연구자들은 여러 데이터베이스에서 생물학적 데이터를 검색해야 합니다. 이 기술은 UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome을 포함한 40개 이상의 생물정보학 서비스에 대한 통합 접근을 제공하여 단백질 서열, 생체경로, 화합물 및 상호작용에 대한 데이터를 제공합니다.
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オンにして利用開始
テストする
「bioservices」を使用しています。 단백질 ZAP70_HUMAN 분석
期待される結果:
- UniProt ID: P43403
- Gene: ZAP70 (T 세포 수용체 연관 제타 사슬 단백질 키나제)
- Organism: Homo sapiens (Human)
- Sequence length: 619 amino acids
- KEGG pathways: hsa04660 (T 세포 수용체 신호전달), hsa04662 (B 세포 수용체 신호전달)
- GO annotations: 45 terms found covering signaling and immune response
「bioservices」を使用しています。 화합물 아스피린 찾기
期待される結果:
- KEGG compound ID: cpd:C00905
- ChEBI ID: CHEBI:15365
- ChEMBL ID: CHEMBL104895
- Molecular formula: C9H8O4
- Synonyms: 아세틸살리실산, ASA
「bioservices」を使用しています。 UniProt에서 KEGG로 매핑
期待される結果:
- Input: P43403 (UniProt)
- Output: hsa:7535 (KEGG gene ID)
- Organism: Homo sapiens
- Mapping successful: 1 of 1 identifiers converted
セキュリティ監査
低リスクLegitimate bioinformatics skill that accesses public biological databases via the BioServices Python package. All network calls go to verified scientific APIs (UniProt, KEGG, ChEMBL, NCBI). Scripts perform standard file I/O for results. The 522 static findings are false positives: markdown code block backticks were misidentified as Ruby shell execution, and bioinformatics terminology (PDB IDs, GO categories, gene names) was incorrectly flagged as security threats.
リスク要因
⚡ スクリプトを含む (4)
🌐 ネットワークアクセス (4)
品質スコア
作れるもの
단백질 특성화
단백질 서열 검색, BLAST를 통한 상동체 찾기, 생체경로 식별
화합물 데이터베이스 검색
교차 참조 식별자를 통해 KEGG, ChEBI, ChEMBL에서 화합물 검색
생체경로 네트워크 분석
네트워크 분석 도구를 위해 KEGG 생체경로에서 단백질 상호작용 네트워크 추출
これらのプロンプトを試す
UniProt에서 단백질 P43403을 검색하고 해당 서열, 유전자 명, 생물종 확인
인간 유전자 TP53이 포함된 생체경로를 KEGG에서 검색
KEGG에서 아스피린을 검색하고 ChEBI와 ChEMBL에서 해당 식별자 확인
UniProt ID 목록을 KEGG 유전자 ID로 변환하고 결과를 CSV로 저장
ベストプラクティス
- 모호한 결과를 피하기 위해 항상 생물종 코드(예: 인간의 경우 hsa) 지정
- API 요율 제한을 준수하기 위해 일괄 처리 시 청크화 사용
- NCBI 정책에 따라 BLAST 요청에 이메일 주소 저장
- 현재 요율 제한 및 사용 지침에 대해 API 문서 확인
回避
- 청크화 없이 큰 식별자 목록을 처리하면 API 요율 제한 발생 가능
- 오류 처리를 건너뛰면 워크플로가 자동으로 실패할 수 있음
- 검색 전 화합물 이름 유효성 검사를 하지 않으면 예상치 못한 결과 반환 가능
- 일부 단백질은 주석이 없으므로 모든 단백질에 KEGG 매핑이 있다고 가정하면 안됨