Fähigkeiten omero-integration
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omero-integration

Niedriges Risiko ⚙️ Externe Befehle📁 Dateisystemzugriff🔑 Umgebungsvariablen🌐 Netzwerkzugriff

Acessar dados de microscopia OMERO com Python

Auch verfügbar von: davila7

Esta skill fornece acesso via API Python ao OMERO, uma plataforma de gerenciamento de imagens científicas para microscopia e screening de alto conteúdo. Conecte-se a servidores OMERO, recupere imagens, analise dados de pixels e gerencie anotações programaticamente.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
⚠️ 68 Schlecht
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3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "omero-integration". How do I connect to OMERO and list all my projects?

Erwartetes Ergebnis:

  • - Use BlitzGateway with context manager for automatic cleanup
  • - Call conn.connect() to establish connection
  • - Use conn.listProjects() to retrieve all projects
  • - Access project names with project.getName()

Verwendung von "omero-integration". Create an image from NumPy array in OMERO

Erwartetes Ergebnis:

  • - Use conn.createImageFromNumpySeq() method
  • - Pass generator or list of NumPy arrays
  • - Specify size_z, size_c, size_t dimensions
  • - Optionally link to dataset by passing dataset object

Sicherheitsaudit

Niedriges Risiko
v4 • 1/17/2026

Documentation-only skill for OMERO scientific imaging platform. All 655 static findings are false positives. Scanner misidentified markdown code block delimiters as shell commands, random number generation as weak crypto, and legitimate API calls as reconnaissance.

11
Gescannte Dateien
5,433
Analysierte Zeilen
4
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

⚙️ Externe Befehle
Keine spezifischen Standorte aufgezeichnet
📁 Dateisystemzugriff
Keine spezifischen Standorte aufgezeichnet
🔑 Umgebungsvariablen
Keine spezifischen Standorte aufgezeichnet
🌐 Netzwerkzugriff
Keine spezifischen Standorte aufgezeichnet
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

45
Architektur
100
Wartbarkeit
85
Inhalt
20
Community
90
Sicherheit
83
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Gerenciar grandes conjuntos de dados de imagens

Organize e recupere milhares de imagens de microscopia de repositórios OMERO para análise e relatórios.

Automatizar pipelines de análise de imagens

Extraia dados de pixels de imagens de série temporal e armazene os resultados de medição diretamente no OMERO.

Workflows de screening de alto conteúdo

Processe dados de screening baseados em placas e rastreie resultados entre condições experimentais.

Probiere diese Prompts

Conexão básica 
Mostre-me como conectar a um servidor OMERO usando BlitzGateway com variáveis de ambiente para credenciais.
Recuperação de imagens 
Escreva código Python para listar todas as imagens em um conjunto de dados OMERO específico e obter suas dimensões de pixels.
Análise de pixels 
Como acesso dados de pixels brutos de uma imagem OMERO como um array NumPy e calculo estatísticas de intensidade?
Gerenciamento de ROIs 
Mostre-me como criar ROIs retangulares em uma imagem, extrair intensidades de pixels nessas regiões e armazenar os resultados em uma tabela OMERO.

Bewährte Verfahren

  • Usar gerenciadores de contexto (com BlitzGateway) para limpeza automática da conexão
  • Armazenar credenciais em variáveis de ambiente, nunca hardcoded
  • Usar parâmetro secure=True para conexões criptografadas em produção
  • Fechar conexões quando terminar para liberar recursos do servidor

Vermeiden

  • Hardcoding de credenciais diretamente no código fonte
  • Deixar conexões abertas sem usar gerenciadores de contexto ou close() explícito
  • Processar grandes conjuntos de dados sem paginação ou streaming

Häufig gestellte Fragen

O que é OMERO?
OMERO é uma plataforma de código aberto para gerenciar, visualizar e analisar imagens de microscopia e metadados em pesquisa científica.
Preciso de um servidor OMERO?
Sim, esta skill requer acesso a um servidor OMERO em execução com credenciais de usuário válidas para conectar e realizar operações.
Qual linguagem de programação é usada?
A skill fornece exemplos Python usando a biblioteca omero-py (API BlitzGateway) para todas as operações.
Posso processar grandes conjuntos de dados de imagens?
Sim, use paginação, limite resultados e considere scripts do lado do servidor para evitar transferir grandes quantidades de dados localmente.
Como as credenciais são tratadas?
As credenciais devem ser carregadas de variáveis de ambiente (os.environ.get) ou arquivos de configuração seguros, nunca hardcoded.
Quais formatos de imagem são suportados?
OMERO suporta muitos formatos incluindo TIFF, PNG, JPEG e formatos proprietários de microscopia através do Bio-Formats.

Entwicklerdetails

Lizenz

MIT

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/omero-integration

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 advanced.md

📄 connection.md

📄 data_access.md

📄 image_processing.md

📄 metadata.md

📄 rois.md

📄 scripts.md

📄 tables.md

📄 evaluation_result.json

📄 SKILL.md