Habilidades omero-integration
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omero-integration

Baixo Risco ⚙️ Comandos externos📁 Acesso ao sistema de arquivos🔑 Variáveis de ambiente🌐 Acesso à rede

Acessar dados de microscopia OMERO com Python

Também disponível em: davila7

Esta skill fornece acesso via API Python ao OMERO, uma plataforma de gerenciamento de imagens científicas para microscopia e screening de alto conteúdo. Conecte-se a servidores OMERO, recupere imagens, analise dados de pixels e gerencie anotações programaticamente.

Suporta: Claude Codex Code(CC)
📊 70 Adequado
1

Baixar o ZIP da skill

2

Upload no Claude

Vá em Configurações → Capacidades → Skills → Upload skill

3

Ative e comece a usar

Testar

A utilizar "omero-integration". How do I connect to OMERO and list all my projects?

Resultado esperado:

  • - Use BlitzGateway with context manager for automatic cleanup
  • - Call conn.connect() to establish connection
  • - Use conn.listProjects() to retrieve all projects
  • - Access project names with project.getName()

A utilizar "omero-integration". Create an image from NumPy array in OMERO

Resultado esperado:

  • - Use conn.createImageFromNumpySeq() method
  • - Pass generator or list of NumPy arrays
  • - Specify size_z, size_c, size_t dimensions
  • - Optionally link to dataset by passing dataset object

Auditoria de Segurança

Baixo Risco
v4 • 1/17/2026

Documentation-only skill for OMERO scientific imaging platform. All 655 static findings are false positives. Scanner misidentified markdown code block delimiters as shell commands, random number generation as weak crypto, and legitimate API calls as reconnaissance.

11
Arquivos analisados
5,433
Linhas analisadas
4
achados
4
Total de auditorias

Fatores de risco

⚙️ Comandos externos
Nenhuma localização específica registrada
📁 Acesso ao sistema de arquivos
Nenhuma localização específica registrada
🔑 Variáveis de ambiente
Nenhuma localização específica registrada
🌐 Acesso à rede
Nenhuma localização específica registrada
Auditado por: claude Ver Histórico de Auditoria →

Pontuação de qualidade

45
Arquitetura
100
Manutenibilidade
85
Conteúdo
29
Comunidade
90
Segurança
83
Conformidade com especificações

O Que Você Pode Construir

Gerenciar grandes conjuntos de dados de imagens

Organize e recupere milhares de imagens de microscopia de repositórios OMERO para análise e relatórios.

Automatizar pipelines de análise de imagens

Extraia dados de pixels de imagens de série temporal e armazene os resultados de medição diretamente no OMERO.

Workflows de screening de alto conteúdo

Processe dados de screening baseados em placas e rastreie resultados entre condições experimentais.

Tente Estes Prompts

Conexão básica 
Mostre-me como conectar a um servidor OMERO usando BlitzGateway com variáveis de ambiente para credenciais.
Recuperação de imagens 
Escreva código Python para listar todas as imagens em um conjunto de dados OMERO específico e obter suas dimensões de pixels.
Análise de pixels 
Como acesso dados de pixels brutos de uma imagem OMERO como um array NumPy e calculo estatísticas de intensidade?
Gerenciamento de ROIs 
Mostre-me como criar ROIs retangulares em uma imagem, extrair intensidades de pixels nessas regiões e armazenar os resultados em uma tabela OMERO.

Melhores Práticas

  • Usar gerenciadores de contexto (com BlitzGateway) para limpeza automática da conexão
  • Armazenar credenciais em variáveis de ambiente, nunca hardcoded
  • Usar parâmetro secure=True para conexões criptografadas em produção
  • Fechar conexões quando terminar para liberar recursos do servidor

Evitar

  • Hardcoding de credenciais diretamente no código fonte
  • Deixar conexões abertas sem usar gerenciadores de contexto ou close() explícito
  • Processar grandes conjuntos de dados sem paginação ou streaming

Perguntas Frequentes

O que é OMERO?
OMERO é uma plataforma de código aberto para gerenciar, visualizar e analisar imagens de microscopia e metadados em pesquisa científica.
Preciso de um servidor OMERO?
Sim, esta skill requer acesso a um servidor OMERO em execução com credenciais de usuário válidas para conectar e realizar operações.
Qual linguagem de programação é usada?
A skill fornece exemplos Python usando a biblioteca omero-py (API BlitzGateway) para todas as operações.
Posso processar grandes conjuntos de dados de imagens?
Sim, use paginação, limite resultados e considere scripts do lado do servidor para evitar transferir grandes quantidades de dados localmente.
Como as credenciais são tratadas?
As credenciais devem ser carregadas de variáveis de ambiente (os.environ.get) ou arquivos de configuração seguros, nunca hardcoded.
Quais formatos de imagem são suportados?
OMERO suporta muitos formatos incluindo TIFF, PNG, JPEG e formatos proprietários de microscopia através do Bio-Formats.

Detalhes do Desenvolvedor

Licença

MIT

Repositório

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/omero-integration

Referência

main

Estrutura de arquivos

📁 references/

📄 advanced.md

📄 connection.md

📄 data_access.md

📄 image_processing.md

📄 metadata.md

📄 rois.md

📄 scripts.md

📄 tables.md

📄 evaluation_result.json

📄 SKILL.md