📦

deeptools

Name: deeptools
Author: davila7

Ревизия содержимого r2 Высокий риск ⚙️ Внешние команды📁 Доступ к файловой системе

Анализ NGS-данных с помощью deepTools

NGS-процессы требуют тщательного выбора команд, нормализации и проверок качества. Этот skill направляет рабочие процессы deepTools для преобразования BAM, QC, сравнений и визуализаций.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)

⚠️ 38 Плохо

Остановитесь и запросите подтверждение перед установкой.

Проверьте план и получите явное согласие пользователя перед изменением файлов.

Установить с помощью моего Агента

Скопируйте этот запрос в своего Агента. Он содержит каноническую страницу Skill и манифест.

Запрос агента

Review the Skillstore skill "deeptools" from https://skillstore.io/skills/davila7-deeptools.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-deeptools/manifest. Verify the artifact. Stop and obtain explicit user consent before installing or changing files.

Ваш Агент по-прежнему должен показать план и запросить все подтверждения, требуемые политикой безопасности.

Ресурсы для AI-агентов

Используйте эти ссылки, когда AI-агенту, crawler или script нужен чистый контекст вместо полной страницы.

Markdown-детали GET /skills/davila7-deeptools.md Подписанный manifest GET /api/skills/davila7-deeptools/manifest Подписанный lockfile GET /api/skills/davila7-deeptools/lockfile

Протестировать

Использование «deeptools». Пользователь спрашивает, как сравнить два образца ChIP-seq с input-контролем.

Ожидаемый результат:

Ответ рекомендует сгенерировать coverage, выполнить log2-сравнение, вычислить матрицу вокруг генов или пиков и построить heatmap/profile-визуализацию.

Использование «deeptools». Пользователь спрашивает, какой метод нормализации подходит для треков покрытия RNA-seq.

Ожидаемый результат:

Ответ объясняет CPM для покрытия в браузере, RPKM для сводок с учетом длины генов и почему следует избегать удлинения ридов.

Использование «deeptools». Пользователь спрашивает, почему рабочий процесс deepTools медленный или требует много памяти.

Ожидаемый результат:

Ответ предлагает тестирование по регионам, более крупные bin, больше процессоров, предварительно отфильтрованные BAM-файлы и вывод bigWig там, где это уместно.

Аудит безопасности

Высокий риск

v9 • 23.07.2026 Открыть версионный отчет

Four generated Bash-template findings are confirmed because CLI values are embedded without shell escaping, enabling command injection when a workflow runs. The other 94 detections are documentation syntax, unrelated genomics text, or expected local output writes.

Просканировано файлов

2,773

Проанализировано строк

Пункты проверки

Ложные срабатывания проигнорированы

Подтверждённые проблемы безопасности (1)

Высокий

scripts/workflow_generator.py:40-44 scripts/workflow_generator.py:115-121 scripts/workflow_generator.py:234-236 scripts/workflow_generator.py:283-287

Shell Command Injection in Generated Workflows

CLI-supplied file and directory values are inserted into Bash templates without shell escaping. Shell syntax in a value executes when the generated script runs.

The argparse values flow directly into executable Bash variable assignments. Double quotes do not neutralize command substitution or an injected closing quote.

Пункты проверки возможностей (4)

Это реальные локальные возможности, которые могут ожидаться для этого навыка, поэтому они требуют проверки, но не считаются подтверждённым вредоносным поведением.

Высокий

scripts/workflow_generator.py:35

Unix shell invocation

script = f"""#!/bin/bash

This line starts a generated Bash workflow whose CLI-supplied paths are interpolated without shell escaping. Crafted values can inject commands when the generated workflow is executed.

Высокий

scripts/workflow_generator.py:110

Unix shell invocation

script = f"""#!/bin/bash

This line starts a generated Bash workflow whose CLI-supplied paths are interpolated without shell escaping. Crafted values can inject commands when the generated workflow is executed.

Высокий

scripts/workflow_generator.py:229

Unix shell invocation

script = f"""#!/bin/bash

This line starts a generated Bash workflow whose CLI-supplied paths are interpolated without shell escaping. Crafted values can inject commands when the generated workflow is executed.

Высокий

scripts/workflow_generator.py:278

Unix shell invocation

script = f"""#!/bin/bash

This line starts a generated Bash workflow whose CLI-supplied paths are interpolated without shell escaping. Crafted values can inject commands when the generated workflow is executed.

Факторы риска

⚙️ Внешние команды (50)

scripts/workflow_generator.py:35 scripts/workflow_generator.py:110 scripts/workflow_generator.py:229 scripts/workflow_generator.py:278 SKILL.md:38-40 SKILL.md:40-48 SKILL.md:48-60 SKILL.md:60-64 SKILL.md:64-68 SKILL.md:68-70 SKILL.md:70-80 SKILL.md:80-93 SKILL.md:93-105 SKILL.md:105-107 SKILL.md:107-113 SKILL.md:113-115 SKILL.md:115-119 SKILL.md:119-121 SKILL.md:121-127 SKILL.md:127-132 SKILL.md:132-134 SKILL.md:134-141 SKILL.md:141-145 SKILL.md:145-148 SKILL.md:148-151 SKILL.md:151-155 SKILL.md:155-160 SKILL.md:160-163 SKILL.md:163-166 SKILL.md:166-170 SKILL.md:170-174 SKILL.md:174-179 SKILL.md:179-187 SKILL.md:187-190 SKILL.md:190-193 SKILL.md:193-197 SKILL.md:197-201 SKILL.md:201-218 SKILL.md:218-226 SKILL.md:226-227 SKILL.md:227-228 SKILL.md:228-229 SKILL.md:229-230 SKILL.md:230-232 SKILL.md:232-239 SKILL.md:239-240 SKILL.md:240 SKILL.md:243-244 SKILL.md:244 SKILL.md:245

