ensembl-database
Consultar banco de dados genômico Ensembl para mais de 250 espécies
也可从以下获取: K-Dense-AI
Pesquisadores genômicos precisam de acesso a sequências de genes, variantes e dados comparativos entre espécies. Esta skill consulta a API REST do banco de dados Ensembl para recuperar informações de genes, sequências de DNA, previsões de variantes, ortólogos e características regulatórias para mais de 250 espécies de vertebrados.
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测试它
正在使用“ensembl-database”。 Consulte o gene BRCA2 em humanos
预期结果:
- Gene: BRCA2 (ENSG00000139618)
- Localização: Cromossomo 13:32,315,086-32,400,268
- Fita: Positiva (+)
- Biotype: protein_coding
- Número de transcritos: 4
- Transcrito canônico: ENST00000380152
正在使用“ensembl-database”。 Prever efeitos da variante rs699
预期结果:
- Variante: rs699 (gene AGT)
- Consequência mais grave: missense_variant
- Transcrito afetado: ENST00000366667
- Mudança de aminoácido: Met268Thr
- Previsão SIFT: tolerated
- Significância clínica: Associada à suscetibilidade à hipertensão
正在使用“ensembl-database”。 Encontrar ortólogos de camundongo para BRCA2 humano
预期结果:
- Gene humano: BRCA2 (ENSG00000139618)
- Ortólogo de camundongo: Brca2 (ENSMUSG00000041147)
- Tipo de ortologia: ortholog_one2one
- Localização no camundongo: Cromossomo 5:150,537,213-150,627,056
- Identidade de sequência proteica: 72.4%
- Confiança: high
安全审计
安全This skill provides legitimate access to the Ensembl genomics database REST API. All detected patterns are false positives. The backtick patterns flagged as Ruby shell execution are actually Markdown code blocks in documentation files. The Cobalt Strike and weak crypto patterns are generic terms in API documentation that have no malicious context. The Python script contains only standard HTTP requests to official Ensembl endpoints with proper rate limiting.
低风险问题 (1)
风险因素
质量评分
你能构建什么
Análise de impacto de variantes genéticas
Prever consequências funcionais de variantes genéticas usando VEP e recuperar dados de frequência populacional para pesquisa clínica
Genômica comparativa entre espécies
Encontrar ortólogos entre espécies e comparar estruturas de genes para estudar conservação evolutiva e função gênica
Pipeline automatizado de recuperação de sequências
Construir pipelines que recuperam sequências de DNA, transcritos ou proteínas para listas de genes com limitação de taxa e tratamento de erros adequados
试试这些提示
Consulte o gene BRCA2 em humanos e mostre-me o ID Ensembl, localização cromossômica e número de transcritos
Recupere a sequência de DNA genômico para o gene TP53 em formato FASTA e salve em um arquivo
Use o Variant Effect Predictor para analisar a variante rs699 e me diga as consequências funcionais previstas e os genes afetados
Encontre todos os ortólogos de camundongo para o gene humano ENSG00000139618 e compare suas sequências proteicas para identificar domínios conservados
最佳实践
- Respeite os limites de taxa da API de 15 requisições por segundo e implemente recuo exponencial para novas tentativas
- Use endpoints em lote ao consultar múltiplos genes ou variantes para reduzir o total de chamadas à API
- Faça cache de resultados acessados frequentemente localmente para minimizar consultas redundantes e melhorar o desempenho
避免
- Fazer chamadas sequenciais rápidas à API sem limitação de taxa acionará erros 429 e bloqueios temporários
- Ignorar códigos de erro HTTP como 404 pode levar a suposições incorretas sobre a existência de genes ou variantes
- Consultar dados GRCh37 usando o endpoint principal da API em vez de grch37.rest.ensembl.org retorna resultados incorretos