Навыки ensembl-database
🧬

ensembl-database

Безопасно 🌐 Доступ к сети⚙️ Внешние команды

Запрос к базе данных генома Ensembl

Также доступно от: davila7

Запрос REST API базы данных генома Ensembl для получения данных о геноме позвоночных. Поиск генов, получение последовательностей, анализ вариантов с помощью VEP, и сравнительная геномика более чем для 250 видов.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)
🥉 76 Бронза
1

Скачать ZIP навыка

2

Загрузить в Claude

Перейдите в Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

Включите и начните использовать

Протестировать

Использование «ensembl-database». Найдите ген BRCA2 у человека

Ожидаемый результат:

  • Ensembl ID: ENSG00000139618
  • Локализация: 13q13.1 (chr13:32,315,479-32,400,586)
  • Описание: BRCA2 DNA repair associated
  • Транскрипты: 22 известных транскрипта, кодирующих белок
  • Вид: Homo sapiens (человек)

Использование «ensembl-database». Проанализируйте вариант rs699 с помощью VEP

Ожидаемый результат:

  • Вариант: rs699 (C>T)
  • Локализация: Хромосома 16, позиция 213,641
  • Ген: BLK (бета-1,3-галактозилтрансфераза 5)
  • Последствие: Миссенс-вариант
  • Изменение белка: Val281Phe

Аудит безопасности

Безопасно
v4 • 1/17/2026

All 177 static findings are false positives. The skill is a legitimate bioinformatics tool querying the Ensembl genome database (maintained by EMBL-EBI). Scanner misidentified GA4GH Beacon API endpoints as Cobalt Strike keywords, HTTP status codes as cryptographic algorithms, and markdown code fences as shell command execution. Network requests target public bioinformatics APIs with proper rate limiting.

5
Просканировано файлов
2,174
Проанализировано строк
2
находки
4
Всего аудитов

Факторы риска

🌐 Доступ к сети (3)
scripts/ensembl_query.py:22 scripts/ensembl_query.py:50-85 SKILL.md:63
⚙️ Внешние команды (2)
SKILL.md:40-42 references/api_endpoints.md:5-7
Проверено: claude Посмотреть историю аудитов →

Оценка качества

64
Архитектура
100
Сопровождаемость
85
Контент
29
Сообщество
100
Безопасность
83
Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Конвейер аннотации генов

Найдите гены, получите транскрипты, получите белковые последовательности, найдите ортологи и экспортируйте результаты для анализа.

Анализ вариантов

Запрашивайте варианты по rsID, предсказывайте функциональные последствия с помощью VEP, проверяйте популяционные частоты, получайте ассоциации с фенотипами.

Сравнительная геномика

Находите ортологи между видами, получайте последовательности, сравнивайте структуры генов, анализируйте эволюционную консервативность.

Попробуйте эти промпты

Базовый поиск гена 
Найдите ген TP53 у человека с помощью Ensembl и верните его Ensembl ID, хромосомную локализацию и описание.
Получение последовательности 
Получите последовательность ДНК для гена BRCA2 (ENSG00000139618) в формате FASTA.
Анализ вариантов 
Проанализируйте вариант rs699 с помощью VEP и покажите его предсказанные последствия и популяционные частоты.
Межвидовое сравнение 
Найдите все ортологи мыши для человеческого гена BRCA2 и покажите их Ensembl ID и сходство последовательностей.

Лучшие практики

  • Соблюдайте ограничение 15 запросов в секунду для анонимных пользователей
  • Используйте пакетные конечные точки при запросе нескольких элементов для повышения эффективности
  • Кэшируйте часто запрашиваемые данные для уменьшения количества вызовов API

Избегать

  • Выполнение последовательных одиночных запросов вместо использования пакетных конечных точек
  • Игнорирование ответов с ограничением скорости (коды статуса 429)
  • Не указание правильной сборки (GRCh37 против GRCh38) для запросов координат

Часто задаваемые вопросы

Какие виды поддерживаются?
Ensembl охватывает более 250 видов позвоночных, включая человека, мышь, данио-рерио и плодовую муху.
Как обрабатывать ограничения скорости?
Реализуйте логику повторных попыток с заголовком Retry-After. Максимум 15 запросов в секунду для анонимных пользователей.
Что такое VEP?
Variant Effect Predictor анализирует генетические варианты и предсказывает их функциональные последствия для генов и белков.
Как запрашивать более старые сборки генома?
Используйте https://grch37.rest.ensembl.org для запросов GRCh37/hg19. Текущие сборки используют https://rest.ensembl.org.
Можно ли выполнять пакетные запросы?
Да, используйте конечные точки POST с массивами JSON для запроса нескольких ID в одном запросе.
Какие форматы вывода доступны?
Большинство конечных точек поддерживают JSON, FASTA для последовательностей, а некоторые — XML или обычный текст.

Сведения для разработчиков

Автор

K-Dense-AI

Лицензия

MIT

Репозиторий

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/ensembl-database

Ссылка

main

Структура файлов

📁 references/

📄 api_endpoints.md

📁 scripts/

📄 ensembl_query.py

📄 evaluation.json

📄 SKILL.md