⚙️ Внешние команды

Анализируйте филогенетические деревья с помощью инструментария ETE

Также доступно от: davila7

Инструментарий ETE упрощает филогенетический анализ для исследований в области эволюционной биологии. Обрабатывайте данные деревьев, выявляйте эволюционные события и создавайте визуализации, готовые к публикации.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)
🥈 77 Серебро
1

Скачать ZIP навыка

2

Загрузить в Claude

Перейдите в Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

Включите и начните использовать

Протестировать

Использование «etetoolkit». Load tree and show basic statistics

Ожидаемый результат:

  • Tree loaded successfully from 'example.nw'
  • Basic statistics:
  • - Number of leaves: 25
  • - Total nodes: 49
  • - Tree depth: 8
  • - Total branch length: 2.45
  • - Root: Node001
  • Tree appears to be bifurcating with good resolution

Использование «etetoolkit». Find orthologs for human gene

Ожидаемый результат:

  • Orthologs of human_gene1:
  • - Mouse: mouse_gene1a, mouse_gene1b
  • - Chimpanzee: chimpanzee_gene1
  • - Gorilla: gorilla_gene1
  • - Orangutan: orangutan_gene1
  • Duplication events detected: 2
  • Speciation events detected: 4

Использование «etetoolkit». Create circular visualization

Ожидаемый результат:

  • Tree visualization created: 'phylogeny_circular.pdf'
  • Layout: Circular mode (360 degrees)
  • Leaf coloring: By taxonomic group
  • Support highlighting: Values >0.9 in green
  • Image size: 1200x1200 pixels, 300 DPI

Аудит безопасности

Безопасно
v4 • 1/17/2026

The skill is a legitimate scientific bioinformatics tool. All 434 static findings are false positives. The 'Ruby/shell backtick' detections are markdown code block delimiters, not command execution. 'External commands' flagged are documentation examples for package installation. 'Weak cryptographic' findings are misidentified scientific function names. The Python scripts (tree_operations.py, quick_visualize.py) contain standard tree manipulation utilities with no security risks.

7
Просканировано файлов
3,454
Проанализировано строк
2
находки
4
Всего аудитов

Факторы риска

📁 Доступ к файловой системе (1)
SKILL.md:379
⚙️ Внешние команды (2)
SKILL.md:371 SKILL.md:54-68
Проверено: claude Посмотреть историю аудитов →

Оценка качества

68
Архитектура
100
Сопровождаемость
87
Контент
29
Сообщество
100
Безопасность
78
Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Идентифицировать ортологи по геновым деревьям

Анализируйте геновые деревья, чтобы находить ортологичные гены между видами для исследований сравнительной геномики.

Визуализировать филогенетические отношения

Создавайте готовые к публикации фигуры, показывающие эволюционные отношения, с пользовательским стилем и аннотациями.

Программно обрабатывать наборы деревьев

Пакетно обрабатывайте сотни филогенетических деревьев для крупномасштабных эволюционных анализов.

Попробуйте эти промпты

Загрузка и исследование дерева 
Load the phylogenetic tree from 'tree.nw' and display basic statistics including number of leaves, total nodes, and tree depth.
Найти ортологи 
Analyze this gene tree to identify orthologs of 'human_gene1' and create a table showing orthologous genes in each species.
Создать визуализацию 
Create a circular tree visualization with species names colored by taxonomy group and bootstrap values >0.9 highlighted in green.
Пакетно обработать деревья 
Process all .nw files in the directory: midpoint root each tree, remove branches with <0.5 support, and save as 'processed_[filename].nw'

Лучшие практики

  • Используйте класс PhyloTree для анализа геновых деревьев с выявлением эволюционных событий
  • Сохраняйте длины ветвей при прореживании деревьев, чтобы поддерживать филогенетическую точность
  • Используйте векторные форматы (PDF/SVG) для публикационных фигур, чтобы обеспечить масштабируемость

Избегать

  • Использование Tree вместо PhyloTree для анализа геновых семейств и эволюции
  • Рендеринг растровых изображений для публикаций вместо векторных форматов
  • Загрузка целых больших деревьев в память, когда итераторы могут снизить использование памяти

Часто задаваемые вопросы

Какие форматы файлов поддерживает ETE?
ETE поддерживает форматы Newick, NHX, PhyloXML и NeXML для операций ввода и вывода деревьев.
Как установить зависимости для визуализации?
Install PyQt5: sudo apt-get install python3-pyqt5 on Ubuntu, or brew install qt@5 on macOS.
Почему загрузка NCBI taxonomy занимает так много времени?
Первая загрузка составляет примерно 300MB. База данных кешируется локально и загружается только один раз.
Как обрабатывать очень большие деревья?
Используйте методы-итераторы, такие как iter_leaves(), вместо get_leaves(), чтобы существенно снизить потребление памяти.
В чем разница между классами Tree и PhyloTree?
PhyloTree расширяет Tree методами для эволюционного анализа, сопоставления генов/видов и выявления событий.
Как раскрасить ветви дерева по значениям поддержки?
Используйте NodeStyle с условным окрашиванием на основе значений node.support в пользовательской функции компоновки.

Сведения для разработчиков

Автор

K-Dense-AI

Лицензия

GPL-3.0 license

Репозиторий

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/etetoolkit

Ссылка

main

Структура файлов

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 visualization.md

📄 workflows.md

📁 scripts/

📄 quick_visualize.py

📄 tree_operations.py

📄 SKILL.md