Fähigkeiten reactome-database
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reactome-database

Sicher ⚡ Enthält Skripte🌐 Netzwerkzugriff

Reactome 경로 데이터베이스 쿼리

Auch verfügbar von: davila7

Reactome 데이터베이스를 사용하여 생물학적 경로 및 유전자 목록을 분석합니다. 경로 풍부도 분석 수행, 유전자 매핑, 시스템 생물학 연구를 위한 분자 상호작용 탐색.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 Bronze
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Verwendung von "reactome-database". 유전자에 대한 경로 풍부도 분석: TP53, BRCA1, EGFR

Erwartetes Ergebnis:

  • 분석 결과:
  • • 3개 유전자 제출됨
  • • 토큰: XXXXXX (7일 유효)
  • • 상위 경로: Cell Cycle, Mitotic (R-HSA-69278)
  • • p-값: 0.000023, FDR: 0.00156
  • • 브라우저에서 보기: https://reactome.org/PathwayBrowser/...

Verwendung von "reactome-database". 경로 R-HSA-69278 쿼리

Erwartetes Ergebnis:

  • 경로: Cell Cycle, Mitotic
  • • ID: R-HSA-69278
  • • 유형: 경로
  • • 종: Homo sapiens
  • • 설명: 인터페이스와 유사 분열 단계로 구성된 세포 분열 주기...

Verwendung von "reactome-database". 아프토시스 경로 검색

Erwartetes Ergebnis:

  • 'apoptosis' 검색 결과:
  • • R-HSA-109606: Extrinsic Pathway of Apoptosis
  • • R-HSA-111885: Intrinsic Pathway of Apoptosis
  • • R-HSA-1234154: Regulation of Apoptosis
  • • R-HSA-1388673: Apoptotic Nuclear Fragmentation

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

Legitimate bioinformatics skill querying Reactome pathway database. All 217 static findings are false positives: markdown backticks misidentified as shell commands, HTTP calls to known scientific API (reactome.org) are standard data retrieval, and documentation references flagged as crypto issues are harmless text. No malicious patterns confirmed.

4
Gescannte Dateien
1,257
Analysierte Zeilen
2
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

⚡ Enthält Skripte (1)
scripts/reactome_query.py:1-287
🌐 Netzwerkzugriff (1)
scripts/reactome_query.py:31-32
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

64
Architektur
100
Wartbarkeit
85
Inhalt
21
Community
100
Sicherheit
83
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

유전자 집합 풍부도 분석

RNA-seq 또는 단백질체학에서 얻은 유전자 목록을 제출하여 풍부한 생물학적 경로 식별

종 간 경로 매핑

마우스 또는 모델 유기체 유전자를 비교 분석을 위해 인간 경로에 매핑

경로 탐색

분자 기작 및 질환 연관성을 이해하기 위해 특정 경로 쿼리

Probiere diese Prompts

기본 경로 쿼리 
Reactome 데이터베이스에서 경로 R-HSA-69278을 쿼리하고 경로 이름, 종, 설명을 보여주세요
유전자 풍부도 
다음 유전자들의 경로 풍부도 분석: TP53, BRCA1, EGFR, MYC, CDK1. FDR 값과 함께 유의한 경로를 보여주세요
경로 검색 
Reactome에서 아프토시스 관련 경로를 검색하고 상위 10개 결과를 경로 ID와 함께 보여주세요
엔티티 조회 
Cell Cycle 경로(R-HSA-69278)에 참여하는 모든 단백질과 분자를 나열하세요

Bewährte Verfahren

  • 분석 토큰을 저장하여 유전자를 다시 제출하지 않고도 결과 검색
  • FDR 임계값(기본값 0.05)으로 필터링하여 유의한 경로에 집중
  • 비인간 종의 경우 투영 엔드포인트를 사용하여 인간 경로에 유전자 매핑

Vermeiden

  • 한 번에 하나씩 유전자 제출 대신 배치 제출
  • 결과 검색을 위한 7일 토큰 유효성 무시
  • 종 간 데이터 분석할 때 종 호환성 확인 안 함

Häufig gestellte Fragen

Reactome은 어떤 식별자 형식을 받나요?
UniProt 접근자, 유전자 기호, Ensembl ID, EntrezGene ID, 소분자를 위한 ChEBI.
분석 토큰은 얼마나 오래 유효한가요?
분석 토큰은 7일 동안 유효합니다. 다시 제출하지 않고 결과를 검색하려면 저장하세요.
비인간 유전자도 분석할 수 있나요?
네, 투영 엔드포인트를 사용하여 마우스, 랫또는 다른 종을 인간 경로에 매핑할 수 있습니다.
출력 형식은 무엇인가요?
경로, p-값, FDR, 엔티티 수 및 브라우저 시각화를 위한 토큰이 포함된 JSON.
이 스킬은 오프라인으로 작동하나요?
아니요, 이 스킬은 Reactome REST API를 쿼리하기 위해 인터넷 액세스가 필요합니다.
Reactome에는 경로가 얼마나 있나요?
Reactome에는 2,825개 이상의 인간 경로와 16,000개 이상의 반응 및 11,000개 이상의 단백질이 포함되어 있습니다.

Entwicklerdetails

Lizenz

MIT

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/reactome-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 reactome_query.py

📄 SKILL.md