kegg-database
경로와 유전자를 위한 KEGG 데이터베이스 조회
또한 다음에서 사용할 수 있습니다: davila7
연구자들은 경로 분석과 유전자 매핑을 위해 KEGG 생물정보학 데이터에 효율적으로 접근할 필요가 있습니다. 이 스킬은 경로 조회, 유전자-경로 매핑, 화합물 검색, 데이터베이스 간 ID 변환을 포함한 모든 KEGG REST API 작업을 위한 Python 헬퍼 함수를 제공합니다.
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토글을 켜고 사용 시작
테스트해 보기
"kegg-database" 사용 중입니다. Find pathways associated with the glycolysis gene hsa:10458
예상 결과:
- Pathway hsa00010: Glycolysis / Gluconeogenesis
- Pathway hsa01100: Metabolic pathways
- Pathway hsa01200: Carbon metabolism
- Pathway hsa01210: 2-Oxocarboxylic acid metabolism
- Pathway hsa01230: Biosynthesis of amino acids
"kegg-database" 사용 중입니다. Get information about drug D00001
예상 결과:
- Drug: D00001
- Name: Theophylline
- Class: Purine alkaloids
- Formula: C7H8N4O2
- Target: Adenosine receptors
"kegg-database" 사용 중입니다. Convert human gene KEGG ID to UniProt
예상 결과:
- hsa:10458 -> Q9Y5K8
- hsa:10459 -> Q9Y5K9
- hsa:10572 -> Q8NHW6
보안 감사
안전All 253 static findings are false positives. The scanner incorrectly flags Markdown backticks as Ruby shell execution, KEGG API URLs as suspicious network targets, and bioinformatics identifiers (pathway IDs, gene names) as weak crypto algorithms. This is a legitimate bioinformatics research tool that uses standard urllib for HTTP requests to the official KEGG REST API. No malicious code, command injection, or data exfiltration present.
위험 요인
품질 점수
만들 수 있는 것
경로 풍부도 분석
관심 유전자를 KEGG 경로에 매핑하고 풍부도 연구를 위해 상세한 경로 정보를 조회합니다.
교차 데이터베이스 통합
KEGG 유전자 ID를 UniProt, NCBI Gene ID 또는 PubChem으로 변환하여 다른 분석 파이프라인과 통합합니다.
약물 상호작용 스크리닝
약물 데이터베이스를 검색하고 KEGG DDI 엔드포인트를 사용하여 잠재적인 약물-약물 상호작용을 확인합니다.
이 프롬프트를 사용해 보세요
Use kegg_list to retrieve all KEGG pathways for human (hsa) and show the first 10 pathway IDs and names.
Search the KEGG genes database for entries matching 'p53' using kegg_find and display the results.
Use kegg_link to find all KEGG pathways that contain the TP53 gene (hsa:7157) and retrieve basic info for each.
Convert all human gene KEGG IDs to NCBI Gene IDs using kegg_conv and show the first 5 mapping pairs.
모범 사례
- API 결과를 로컬에 캐시하여 중복 요청을 줄이고 레이트 리밋을 준수하세요.
- 오류 처리를 위해 HTTP 상태 코드(200=success, 400=bad request, 404=not found)를 확인하세요.
- 결과를 좁히고 성능을 개선하기 위해 특정 생물 종 코드(hsa, mmu, eco)를 사용하세요.
피하기
- 지연 없이 연속 요청을 보내기 - KEGG API 사용 지침 위반입니다.
- HTTP 오류 응답을 무시하기 - 400/404 오류를 항상 적절히 처리하세요.
- 단일 호출에서 10개 초과 엔트리를 요청하기 - KEGG는 배치 작업을 제한합니다.
자주 묻는 질문
KEGG란 무엇인가요?
이 스킬은 무료로 사용할 수 있나요?
어떤 생물을 지원하나요?
서열 데이터를 받을 수 있나요?
유전자 ID는 어떻게 변환하나요?
API 제한은 무엇인가요?
개발자 세부 정보
작성자
K-Dense-AI라이선스
Non-academic use of KEGG requires a commercial license
리포지토리
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/kegg-database참조
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파일 구조