📁 Доступ к файловой системе (4)

scripts/workflow_generator.py:101 scripts/workflow_generator.py:220 scripts/workflow_generator.py:269 scripts/workflow_generator.py:355

Аудитор:: codex Посмотреть историю аудитов →

Поделиться и цитировать этот отчет

Делитесь версионным отчетом об оценке, нейтральным значком, встраиваемой карточкой и цитатами. Skillstore публикует доказательства, не решая, безопасен ли этот Skill.

Открыть версионный отчет

Копировать ссылку на отчёт

https://skillstore.io/skills/davila7-deeptools/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Значок Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-deeptools/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-deeptools?utm_source=security_passport_badge)

Значок HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-deeptools?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-deeptools/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

Встраиваемая карточка

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-deeptools.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

Академические ссылки (APA · BibTeX · CFF)

Цитата APA

davila7. (2026). deeptools security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-deeptools/audits/9

Цитата BibTeX

@techreport{davila7-davila7-deeptools-2026,
  author = {davila7},
  title = {deeptools security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-deeptools/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "deeptools security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-deeptools/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-deeptools:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

Сравнить варианты

2 устанавливаемых вариантов

Навык каждого автора остаётся отдельным устанавливаемым вариантом. Рекомендуемый вариант ранжируется по данным Skillstore.

Почему этот вариант первый

Больше использования в Skillstore

Автор / источник Оценка Skillstore Достоверность доказательств Использование в Skillstore Обновлено

K-Dense-AI Рекомендуется

k-dense-ai-deeptools

Оценка Skillstore 38

Достоверность доказательств Средний

Использование в Skillstore 14

Обновлено

2026-09-09

davila7 Текущий

davila7-deeptools

Оценка Skillstore 38

Достоверность доказательств Средний

Использование в Skillstore 10

Обновлено

2026-09-09

Оценка Skillstore

Почему такая оценка Достоверность доказательств: Средний

Архитектура

Сопровождаемость

Контент

Сообщество

Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Подготовить ChIP-seq QC

Создать план контроля качества с проверками correlation, PCA, coverage, размера фрагментов и fingerprint.

Создать треки покрытия

Выбрать настройки нормализации и преобразовать BAM-файлы в готовые для просмотра в браузере треки покрытия bigWig.

Визуализировать регуляторные регионы

Спроектировать команды computeMatrix, plotHeatmap и plotProfile для генов, пиков или пользовательских BED-регионов.

Попробуйте эти промпты

Выбрать рабочий процесс

У меня есть файлы NGS-выравнивания, и я хочу использовать deepTools. Задай мне минимально необходимые вопросы, затем порекомендуй лучший рабочий процесс.

Преобразовать BAM в bigWig

Создай команду deepTools bamCoverage для моего эксперимента. Объясни выбор метода нормализации, размера генома, размера bin и обработки дубликатов.

Спланировать ChIP-seq QC

Спроектируй рабочий процесс ChIP-seq QC для input и ChIP BAM-файлов. Включи результаты correlation, PCA, coverage, размера фрагментов и fingerprint.

Оптимизировать параметры визуализации

Проверь мой план computeMatrix и plotHeatmap для промоторных регионов. Предложи изменения параметров для сортировки, кластеризации, цветов и масштабирования.

Лучшие практики

Проверяйте индексы BAM, формат BED и совместимость сборки генома перед запуском команд deepTools.
Запускайте контроль качества перед рабочими процессами визуализации или сравнения, чтобы не интерпретировать некачественные входные данные.
Проверяйте сгенерированные shell-скрипты и заключайте необычные пути к файлам в кавычки перед их выполнением.

Избегать

Не сравнивайте образцы с несогласованными методами нормализации.
Не используйте удлинение ридов для покрытия RNA-seq через splice junctions.
Не запускайте сгенерированные рабочие процессы вслепую на недоверенных именах файлов или директориях.

Часто задаваемые вопросы

Какие типы данных поддерживает этот skill?

Он поддерживает рабочие процессы deepTools для файлов BAM, bigWig и BED, используемых в распространенных NGS-анализах.

Может ли он установить deepTools за меня?

Он может предложить команды установки, но пользователь должен самостоятельно установить зависимости и управлять ими в своей среде.

Генерирует ли он исполняемые скрипты рабочих процессов?

Да. Включенный генератор создает шаблоны bash-рабочих процессов, которые следует проверить перед выполнением.

Какие эксперименты охвачены?

Рекомендации охватывают ChIP-seq, RNA-seq coverage, ATAC-seq, MNase-seq и похожие процессы секвенирования.

Может ли он интерпретировать QC-графики?

Он может объяснить ожидаемые паттерны и предупреждающие признаки, но окончательная интерпретация зависит от эксперимента и сырых результатов.

Безопасен ли он для чувствительных данных?

Этот skill не требует доступа к сети, но сгенерированные команды могут обрабатывать локальные исследовательские файлы. Сначала проверьте пути и результаты.