スキル uniprot-database

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uniprot-database

Name: uniprot-database
Author: davila7

コンテンツリビジョン r2 低リスク ⚙️ 外部コマンド🌐 ネットワークアクセス📁 ファイルシステムへのアクセス

UniProt 단백질 데이터 조회

단백질 연구에는 UniProt의 정밀한 검색, 서열, 주석 및 식별자 매핑이 필요한 경우가 많습니다. 이 스킬은 반복 가능한 단백질 데이터 액세스를 위한 직접적인 REST 워크플로와 Python 클라이언트를 제공합니다.

対応: Claude Codex Code(CC)

🥉 78 ブロンズ

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自分のエージェントでインストール

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エージェントリクエスト

Review the Skillstore skill "uniprot-database" from https://skillstore.io/skills/davila7-uniprot-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-uniprot-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。

エージェントが読めるリソース

AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。

Markdown詳細 GET /skills/davila7-uniprot-database.md 署名済み manifest GET /api/skills/davila7-uniprot-database/manifest 署名済み lockfile GET /api/skills/davila7-uniprot-database/lockfile

テストする

「uniprot-database」を使用しています。 검토된 인간 인슐린 항목을 찾아 요약하세요.

期待される結果:

Primary accession: P01308
단백질: 인슐린 전구체
생물 종: Homo sapiens
FASTA 서열과 선택된 주석이 포함됩니다.

「uniprot-database」を使用しています。 P01308 및 P04637을 UniProtKB에서 PDB로 매핑하세요.

期待される結果:

UniProt 식별자 매핑 작업이 제출되었습니다.
일치하는 PDB 식별자는 원본 accession별로 그룹화됩니다.
실패한 매핑과 일대다 매핑은 별도로 보고됩니다.

「uniprot-database」を使用しています。 검토된 인간 kinase FASTA 다운로드를 준비하세요.

期待される結果:

검토된 인간 kinase 쿼리가 준비되었습니다. 덮어쓰기 검사를 수행하면서 결과를 선택한 대상에 청크 단위로 스트리밍합니다.

セキュリティ監査

低リスク

v9 • 2026/7/23 バージョン別レポートを開く

All 129 static alerts are false positives after contextual review. Backtick alerts are Markdown or JavaScript literals; network calls target documented UniProt endpoints, while file writes are explicit download examples. The Python ID-mapping helper has unbounded polling and lacks request timeouts, creating a low-severity availability risk.

スキャンされたファイル

1,765

解析済み行数

レビュー項目

誤検知を無視

確認済みのセキュリティ上の懸念 (1)

低

scripts/uniprot_client.py:180-188

Unbounded ID-mapping polling

The ID-mapping loop has no maximum attempts, and requests omit timeouts. A stalled API can keep an agent process occupied indefinitely.

The loop condition is unconditional and has no deadline or attempt limit. The surrounding requests also omit timeout arguments.

リスク要因

⚙️ 外部コマンド (46)

references/api_examples.md:251-262 references/api_examples.md:267-281 references/api_examples.md:301-314 references/api_examples.md:314-322 SKILL.md:31-49 SKILL.md:49-51 SKILL.md:51-63 SKILL.md:63-65 SKILL.md:65-72 SKILL.md:72-73 SKILL.md:73-74 SKILL.md:74-82 SKILL.md:82-92 SKILL.md:92-101 SKILL.md:101-102 SKILL.md:102-103 SKILL.md:103-104 SKILL.md:104-105 SKILL.md:105-106 SKILL.md:106-107 SKILL.md:107-108 SKILL.md:108-109 SKILL.md:109-110 SKILL.md:110-112 SKILL.md:112-114 SKILL.md:114-118 SKILL.md:118-120 SKILL.md:120-121 SKILL.md:121-122 SKILL.md:122-123 SKILL.md:123-124 SKILL.md:124-133 SKILL.md:133-137 SKILL.md:137-140 SKILL.md:140-146 SKILL.md:146-149 SKILL.md:149-152 SKILL.md:152-155 SKILL.md:155-158 SKILL.md:158-160 SKILL.md:160-164 SKILL.md:164-175 SKILL.md:175-178 SKILL.md:178-179 SKILL.md:179-180 SKILL.md:180-181

🌐 ネットワークアクセス (50)

📁 ファイルシステムへのアクセス (2)

references/api_examples.md:105 references/api_examples.md:395

監査者: codex 監査履歴を表示 →

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https://skillstore.io/skills/davila7-uniprot-database/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Markdownバッジ

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-uniprot-database/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-uniprot-database?utm_source=security_passport_badge)

HTMLバッジ

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-uniprot-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-uniprot-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

埋め込みカード

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-uniprot-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

学術引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA形式の引用

davila7. (2026). uniprot-database security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-uniprot-database/audits/9

BibTeX形式の引用

@techreport{davila7-davila7-uniprot-database-2026,
  author = {davila7},
  title = {uniprot-database security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-uniprot-database/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "uniprot-database security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-uniprot-database/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-uniprot-database:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

