🧬

pdb-database

Name: pdb-database
Author: K-Dense-AI

Безопасно ⚙️ Внешние команды🌐 Доступ к сети📁 Доступ к файловой системе

Поиск молекулярных структур в Protein Data Bank

Также доступно от: davila7

Получайте доступ к RCSB Protein Data Bank для поиска и загрузки 3D-структур белков и нуклеиновых кислот. Этот навык поддерживает исследования в структурной биологии, разработку лекарств и белковую инженерию, предоставляя программный доступ к более чем 200 000 экспериментально определённых и вычислительно смоделированных молекулярных структур.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)

📊 69 Адекватно

Скачать ZIP навыка

Загрузить в Claude

Перейдите в Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

Включите и начните использовать

Протестировать

Использование «pdb-database». Find structures similar to human hemoglobin

Ожидаемый результат:

Found 5 similar structures:
- 4HHB - Hemoglobin (1.74 Å, X-RAY DIFFRACTION, Homo sapiens)
- 1HHO - Hemoglobin (2.10 Å, X-RAY DIFFRACTION, Pan troglodytes)
- 1A3N - Hemoglobin (2.50 Å, X-RAY DIFFRACTION, Equus caballus)
Resolution range: 1.74 - 3.20 Å

Аудит безопасности

Безопасно

v4 • 1/17/2026

This is a legitimate scientific skill for accessing the public RCSB Protein Data Bank. All 232 static findings are false positives. The scanner misinterpreted markdown inline code formatting (backticks) as Ruby shell execution, protein amino acid sequences as Windows SAM database, generic substrings as cryptographic algorithms, and public scientific API endpoints as network threats.

Просканировано файлов

927

Проанализировано строк

находки

Всего аудитов

Факторы риска

⚙️ Внешние команды (115)

🌐 Доступ к сети (49)

📁 Доступ к файловой системе (3)

references/api_reference.md:407 SKILL.md:159 SKILL.md:165

Проверено: claude Посмотреть историю аудитов →

Оценка качества

Архитектура

100

Сопровождаемость

Контент

Сообщество

100

Безопасность

Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Найти комплексы лекарство-мишень

Ищите комплексы белок-лиганд, чтобы понять сайты связывания и спроектировать новые терапевтические препараты.

Сравнить структуры мутантов

Находите гомологичные структуры и анализируйте связи между последовательностью и структурой для дизайна белков.

Загрузить структуры для анализа

Получайте 3D-координаты для вычислительного анализа, визуализации и исследований на основе структуры.

Попробуйте эти промпты

Базовый поиск структуры

Find the PDB entry for hemoglobin and tell me its resolution and experimental method.

Поиск по последовательности

Find proteins with sequences similar to: MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVID

Фильтрация по качеству

Find all human protein structures with resolution better than 2.0 Angstroms determined by X-ray crystallography.

Пакетная загрузка

Download the PDB files for entries 4HHB, 1MBN, and 1GZX in mmCIF format.

Лучшие практики

Сначала используйте Search API, чтобы получить PDB ID, а затем запрашивайте подробные данные — это минимизирует количество вызовов API.
Внедряйте ограничение частоты с задержками между запросами, чтобы не упираться в лимиты API.
Кэшируйте часто запрашиваемые данные локально, чтобы снизить избыточные сетевые запросы.

Избегать

Выполнение отдельных вызовов API в цикле без задержек — это вызовет срабатывание лимитов.
Загрузка всей базы данных, когда нужны только конкретные записи.
Отсутствие проверки кодов статуса ответа API перед обработкой данных.

Часто задаваемые вопросы

В чем разница между форматами PDB и mmCIF?

PDB — это устаревший текстовый формат с ограничениями по колонкам. mmCIF — современный стандарт, который поддерживает большие структуры и больше метаданных.

Как разобрать загруженные файлы структур?

Используйте PDBParser из BioPython для файлов PDB или парсер mmCIF для формата mmCIF. Оба позволяют итерироваться по атомам и остаткам.

Какое разрешение считается хорошим для кристаллических структур?

Высокое разрешение — ниже 2.0 Å. Структуры между 2.0–3.0 Å — среднее качество. Выше 3.0 Å — низкое разрешение.

Как искать по белковой последовательности?

Используйте SequenceQuery с вашей аминокислотной последовательностью. Установите evalue_cutoff и identity_cutoff, чтобы отфильтровать результаты по сходству.

Что такое биологические сборки?

Биологические сборки представляют функциональную форму макромолекулы, которая может отличаться от кристаллографической асимметричной единицы.

Можно ли искать структуры с связанными лигандами?

Да, используйте AttributeQuery с rcsb_nonpolymer_entity_instance_container_identifiers.comp_id, чтобы найти структуры, содержащие конкретные лиганды, такие как ATP или heme.

Сведения для разработчиков

Автор

K-Dense-AI

Лицензия

MIT

Репозиторий

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pdb-database

Ссылка

main

Структура файлов

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 evaluation_result.json

📄 SKILL.md