Fähigkeiten ensembl-database
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ensembl-database

Sicher 🌐 Netzwerkzugriff⚙️ Externe Befehle

Consultar Banco de Dados Genômico Ensembl

Auch verfügbar von: davila7

Consulte a API REST do banco de dados genômico Ensembl para dados genômicos de vertebrados. Procure genes, recupere sequências, analise variantes com VEP e realize genômica comparativa em mais de 250 espécies.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 Bronze
1

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3

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Teste es

Verwendung von "ensembl-database". Procure o gene BRCA2 em humanos

Erwartetes Ergebnis:

  • ID Ensembl: ENSG00000139618
  • Localização: 13q13.1 (chr13:32.315.479-32.400.586)
  • Descrição: BRCA2 DNA repair associated
  • Transcritos: 22 transcritos codificadores de proteína conhecidos
  • Espécie: Homo sapiens (humano)

Verwendung von "ensembl-database". Analise a variante rs699 com VEP

Erwartetes Ergebnis:

  • Variante: rs699 (C>T)
  • Localização: Cromossomo 16, posição 213.641
  • Gene: BLK (beta-1,3-galactosiltransferase 5)
  • Consequência: Variante missense
  • Mudança de proteína: Val281Phe

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

All 177 static findings are false positives. The skill is a legitimate bioinformatics tool querying the Ensembl genome database (maintained by EMBL-EBI). Scanner misidentified GA4GH Beacon API endpoints as Cobalt Strike keywords, HTTP status codes as cryptographic algorithms, and markdown code fences as shell command execution. Network requests target public bioinformatics APIs with proper rate limiting.

5
Gescannte Dateien
2,174
Analysierte Zeilen
2
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (3)
scripts/ensembl_query.py:22 scripts/ensembl_query.py:50-85 SKILL.md:63
⚙️ Externe Befehle (2)
SKILL.md:40-42 references/api_endpoints.md:5-7
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

64
Architektur
100
Wartbarkeit
85
Inhalt
20
Community
100
Sicherheit
83
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Pipeline de Anotação de Genes

Procure genes, recupere transcritos, obtenha sequências proteicas, encontre ortólogos e exporte resultados para análise.

Análise de Variantes

Consulte variantes por rsID, preveja consequências funcionais com VEP, verifique frequências populacionais, recupere associações de fenótipos.

Genômica Comparativa

Encontre ortólogos entre espécies, recupere sequências, compare estruturas de genes, analise conservação evolutiva.

Probiere diese Prompts

Consulta Básica de Genes 
Procure o gene TP53 em humanos usando Ensembl e retorne seu ID Ensembl, localização cromossômica e descrição.
Recuperação de Sequências 
Recupere a sequência de DNA para o gene BRCA2 (ENSG00000139618) em formato FASTA.
Análise de Variantes 
Analise a variante rs699 usando VEP e mostre suas consequências previstas e frequências populacionais.
Comparação Entre Espécies 
Encontre todos os ortólogos de camundongo para o gene humano BRCA2 e mostre seus IDs Ensembl e similaridade de sequência.

Bewährte Verfahren

  • Respeite o limite de 15 solicitações por segundo para usuários anônimos
  • Use endpoints em lote ao consultar vários itens para melhorar a eficiência
  • Armene em cache dados acessados frequentemente para reduzir chamadas de API

Vermeiden

  • Fazer solicitações sequenciais individuais em vez de usar endpoints em lote
  • Ignorar respostas de limite de taxa (códigos de status 429)
  • Não especificar o assembly correto (GRCh37 vs GRCh38) para consultas de coordenadas

Häufig gestellte Fragen

Quais espécies são suportadas?
O Ensembl cobre mais de 250 espécies de vertebrados, incluindo humanos, camundongos, zebrafish e moscas de frutas.
Como lidar com limites de taxa?
Implemente lógica de repetição com o cabeçalho Retry-After. Máximo de 15 solicitações por segundo para usuários anônimos.
O que é VEP?
O Variant Effect Predictor analisa variantes genéticas e prevê suas consequências funcionais em genes e proteínas.
Como consultar assemblies genômicos mais antigos?
Use https://grch37.rest.ensembl.org para consultas de GRCh37/hg19. Assemblies atuais usam https://rest.ensembl.org.
Posso fazer consultas em lote?
Sim, use endpoints POST com arrays JSON para consultar vários IDs em uma única solicitação.
Quais formatos de saída estão disponíveis?
A maioria dos endpoints suporta JSON, FASTA para sequências, e alguns suportam XML ou texto simples.

Entwicklerdetails

Lizenz

MIT

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/ensembl-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 api_endpoints.md

📁 scripts/

📄 ensembl_query.py

📄 evaluation.json

📄 SKILL.md