バリアントを比較

インストール可能なバリアント 2 件

各作者のスキルは個別のインストール項目として維持されます。推奨バリアントは Skillstore の証拠で順位付けされます。

このバリアントが首位の理由

Skillstore スコアが最高

作者 / ソース Skillstore スコア証拠の信頼度 Skillstore 利用状況更新済み

davila7 推奨現在

davila7-uniprot-database

Skillstore スコア 78

証拠の信頼度高

Skillstore 利用状況 16

更新済み

2026-09-09

K-Dense-AI

k-dense-ai-uniprot-database

Skillstore スコア 38

証拠の信頼度中

Skillstore 利用状況 17

更新済み

2026-09-09

Skillstore スコア

このスコアの理由証拠の信頼度: 高

アーキテクチャ

保守性

コンテンツ

コミュニティ

仕様準拠

作成できるもの

큐레이션된 단백질 레코드 찾기

유전자, 기능, 생물 종, 분류군 또는 주석을 기준으로 검토된 단백질을 찾고 분석에 필요한 필드만 가져옵니다.

생물정보학 워크플로 구축

서열 검색, 일괄 검색, 스트리밍 및 식별자 매핑을 Python 워크플로나 명령줄 파이프라인에 통합합니다.

생물학적 식별자 정규화

UniProt, Ensembl, RefSeq, PDB, GO 및 기타 지원되는 식별자 시스템 간에 accession 세트를 변환합니다.

これらのプロンプトを試す

단백질 서열 가져오기

인간 인슐린에 대해 검토된 UniProt 항목을 찾으세요. primary accession, 단백질 이름, 서열 길이 및 FASTA 서열을 반환하세요.

집중적인 단백질 검색 구성

검토된 인간 BRCA1 단백질을 검색하세요. accession, 유전자 이름, 단백질 이름, 길이, 기능, 질병 설명 및 PDB 교차 참조를 간결한 표로 반환하세요.

데이터베이스 간 식별자 매핑

다음 RefSeq 단백질 식별자를 UniProtKB 및 Ensembl에 매핑하세요: {identifiers}. 성공한 매핑, 실패한 식별자 및 일대다 관계를 보고하세요.

확장 가능한 검색 워크플로 설계

다음 UniProt 쿼리를 위한 속도 제한 워크플로를 생성하세요: {query}. 필요한 필드를 선택하고, 페이지네이션 또는 스트리밍을 처리하며, 타임아웃을 추가하고, 실수로 파일을 덮어쓰지 않도록 방지하세요.

ベストプラクティス

큐레이션된 Swiss-Prot 레코드가 필요한 경우 reviewed:true를 우선 사용하세요.
필요한 필드만 요청하고 후속 용도에 따라 FASTA, TSV 또는 JSON을 선택하세요.
대규모 다운로드를 실행하기 전에 타임아웃, 속도 제한, 폴링 기한 및 덮어쓰기 검사를 설정하세요.

回避

검토되지 않은 TrEMBL 예측을 수동으로 큐레이션된 증거로 취급하지 마세요.
결과 크기를 추정하고 대상 위치를 선택하지 않은 상태에서 광범위한 데이터 세트를 스트리밍하지 마세요.
검증되지 않은 파일 경로를 전달하거나 명시적인 승인 없이 기존 결과를 덮어쓰지 마세요.

よくある質問

이 스킬에 UniProt API 키가 필요한가요?

아니요. 포함된 워크플로는 인증 없이 공개 UniProt REST 엔드포인트를 사용합니다.

검토된 항목과 검토되지 않은 항목을 검색할 수 있나요?

예. Swiss-Prot에는 reviewed:true를 사용하고 TrEMBL 항목에는 reviewed:false를 사용하세요.

어떤 출력 형식이 지원되나요?

참조 문서는 JSON, TSV, Excel, XML, FASTA, RDF, text, GFF 및 관련 엔드포인트별 형식을 다룹니다.

다른 데이터베이스의 식별자를 매핑할 수 있나요?

예. ID 매핑 워크플로는 UniProt, Ensembl, RefSeq, PDB, GO 및 나열된 여러 다른 데이터베이스를 지원합니다.

대규모 결과 세트를 처리할 수 있나요?

예. 페이지네이션, 일괄 처리 및 스트리밍을 지원하지만 호출자는 타임아웃, 속도 제한 및 제한된 폴링을 추가해야 합니다.

파일을 자동으로 작성하나요?

번들로 제공되는 클라이언트는 결과를 출력합니다. 일부 참조 다운로드 예제는 파일을 작성하며 기존 대상 파일을 덮어쓸 수 있습니다.

開発者情報

作成者

davila7

ライセンス

MIT

Skillstore リビジョン

バージョンに関する注意

作者はバージョンを宣言していません。

リポジトリ

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/uniprot-database

参照

c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f

メンテナンスの新しさ

2026/7/26

利用状況

8 ダウンロード · 194 閲覧

ファイル構成

📁 references/

📄 api_examples.md

📄 api_fields.md

📄 id_mapping_databases.md

📄 query_syntax.md

📁 scripts/

📄 uniprot_client.py

📄 SKILL.md

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